Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BDNFP23560 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
BDNFP23560 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
BDNFP23560 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.73■■□□□ 1.87
BDNFP23560 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
BDNFP23560 VWA1-201ENST00000338660 2147 ntTSL 2 BASIC26.72■■□□□ 1.87
BDNFP23560 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
BDNFP23560 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
BDNFP23560 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
BDNFP23560 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.71■■□□□ 1.87
BDNFP23560 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC26.71■■□□□ 1.87
BDNFP23560 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
BDNFP23560 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
BDNFP23560 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
BDNFP23560 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
BDNFP23560 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
BDNFP23560 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
BDNFP23560 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
BDNFP23560 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
BDNFP23560 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
BDNFP23560 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC26.7■■□□□ 1.86
BDNFP23560 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
BDNFP23560 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BDNFP23560 TPRA1-209ENST00000489960 1903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.69■■□□□ 1.86
BDNFP23560 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
BDNFP23560 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BDNFP23560 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BDNFP23560 BLOC1S3-202ENST00000587722 732 ntAPPRIS P1 BASIC26.68■■□□□ 1.86
BDNFP23560 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
BDNFP23560 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BDNFP23560 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
BDNFP23560 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
BDNFP23560 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC26.67■■□□□ 1.86
BDNFP23560 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BDNFP23560 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
BDNFP23560 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BDNFP23560 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BDNFP23560 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BDNFP23560 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
BDNFP23560 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC26.65■■□□□ 1.86
BDNFP23560 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
BDNFP23560 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
BDNFP23560 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
BDNFP23560 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
BDNFP23560 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.64■■□□□ 1.86
BDNFP23560 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
BDNFP23560 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
BDNFP23560 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
BDNFP23560 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
BDNFP23560 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
BDNFP23560 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
BDNFP23560 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BDNFP23560 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.62■■□□□ 1.85
BDNFP23560 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
BDNFP23560 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
BDNFP23560 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
BDNFP23560 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC26.6■■□□□ 1.85
BDNFP23560 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
BDNFP23560 MAP3K8-203ENST00000375322 932 ntTSL 2 BASIC26.6■■□□□ 1.85
BDNFP23560 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC26.6■■□□□ 1.85
BDNFP23560 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
BDNFP23560 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
BDNFP23560 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC26.59■■□□□ 1.85
BDNFP23560 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
BDNFP23560 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
BDNFP23560 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
BDNFP23560 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
BDNFP23560 TESK1-206ENST00000620767 2438 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
BDNFP23560 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
BDNFP23560 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
BDNFP23560 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.84
BDNFP23560 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC26.57■■□□□ 1.84
BDNFP23560 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
BDNFP23560 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC26.57■■□□□ 1.84
BDNFP23560 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
BDNFP23560 TPI1-201ENST00000229270 1763 ntTSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 TPRA1-202ENST00000355552 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 MAPK13-201ENST00000211287 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
BDNFP23560 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
BDNFP23560 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
BDNFP23560 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
BDNFP23560 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
BDNFP23560 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC26.54■■□□□ 1.84
BDNFP23560 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
BDNFP23560 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
BDNFP23560 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
BDNFP23560 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC26.53■■□□□ 1.84
BDNFP23560 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
BDNFP23560 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC26.52■■□□□ 1.84
BDNFP23560 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83 ms