RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	PUM1	Q14671	1186 aa	Known RBP eCLIP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	NOMO1	Q15155	1222 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ELAVL1	Q15717	326 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF284	Q2VY69	593 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF569	Q5MCW4	686 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SEL1L2	Q5TEA6	688 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	NAPEPLD	Q6IQ20	393 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	KIAA1161	Q6NSJ0	714 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	NEK5	Q6P3R8	708 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	BRAT1	Q6PJG6	821 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	IL27RA	Q6UWB1	636 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ENPP7	Q6UWV6	458 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288		Q6ZSN1	163 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	GSTA5	Q7RTV2	222 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	NT5DC3	Q86UY8	548 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	GATAD2A	Q86YP4	633 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PALM2	Q8IXS6	379 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF808	Q8N4W9	903 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF10	Q8N5U6	811 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	EID2	Q8N6I1	236 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	DEFB124	Q8NES8	71 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	LPCAT1	Q8NF37	534 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM71B	Q8TC56	605 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	RAB7B	Q96AH8	199 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CAMK1G	Q96NX5	476 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	TSGA13	Q96PP4	275 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SMIM14	Q96QK8	99 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PSKH2	Q96QS6	385 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	C1QTNF7	Q9BXJ2	289 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PCED1A	Q9H1Q7	454 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PCDH9	Q9HC56	1237 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PREB	Q9HCU5	417 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	DMRT3	Q9NQL9	472 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	GDF3	Q9NR23	364 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	TM7SF3	Q9NS93	570 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CD84	Q9UIB8	345 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PHTF1	Q9UMS5	762 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PPP2R2C	Q9Y2T4	447 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		4.64	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	VPS13A	Q96RL7	3174 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SCN2A	Q99250	2005 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CCDC88C	Q9P219	2028 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	KNTC1	P50748	2209 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	hCG_1818297	A0A087WSY0	165 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SPAAR	A0A1B0GVQ0	90 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	POM121B	A6NF01	834 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288		A6NNZ2	444 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	BTNL10	A8MVZ5	291 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CAPN14	A8MX76	684 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	MIF4GD	A9UHW6	222 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CDX4	O14627	284 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC30A4	O14863	429 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	VILL	O15195	856 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	RAD51B	O15315	384 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	FFAR2	O15552	330 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PCDHGA12	O60330	932 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ITGA10	O75578	1167 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CLDN7	O95471	211 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	MT-CYB	P00156	380 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	GAST	P01350	101 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PDHA1	P08559	390 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PIRT	P0C851	137 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	C6	P13671	934 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	RBL1	P28749	1068 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CXCR5	P32302	372 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CTNNA1	P35221	906 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	HOXD12	P35452	270 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ACTN2	P35609	894 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	HNF1B	P35680	557 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	NUDT1	P36639	197 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ARRB1	P49407	418 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	GZMK	P49863	264 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PEX5	P50542	639 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PER3	P56645	1201 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CCZ1B	P86790	482 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	CCZ1	P86791	482 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	OTUD4	Q01804	1114 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PPID	Q08752	370 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	NIPAL4	Q0D2K0	466 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	TRAF2	Q12933	501 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ZBTB17	Q13105	803 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	C1orf61	Q13536	156 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PDE1C	Q14123	709 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PTK2B	Q14289	1009 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SPARCL1	Q14515	664 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PRKD1	Q15139	912 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM214A	Q32MH5	1076 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM52B	Q4KMG9	183 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	TEX44	Q53QW1	395 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC9A4	Q6AI14	798 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	DOK6	Q6PKX4	331 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	KDM7A	Q6ZMT4	941 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	USP45	Q70EL2	814 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	TRIM69	Q86WT6	500 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	GSPT2	Q8IYD1	628 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	PNPLA1	Q8N8W4	532 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	IPMK	Q8NFU5	416 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	SPATA22	Q8NHS9	363 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	MDM1	Q8TC05	714 aa		4.63	□□□□□ -1.67
ATXN3-238	ENST00000556288	ACTL9	Q8TC94	416 aa		4.63	□□□□□ -1.67

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.1 ms