RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000586407.1

LIG3-208, Transcript of DNA ligase 3, humanhuman

TSL 5

Gene LIG3, Length 815 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3-208ENST00000586407 SLC26A8Q96RN1 970 aa42.33■■■■■ 4.37
LIG3-208ENST00000586407 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP42.29■■■■■ 4.36
LIG3-208ENST00000586407 BCANQ96GW7 911 aa42.28■■■■■ 4.36
LIG3-208ENST00000586407 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP42.26■■■■■ 4.36
LIG3-208ENST00000586407 CLTCL1P53675 1640 aa42.26■■■■■ 4.36
LIG3-208ENST00000586407 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP42.24■■■■■ 4.35
LIG3-208ENST00000586407 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa42.22■■■■■ 4.35
LIG3-208ENST00000586407 TRPM2O94759 1503 aa42.21■■■■■ 4.35
LIG3-208ENST00000586407 ALKQ9UM73 1620 aa42.2■■■■■ 4.35
LIG3-208ENST00000586407 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP42.18■■■■■ 4.34
LIG3-208ENST00000586407 PIP4K2BP78356 416 aa42.17■■■■■ 4.34
LIG3-208ENST00000586407 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP42.17■■■■■ 4.34
LIG3-208ENST00000586407 HDGFP51858 240 aaKnown RBP42.15■■■■■ 4.34
LIG3-208ENST00000586407 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP42.14■■■■■ 4.34
LIG3-208ENST00000586407 TOM1O60784 492 aa42.13■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 KIF1BO60333 1816 aa42.11■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 NWD1Q149M9 1564 aa42.11■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 KCNA6P17658 529 aa42.11■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 FOXD1Q16676 465 aa42.09■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP42.08■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP42.08■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa42.07■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP42.07■■■■■ 4.33
LIG3-208ENST00000586407 TMEM94Q12767 1356 aa42.04■■■■■ 4.32
LIG3-208ENST00000586407 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP42.01■■■■■ 4.32
LIG3-208ENST00000586407 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa42■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP42■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa42■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 SETD5Q9C0A6 1442 aa42■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 TBX22Q9Y458 520 aa41.99■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 DIP2AQ14689 1571 aa41.98■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 HSPA1LP34931 641 aa41.95■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 MPHOSPH9Q99550 1183 aa41.95■■■■■ 4.31
LIG3-208ENST00000586407 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa41.91■■■■■ 4.3
LIG3-208ENST00000586407 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa41.88■■■■■ 4.3
LIG3-208ENST00000586407 PTPRUQ92729 1446 aa41.86■■■■■ 4.29
LIG3-208ENST00000586407 PPLO60437 1756 aa41.81■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 PIK3R4Q99570 1358 aa41.81■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 CCDC144AA2RUR9 1427 aa41.79■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa41.77■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP41.77■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 METP08581 1390 aa41.76■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 DISP3Q9P2K9 1392 aa41.76■■■■■ 4.28
LIG3-208ENST00000586407 MSH6P52701 1360 aa41.76■■■■■ 4.27
LIG3-208ENST00000586407 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP41.71■■■■■ 4.27
LIG3-208ENST00000586407 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa41.69■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 C14orf37Q86TY3 774 aa41.69■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 RGL3Q3MIN7 710 aa41.68■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa41.68■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa41.68■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 VGFO15240 615 aaPredicted RBP41.67■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP41.66■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP41.66■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 IFT172Q9UG01 1749 aa41.65■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 FAM135BQ49AJ0 1406 aa41.63■■■■■ 4.26
LIG3-208ENST00000586407 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa41.61■■■■■ 4.25
LIG3-208ENST00000586407 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa41.57■■■■■ 4.25
LIG3-208ENST00000586407 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP41.56■■■■■ 4.24
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LIG3-208ENST00000586407 C19orf44Q9H6X5 657 aa41.52■■■■■ 4.24
LIG3-208ENST00000586407 NALCNQ8IZF0 1738 aa41.49■■■■■ 4.23
LIG3-208ENST00000586407 ATF3P18847 181 aa41.47■■■■■ 4.23
LIG3-208ENST00000586407 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa41.47■■■■■ 4.23
LIG3-208ENST00000586407 ILDR2Q71H61 639 aa41.45■■■■■ 4.23
LIG3-208ENST00000586407 CADPS2Q86UW7 1296 aa41.45■■■■■ 4.23
LIG3-208ENST00000586407 PHLPP1O60346 1717 aa41.44■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 ROBO2Q9HCK4 1378 aa41.43■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 HRCP23327 699 aa41.42■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa41.41■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 PTCH1Q13635 1447 aa41.4■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa41.39■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 PIK3C2GO75747 1445 aa41.38■■■■■ 4.22
LIG3-208ENST00000586407 DCCP43146 1447 aa41.37■■■■■ 4.21
LIG3-208ENST00000586407 MST1RQ04912 1400 aa41.33■■■■■ 4.21
LIG3-208ENST00000586407 PRAG1Q86YV5 1406 aa41.33■■■■■ 4.21
LIG3-208ENST00000586407 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP41.31■■■■■ 4.2
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LIG3-208ENST00000586407 MYOM2P54296 1465 aa41.3■■■■■ 4.2
LIG3-208ENST00000586407 STK26Q9P289 416 aa41.3■■■■■ 4.2
LIG3-208ENST00000586407 NRXN1Q9ULB1 1477 aa41.28■■■■■ 4.2
LIG3-208ENST00000586407 BRINP3Q76B58 766 aa41.27■■■■■ 4.2
LIG3-208ENST00000586407 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP41.26■■■■■ 4.19
LIG3-208ENST00000586407 KNDC1Q76NI1 1749 aa41.24■■■■■ 4.19
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LIG3-208ENST00000586407 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP41.2■■■■■ 4.19
LIG3-208ENST00000586407 LAMC1P11047 1609 aa41.19■■■■■ 4.18
LIG3-208ENST00000586407 TECPR2O15040 1411 aa41.18■■■■■ 4.18
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LIG3-208ENST00000586407 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP41.18■■■■■ 4.18
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LIG3-208ENST00000586407 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa41.16■■■■■ 4.18
LIG3-208ENST00000586407 NHSL1Q5SYE7 1610 aa41.15■■■■■ 4.18
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LIG3-208ENST00000586407 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP41.12■■■■■ 4.17
LIG3-208ENST00000586407 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa41.09■■■■■ 4.17
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