Protein–RNA interactions for Protein: Q96JB5

CDK5RAP3, CDK5 regulatory subunit-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 506 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CDK5RAP3Q96JB5 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
CDK5RAP3Q96JB5 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 CAAP1-205ENST00000520187 773 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 SLC35D2-203ENST00000375259 1361 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
CDK5RAP3Q96JB5 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.23■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 ATP8B2-201ENST00000368487 1523 ntTSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
CDK5RAP3Q96JB5 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.2■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC28.19■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC28.18■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
CDK5RAP3Q96JB5 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.11■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.11■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
CDK5RAP3Q96JB5 KRT18-201ENST00000388835 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.3 ms