RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 FAM228AQ86W67 206 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 KATNAL2Q8IYT4 538 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 TEX9Q8N6V9 391 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ALG9Q9H6U8 611 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 NRDE2Q9H7Z3 1164 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CREBZFQ9NS37 354 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGAP20Q9P2F6 1191 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ADAM21Q9UKJ8 722 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 MKL2Q9ULH7 1088 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CAPN6Q9Y6Q1 641 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 A0A096LPK6 155 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 PYGMP11217 842 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ITGAXP20702 1163 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 S100A5P33763 92 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SUZ12Q15022 739 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 TIGD5Q53EQ6 642 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SELENOMQ8WWX9 145 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ABCG8Q9H221 673 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 EFCAB1Q9HAE3 211 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 COMMD8Q9NX08 183 aa9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AFDNP55196 1824 aaKnown RBP9.56□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SCAMP1O15126 338 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SRSF11Q05519 484 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AP5B1Q2VPB7 878 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ESRP1Q6NXG1 681 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LRRC74BQ6ZQY2 392 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF621Q6ZSS3 439 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 FAM129CQ86XR2 697 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 KAT5Q92993 513 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CENPTQ96BT3 561 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LMLNQ96KR4 655 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 KLHL5Q96PQ7 755 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 DEPDC7Q96QD5 511 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 GPR88Q9GZN0 384 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGEF4Q9NR80 690 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 E9PAM4 449 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 TPST1O60507 370 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ATG13O75143 517 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 RARAP10276 462 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 MRPL28Q13084 256 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SF1Q15637 639 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 PARP15Q460N3 678 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AGKQ53H12 422 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 FGD3Q5JSP0 725 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 MCEMP1Q8IX19 187 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AGGF1Q8N302 714 aaeCLIP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 C2orf73Q8N5S3 287 aaPredicted RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 PROX1Q92786 737 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 VPS33AQ96AX1 596 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC134Q9H6E4 229 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ADPRHL2Q9NX46 363 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SLC12A4Q9UP95 1085 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SLC9A8Q9Y2E8 581 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 PCDHB11Q9Y5F2 797 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LMO7Q8WWI1 1683 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 UNCXA6NJT0 531 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 DNM1LO00429 736 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 VAV1P15498 845 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CRATP43155 626 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AIF1P55008 147 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AQP5P55064 265 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 NUP107P57740 925 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 TRAF2Q12933 501 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 IRGCQ6NXR0 463 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 MAGEB18Q96M61 343 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ARHGAP9Q9BRR9 750 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 NCDNQ9UBB6 729 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SLC24A2Q9UI40 661 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 VAV3Q9UKW4 847 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF232Q9UNY5 417 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 TBC1D30Q9Y2I9 924 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 FGRP09769 529 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 HOXB8P17481 243 aaPredicted RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 NEPROQ6NW34 567 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LINGO4Q6UY18 593 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ECHDC2Q86YB7 292 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 FAM20CQ8IXL6 584 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 NPLOC4Q8TAT6 608 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LPIN3Q9BQK8 851 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ACBD6Q9BR61 282 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 TMEM175Q9BSA9 504 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 AGXT2Q9BYV1 514 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ATAD3AQ9NVI7 634 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ALKBH4Q9NXW9 302 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 GMFGO60234 142 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LTA4HP09960 611 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SPATA31C1P0DKV0 1188 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CDH3P22223 829 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LSP1P33241 339 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 RPIAP49247 311 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 CDH4P55283 916 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ILF3Q12906 894 aaKnown RBP eCLIP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 PFKFB4Q16877 469 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 ZSCAN2Q7Z7L9 614 aaPredicted RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 HID1Q8IV36 788 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 GPR156Q8NFN8 814 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 MDM1Q8TC05 714 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 SETD7Q8WTS6 366 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 LRRN4Q8WUT4 740 aa9.55□□□□□ -0.88
PTPRB-204ENST00000538708 NDRG1Q92597 394 aaKnown RBP9.55□□□□□ -0.88
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 20.6 ms