Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZN17

LIN28B, Protein lin-28 homolog B, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 250 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIN28BQ6ZN17 DNAJB6-211ENST00000459889 7992 ntTSL 1 (best)12.88□□□□□ -0.351e-7■■■■■ 60.2
LIN28BQ6ZN17 SMARCC1-203ENST00000454240 636 ntTSL 331.05■■■□□ 2.561e-9■■■■■ 60.2
LIN28BQ6ZN17 PRPF8-216ENST00000577001 3274 ntTSL 514.48□□□□□ -0.092e-21■■■■■ 60.2
LIN28BQ6ZN17 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.075e-22■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 GOLGA4-202ENST00000361924 7772 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.22□□□□□ -0.615e-22■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 GOLGA4-201ENST00000356847 7673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC10.88□□□□□ -0.675e-22■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 GOLGA4-207ENST00000437131 6947 ntTSL 1 (best)1.91□□□□□ -2.15e-22■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 LSG1-201ENST00000265245 3572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.14□□□□□ -0.791e-17■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 ADGRG6-205ENST00000415128 1610 ntTSL 222■■□□□ 1.118e-10■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 ADGRG6-214ENST00000545477 657 ntTSL 513.09□□□□□ -0.318e-10■■■■■ 60.1
LIN28BQ6ZN17 IMPDH2-202ENST00000429182 1469 ntTSL 514.04□□□□□ -0.163e-8■■■■■ 60
LIN28BQ6ZN17 IMPDH2-201ENST00000326739 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.26□□□□□ -0.453e-8■■■■■ 60
LIN28BQ6ZN17 IMPDH2-204ENST00000462980 908 ntTSL 210.97□□□□□ -0.653e-8■■■■■ 60
LIN28BQ6ZN17 YWHAE-203ENST00000469398 676 ntTSL 210.15□□□□□ -0.781e-18■■■■■ 60
LIN28BQ6ZN17 TOMM7-203ENST00000405021 455 ntTSL 2 BASIC6.9□□□□□ -1.31e-12■■■■■ 59.9
LIN28BQ6ZN17 TOMM7-205ENST00000483581 551 ntTSL 1 (best)1.98□□□□□ -2.091e-12■■■■■ 59.9
LIN28BQ6ZN17 GLG1-208ENST00000563646 639 ntTSL 35.21□□□□□ -1.582e-22■■■■■ 59.8
LIN28BQ6ZN17 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.43■□□□□ 0.72e-19■■■■■ 59.7
LIN28BQ6ZN17 DNMT1-221ENST00000589538 559 ntTSL 518.35■□□□□ 0.531e-63■■■■■ 59.7
LIN28BQ6ZN17 ERLIN2-201ENST00000276461 6073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.81□□□□□ -1.321e-9■■■■■ 59.6
LIN28BQ6ZN17 GALNT5-201ENST00000259056 6171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.27□□□□□ -1.411e-11■■■■■ 59.5
LIN28BQ6ZN17 CLINT1-201ENST00000411809 3440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.75□□□□□ -0.374e-14■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 CLINT1-210ENST00000530742 3344 ntTSL 5 BASIC12.31□□□□□ -0.444e-14■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 CLINT1-206ENST00000523094 3987 ntTSL 2 BASIC11.5□□□□□ -0.574e-14■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 WDR1-202ENST00000382451 2722 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.034e-13■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 WDR1-203ENST00000382452 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.96□□□□□ -0.024e-13■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 WDR1-204ENST00000499869 3054 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.39□□□□□ -0.594e-13■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 SERPINA3-206ENST00000555820 981 ntTSL 511.65□□□□□ -0.541e-323■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 SERPINA3-207ENST00000556388 480 ntTSL 49.94□□□□□ -0.821e-323■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 MRPL42-210ENST00000552938 999 ntTSL 211.65□□□□□ -0.541e-28■■■■■ 59.4
