Protein–RNA interactions for Protein: P01375

TNF, Tumor necrosis factor, humanhuman

Predictions only

Length 233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFP01375 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
TNFP01375 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TNFP01375 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
TNFP01375 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TNFP01375 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
TNFP01375 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
TNFP01375 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TNFP01375 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
TNFP01375 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
TNFP01375 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
TNFP01375 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
TNFP01375 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TNFP01375 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TNFP01375 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
TNFP01375 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TNFP01375 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TNFP01375 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TNFP01375 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TNFP01375 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
TNFP01375 FEZF2-202ENST00000475839 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
TNFP01375 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TNFP01375 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TNFP01375 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
TNFP01375 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TNFP01375 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
TNFP01375 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TNFP01375 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TNFP01375 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
TNFP01375 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
TNFP01375 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC24.7■■□□□ 1.55
TNFP01375 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
TNFP01375 LZTS2-201ENST00000370220 5741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
TNFP01375 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TNFP01375 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TNFP01375 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TNFP01375 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
TNFP01375 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
TNFP01375 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TNFP01375 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TNFP01375 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFP01375 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFP01375 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFP01375 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TNFP01375 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFP01375 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFP01375 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TNFP01375 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TNFP01375 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFP01375 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFP01375 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFP01375 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFP01375 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TNFP01375 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFP01375 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFP01375 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFP01375 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TNFP01375 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFP01375 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFP01375 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFP01375 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFP01375 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TNFP01375 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TNFP01375 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TNFP01375 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFP01375 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFP01375 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
TNFP01375 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFP01375 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFP01375 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFP01375 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
TNFP01375 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
TNFP01375 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TNFP01375 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
TNFP01375 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
TNFP01375 RCC1L-202ENST00000614461 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFP01375 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFP01375 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
TNFP01375 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFP01375 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFP01375 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFP01375 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFP01375 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFP01375 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
TNFP01375 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 83.4 ms