RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000558836.5

CUX1-217, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 5

Gene CUX1, Length 2,965 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-217	ENST00000558836	HAUS5	O94927	633 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	HLA-DQB2	P05538	268 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CST5	P28325	142 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ARRB2	P32121	409 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PAPOLA	P51003	745 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ALDH18A1	P54886	795 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	OCRL	Q01968	901 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	DSC1	Q08554	894 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CTBP1	Q13363	440 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CTXN3	Q4LDR2	81 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SPANXN3	Q5MJ09	141 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PIK3R6	Q5UE93	754 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ITPRIPL1	Q6GPH6	555 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	DENND6A	Q8IWF6	608 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	RILP	Q96NA2	401 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SEPT5	Q99719	369 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	NAT9	Q9BTE0	207 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	FICD	Q9BVA6	458 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	OXCT2	Q9BYC2	517 aa	Predicted RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	OSBPL2	Q9H1P3	480 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SMOC2	Q9H3U7	446 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PPARGC1A	Q9UBK2	798 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SLC2A6	Q9UGQ3	507 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	FCHO1	O14526	889 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CHUK	O15111	745 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PLIN3	O60664	434 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	NKX3-2	P78367	333 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ITK	Q08881	620 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ZNF460	Q14592	562 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ALF	Q53S48	1182 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ARTN	Q5T4W7	220 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ATG16L1	Q676U5	607 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TIFAB	Q6ZNK6	161 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CYS1	Q717R9	158 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CCNJL	Q8IV13	435 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ABI1	Q8IZP0	508 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	NUP93	Q8N1F7	819 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SLC25A41	Q8N5S1	370 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	FBXO27	Q8NI29	283 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	UROC1	Q96N76	676 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	MIPEP	Q99797	713 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TRHDE	Q9UKU6	1024 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SLC39A10	Q9ULF5	831 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	RANBP2	P49792	3224 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836		J3KR12	359 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PHGDH	O43175	533 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	NBN	O60934	754 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	GJB3	O75712	270 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	VAPB	O95292	243 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	FGF3	P11487	239 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SKI	P12755	728 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TYMP	P19971	482 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	GLRB	P48167	497 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ITGA9	Q13797	1035 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	RCN2	Q14257	317 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PCLAF	Q15004	111 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	MGAT5B	Q3V5L5	792 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ACCSL	Q4AC99	568 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	FAM26D	Q5JW98	314 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	VWA5B1	Q5TIE3	1220 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ESRP1	Q6NXG1	681 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TAS1R1	Q7RTX1	841 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CRLF3	Q8IUI8	442 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	URGCP	Q8TCY9	931 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	GIPC2	Q8TF65	315 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SKA1	Q96BD8	255 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PABPC5	Q96DU9	382 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	RBBP8	Q99708	897 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	BRD8	Q9H0E9	1235 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	LRMDA	Q9H2I8	198 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836		A0A096LPK6	155 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836		H0Y3Z8	333 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	NEBL	O76041	1014 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	USP1	O94782	785 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ALDH1A1	P00352	501 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	INHA	P05111	366 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	HAPLN1	P10915	354 aa	Predicted RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CPB1	P15086	417 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CDH17	Q12864	832 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	SEPT6	Q14141	434 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PRPSAP1	Q14558	356 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	MBLAC2	Q68D91	279 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	LHX8	Q68G74	356 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	RFWD3	Q6PCD5	774 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	RAPH1	Q70E73	1250 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TREML1	Q86YW5	311 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	GPATCH11	Q8N954	259 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CAPNS2	Q96L46	248 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	HAPLN3	Q96S86	360 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CPNE1	Q99829	537 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TACO1	Q9BSH4	297 aa	Known RBP	10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ZCWPW1	Q9H0M4	648 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	PNPO	Q9NVS9	261 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	DNAJC16	Q9Y2G8	782 aa		10.81	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	KCNU1	A8MYU2	1149 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	CCL22	O00626	93 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	KLF11	O14901	512 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	ENTPD5	O75356	428 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	OAZ2	O95190	189 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CUX1-217	ENST00000558836	TGDS	O95455	350 aa		10.8	□□□□□ -0.68

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