Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 MAF-201ENST00000326043 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP53Q70EK8 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.5
USP53Q70EK8 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP53Q70EK8 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP53Q70EK8 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.2 ms