LIN28BQ6ZN17 TOMM7-201ENST00000358435 778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.19■□□□□ 0.186e-10■■■■■ 59.3
LIN28BQ6ZN17 TOMM7-204ENST00000463284 731 ntTSL 214.94□□□□□ -0.026e-10■■■■■ 59.3
LIN28BQ6ZN17 TOMM7-202ENST00000372879 514 ntTSL 4 BASIC8.58□□□□□ -1.046e-10■■■■■ 59.3
LIN28BQ6ZN17 MOCOS-202ENST00000588132 432 ntTSL 37.5□□□□□ -1.211e-16■■■■■ 59.2
LIN28BQ6ZN17 RELN-203ENST00000428762 11571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.868e-10■■■■■ 58.9
LIN28BQ6ZN17 RELN-202ENST00000424685 11571 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.868e-10■■■■■ 58.9
LIN28BQ6ZN17 RELN-201ENST00000343529 11565 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC9.69□□□□□ -0.868e-10■■■■■ 58.9
LIN28BQ6ZN17 RAN-201ENST00000392367 780 ntTSL 5 BASIC9.94□□□□□ -0.827e-11■■■■■ 58.8
LIN28BQ6ZN17 IQSEC1-201ENST00000273221 5279 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.87■□□□□ 0.453e-17■■■■■ 58.7
LIN28BQ6ZN17 SCAMP1-207ENST00000621999 4509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.14□□□□□ -0.317e-18■■■■■ 58.6
LIN28BQ6ZN17 SCAMP1-206ENST00000618166 1358 ntTSL 2 BASIC8.48□□□□□ -1.057e-18■■■■■ 58.6
LIN28BQ6ZN17 SCAMP1-205ENST00000614488 1276 ntTSL 1 (best)5.13□□□□□ -1.597e-18■■■■■ 58.6
LIN28BQ6ZN17 SCAMP1-201ENST00000320280 3766 ntTSL 33.49□□□□□ -1.857e-18■■■■■ 58.6
LIN28BQ6ZN17 BLMH-208ENST00000579957 293 ntTSL 1 (best)4.36□□□□□ -1.718e-16■■■■■ 58.5
LIN28BQ6ZN17 SLC38A2-201ENST00000256689 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.76□□□□□ -1.011e-10■■■■■ 58.4
LIN28BQ6ZN17 SLC38A2-212ENST00000552703 528 ntTSL 25.29□□□□□ -1.562e-21■■■■■ 58.4
LIN28BQ6ZN17 SLC38A2-202ENST00000546520 601 ntTSL 24.55□□□□□ -1.682e-21■■■■■ 58.4
LIN28BQ6ZN17 SLC38A2-214ENST00000612232 1221 ntTSL 1 (best) BASIC4.5□□□□□ -1.699e-14■■■■■ 58.4
LIN28BQ6ZN17 SLC38A2-209ENST00000551374 2802 ntTSL 2 BASIC3.89□□□□□ -1.792e-10■■■■■ 58.4
LIN28BQ6ZN17 SLC38A2-208ENST00000549258 4384 ntTSL 23.77□□□□□ -1.811e-10■■■■■ 58.4
LIN28BQ6ZN17 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.452e-8■■■■■ 58.3
LIN28BQ6ZN17 CERS2-209ENST00000482825 1618 ntTSL 514.55□□□□□ -0.081e-12■■■■■ 58.1
LIN28BQ6ZN17 CERS2-213ENST00000560793 1661 ntTSL 1 (best)12.67□□□□□ -0.381e-12■■■■■ 58.1
LIN28BQ6ZN17 EIF2S3-205ENST00000487075 367 ntTSL 56.38□□□□□ -1.392e-13■■■■■ 58.1
LIN28BQ6ZN17 UNC13D-204ENST00000586108 575 ntTSL 314.04□□□□□ -0.166e-9■■■■■ 57.9
LIN28BQ6ZN17 MPV17-203ENST00000380044 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.57■□□□□ 0.41e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-208ENST00000405076 603 ntTSL 5 BASIC17.52■□□□□ 0.41e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC17.16■□□□□ 0.341e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-205ENST00000402310 906 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.291e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-201ENST00000233545 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.46■□□□□ 0.231e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-211ENST00000426513 905 ntTSL 315.24■□□□□ 0.031e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-209ENST00000405983 859 ntTSL 5 BASIC14.87□□□□□ -0.031e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-202ENST00000357186 2011 ntTSL 2 BASIC10.33□□□□□ -0.761e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 MPV17-220ENST00000620797 624 ntTSL 38.78□□□□□ -11e-10■■■■■ 57.8
