RNA–Protein interactions for RNA: YHR098C

SFB3, Transcript of Component of the Sec23p-Sfb3p heterodimer of the COPII vesicle coat, yeast

Gene SFB3, Length 2,790 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SFB3	YHR098C	MRPS5	P33759	307 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	RPS27A	P35997	82 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	RPS27B	P38711	82 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	TRS23	Q03784	219 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YMR317W	Q04893	1140 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	NAG1	Q8TGN9	163 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	FCF1	Q05498	189 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YGL258W-A	Q3E740	77 aa		4.61	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YCR085W	P25650	117 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	MID2	P36027	376 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YMR141C	P40211	102 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	VPS55	P47111	140 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	DSE2	P38844	325 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	ERG28	P40030	148 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	FIP1	P45976	327 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YLR112W	Q12130	139 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	BLM10	P43583	2143 aa		4.6	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	SEC16	P48415	2195 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	RAD6	P06104	172 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	VTC1	P40046	129 aa	RIP-Chip data	4.59	□□□□□ -1.67	not detected
SFB3	YHR098C	NCA3	P46955	337 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	LCB3	P47013	409 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	HST4	P53688	370 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YPL261C	Q08976	102 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YDR029W	Q12111	104 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	YKL183C-A	Q3E765	70 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	UBC5	P15732	148 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	GPI18	P38211	433 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	ECO1	P43605	281 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	CIS3	P47001	227 aa		4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	RPL15B	P54780	204 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	NIP7	Q08962	181 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
SFB3	YHR098C	DAD4	P69851	72 aa		4.59	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	ECM12	O13529	151 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YHR140W	P38842	239 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	MIX14	Q04341	121 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	AQY1	P0CD91	305 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	RPL32	P38061	130 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	MED6	P38782	295 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	UBC11	P52492	156 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	CAX4	P53223	239 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	HSK3	P69852	69 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	ABF2	Q02486	183 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YCL021W-A	Q96VH3	125 aa		4.58	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YIL029C	P40538	142 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	MRPL49	P40858	161 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	SKI6	P46948	246 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	COF1	Q03048	143 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	MST27	P53176	234 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YPR053C	Q6Q5F3	151 aa		4.57	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YHR139C-A	O13536	103 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YBR121C-A	P0C5L4	52 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	HMRA2	P0CY13	119 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YMR31	P19955	123 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	UPS1	Q05776	175 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YER175W-A	Q8TGU4	54 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	BRR2	P32639	2163 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	TIM22	Q12328	207 aa		4.56	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	Q0255	P03881	472 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	MGR2	Q02889	113 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	DAD1	Q12248	94 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	ACC1	Q00955	2233 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YCR022C	P25620	114 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	PCP1	P53259	346 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	ATP23	P53722	227 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	COX12	Q01519	83 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	IGO2	Q9P305	131 aa		4.55	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	RPL27A	P0C2H6	136 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YCR006C	P25350	157 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	INO2	P26798	304 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YIA6	P40556	373 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YGR018C	P53211	109 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	GLT1	Q12680	2145 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	SMP1	P38128	452 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YNL217W	P40152	326 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YFL051C	P43552	160 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	COA3	Q3E7B2	85 aa		4.54	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	RPS28B	P0C0X0	67 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	FPR2	P32472	135 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	SWS2	P53937	143 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	RPS28A	Q3E7X9	67 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YHL042W	P38729	150 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	BEM2	P39960	2167 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	GPI19	Q04082	140 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	YDR114C	Q04597	100 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	RPS8A	P0CX39	200 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	RPS8B	P0CX40	200 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	AGA1	P32323	725 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	SIM1	P40472	476 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	AIM34	Q03673	198 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	HNT3	Q08702	217 aa		4.53	□□□□□ -1.68
SFB3	YHR098C	SBH1	P52870	82 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	POL2	P21951	2222 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	RPL2A	P0CX45	254 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	RPL2B	P0CX46	254 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	FPR1	P20081	114 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	ALG13	P53178	202 aa		4.52	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	YBL071C	P38185	102 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	YNL194C	P40169	301 aa		4.51	□□□□□ -1.69
SFB3	YHR098C	TDA7	P53882	636 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 43.7 ms