Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 AC120057.4-201ENST00000624722 1615 ntBASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.4■■■□□ 2.94
MSH5O43196 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
MSH5O43196 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
MSH5O43196 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.39■■■□□ 2.94
MSH5O43196 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC33.38■■■□□ 2.93
MSH5O43196 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
MSH5O43196 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC33.38■■■□□ 2.93
MSH5O43196 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
MSH5O43196 AC105285.1-201ENST00000500914 2036 ntTSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
MSH5O43196 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.38■■■□□ 2.93
MSH5O43196 GXYLT1-201ENST00000280876 1937 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33.37■■■□□ 2.93
MSH5O43196 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.37■■■□□ 2.93
MSH5O43196 HNRNPAB-206ENST00000506339 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC33.36■■■□□ 2.93
MSH5O43196 C14orf80-202ENST00000334656 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.36■■■□□ 2.93
MSH5O43196 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC33.36■■■□□ 2.93
MSH5O43196 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC33.35■■■□□ 2.93
MSH5O43196 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC33.35■■■□□ 2.93
MSH5O43196 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
MSH5O43196 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
MSH5O43196 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC33.35■■■□□ 2.93
MSH5O43196 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC33.34■■■□□ 2.93
MSH5O43196 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC33.34■■■□□ 2.93
MSH5O43196 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.34■■■□□ 2.93
MSH5O43196 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC33.34■■■□□ 2.93
MSH5O43196 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC33.33■■■□□ 2.93
MSH5O43196 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC33.33■■■□□ 2.93
MSH5O43196 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC33.32■■■□□ 2.93
MSH5O43196 GLRB-203ENST00000509282 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.32■■■□□ 2.92
MSH5O43196 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC33.32■■■□□ 2.92
MSH5O43196 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC33.32■■■□□ 2.92
MSH5O43196 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC33.31■■■□□ 2.92
MSH5O43196 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.31■■■□□ 2.92
MSH5O43196 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC33.3■■■□□ 2.92
MSH5O43196 GPR75-ASB3-201ENST00000406625 2113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC33.29■■■□□ 2.92
MSH5O43196 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.29■■■□□ 2.92
MSH5O43196 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.28■■■□□ 2.92
MSH5O43196 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC33.28■■■□□ 2.92
MSH5O43196 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC33.27■■■□□ 2.92
MSH5O43196 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.27■■■□□ 2.92
MSH5O43196 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC33.27■■■□□ 2.92
MSH5O43196 AC092473.1-201ENST00000441098 221 ntBASIC33.26■■■□□ 2.91
MSH5O43196 JMJD8-202ENST00000562111 823 ntTSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
MSH5O43196 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC33.26■■■□□ 2.91
MSH5O43196 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.25■■■□□ 2.91
MSH5O43196 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
MSH5O43196 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
MSH5O43196 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC33.24■■■□□ 2.91
MSH5O43196 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC33.24■■■□□ 2.91
MSH5O43196 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.24■■■□□ 2.91
MSH5O43196 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC33.23■■■□□ 2.91
MSH5O43196 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
MSH5O43196 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
MSH5O43196 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC33.22■■■□□ 2.91
MSH5O43196 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC33.21■■■□□ 2.91
MSH5O43196 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC33.21■■■□□ 2.91
MSH5O43196 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
MSH5O43196 NOP53-201ENST00000246802 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.2■■■□□ 2.91
MSH5O43196 BARX1-201ENST00000253968 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
MSH5O43196 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC33.19■■■□□ 2.9
MSH5O43196 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.19■■■□□ 2.9
MSH5O43196 GLRX5-201ENST00000331334 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
MSH5O43196 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
MSH5O43196 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
MSH5O43196 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC33.18■■■□□ 2.9
MSH5O43196 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC33.18■■■□□ 2.9
MSH5O43196 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC33.18■■■□□ 2.9
MSH5O43196 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
MSH5O43196 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC33.17■■■□□ 2.9
MSH5O43196 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.17■■■□□ 2.9
MSH5O43196 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC33.17■■■□□ 2.9
MSH5O43196 NAPA-201ENST00000263354 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 PRRX2-201ENST00000372469 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 GUSB-202ENST00000421103 1742 ntTSL 2 BASIC33.16■■■□□ 2.9
MSH5O43196 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC33.15■■■□□ 2.9
MSH5O43196 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC33.15■■■□□ 2.9
MSH5O43196 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC33.14■■■□□ 2.9
MSH5O43196 SH3GL3-202ENST00000427482 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
MSH5O43196 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
MSH5O43196 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
MSH5O43196 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC33.14■■■□□ 2.9
MSH5O43196 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC33.14■■■□□ 2.9
MSH5O43196 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
MSH5O43196 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
MSH5O43196 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33.13■■■□□ 2.89
MSH5O43196 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC33.12■■■□□ 2.89
MSH5O43196 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33.12■■■□□ 2.89
MSH5O43196 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC33.11■■■□□ 2.89
MSH5O43196 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC33.11■■■□□ 2.89
MSH5O43196 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
MSH5O43196 DSG2-202ENST00000585206 1081 ntTSL 2 BASIC33.11■■■□□ 2.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 86.9 ms