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-214ENST00000543133 4975 ntTSL 2 BASIC12.17□□□□□ -0.462e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-201ENST00000317582 2992 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.99□□□□□ -0.492e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-217ENST00000618481 4961 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.52e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-202ENST00000337612 4905 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.512e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-207ENST00000418951 5062 ntTSL 3 BASIC11.68□□□□□ -0.542e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-213ENST00000538149 4797 ntTSL 2 BASIC10.89□□□□□ -0.672e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-215ENST00000611738 4817 ntTSL 4 BASIC10.74□□□□□ -0.692e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-212ENST00000498133 2662 ntTSL 210.65□□□□□ -0.72e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-216ENST00000616863 4761 ntTSL 4 BASIC10.59□□□□□ -0.712e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-204ENST00000399777 2677 ntTSL 1 (best)10.58□□□□□ -0.722e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 BCL2L13-203ENST00000355028 4458 ntTSL 1 (best) BASIC8.78□□□□□ -12e-8■■■■■ 57.7
LIN28BQ6ZN17 TRIO-215ENST00000510281 861 ntTSL 222.91■■□□□ 1.269e-28■■■■■ 57.4
LIN28BQ6ZN17 TRIO-221ENST00000513206 7995 ntTSL 515.45■□□□□ 0.069e-28■■■■■ 57.4
LIN28BQ6ZN17 TRIO-222ENST00000515144 7455 ntTSL 1 (best)14.28□□□□□ -0.129e-28■■■■■ 57.4
LIN28BQ6ZN17 TRIO-218ENST00000512070 8907 ntTSL 213.12□□□□□ -0.319e-28■■■■■ 57.4
LIN28BQ6ZN17 TRIO-202ENST00000344204 11100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.68□□□□□ -0.549e-28■■■■■ 57.4
LIN28BQ6ZN17 TRIO-224ENST00000620511 1547 ntTSL 2 BASIC10.58□□□□□ -0.729e-28■■■■■ 57.4
LIN28BQ6ZN17 CERS2-202ENST00000345896 2170 ntTSL 229.18■■■□□ 2.268e-13■■■■■ 57.3
LIN28BQ6ZN17 CERS2-201ENST00000271688 2544 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.948e-13■■■■■ 57.3
LIN28BQ6ZN17 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.798e-13■■■■■ 57.3
LIN28BQ6ZN17 CERS2-214ENST00000561294 1803 ntTSL 5 BASIC12.85□□□□□ -0.358e-13■■■■■ 57.3
LIN28BQ6ZN17 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.455e-14■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC23.6■■□□□ 1.375e-14■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 UCHL5-203ENST00000367450 1355 ntTSL 522.03■■□□□ 1.125e-14■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 UCHL5-202ENST00000367449 1507 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.915e-14■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 UCHL5-210ENST00000421683 834 ntTSL 312.19□□□□□ -0.465e-14■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 UCHL5-211ENST00000443327 785 ntTSL 54.15□□□□□ -1.755e-14■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 MEIOB-207ENST00000496541 807 ntTSL 528.23■■■□□ 2.114e-19■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.534e-19■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 MEIOB-204ENST00000460494 605 ntTSL 324.47■■□□□ 1.514e-19■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.294e-19■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 MEIOB-205ENST00000470044 1857 ntTSL 2 BASIC5.43□□□□□ -1.544e-19■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 MEIOB-201ENST00000325962 1694 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC4.96□□□□□ -1.624e-19■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 CCT6A-208ENST00000493855 261 ntTSL 22.77□□□□□ -1.977e-9■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 UNC13D-211ENST00000588774 938 ntTSL 325.04■■□□□ 1.69e-9■■■■■ 57.2
LIN28BQ6ZN17 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC26.5■■□□□ 1.835e-14■■■■■ 57.1
Retrieved 100 of 21,972 protein–RNA pairs in 308.9 ms