RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478473.1

C9orf3-215, Transcript of chromosome 9 open reading frame 3, humanhuman

TSL 3

Gene C9orf3, Length 895 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
C9orf3-215ENST00000478473 TOM1O60784 492 aa35.3■■■■□ 3.24
C9orf3-215ENST00000478473 KCNA6P17658 529 aa35.28■■■■□ 3.24
C9orf3-215ENST00000478473 ALKQ9UM73 1620 aa35.28■■■■□ 3.24
C9orf3-215ENST00000478473 TRPM2O94759 1503 aa35.27■■■■□ 3.24
C9orf3-215ENST00000478473 SLC26A8Q96RN1 970 aa35.26■■■■□ 3.24
C9orf3-215ENST00000478473 CHGAP10645 457 aaKnown RBP35.24■■■■□ 3.23
C9orf3-215ENST00000478473 NWD1Q149M9 1564 aa35.24■■■■□ 3.23
C9orf3-215ENST00000478473 TBX22Q9Y458 520 aa35.22■■■■□ 3.23
C9orf3-215ENST00000478473 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP35.2■■■■□ 3.23
C9orf3-215ENST00000478473 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP35.19■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 TRIM52Q96A61 297 aa35.19■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa35.18■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP35.18■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 CLTCL1P53675 1640 aa35.17■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP35.16■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 DIP2AQ14689 1571 aa35.16■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP35.14■■■■□ 3.22
C9orf3-215ENST00000478473 PIK3R4Q99570 1358 aa35.13■■■■□ 3.21
C9orf3-215ENST00000478473 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP35.12■■■■□ 3.21
C9orf3-215ENST00000478473 BCANQ96GW7 911 aa35.12■■■■□ 3.21
C9orf3-215ENST00000478473 TMEM94Q12767 1356 aa35.12■■■■□ 3.21
C9orf3-215ENST00000478473 PIP4K2BP78356 416 aa35.08■■■■□ 3.21
C9orf3-215ENST00000478473 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP35.07■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa35.07■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP35.06■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa35.05■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 SETD5Q9C0A6 1442 aa35.04■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 KIF1BO60333 1816 aa35.04■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa35.03■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa35.03■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 HSPA1LP34931 641 aa35.02■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP35.01■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 MPHOSPH9Q99550 1183 aa35.01■■■■□ 3.2
C9orf3-215ENST00000478473 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP35.01■■■■□ 3.19
C9orf3-215ENST00000478473 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP34.98■■■■□ 3.19
C9orf3-215ENST00000478473 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa34.96■■■■□ 3.19
C9orf3-215ENST00000478473 FAM135BQ49AJ0 1406 aa34.96■■■■□ 3.19
C9orf3-215ENST00000478473 PTPRUQ92729 1446 aa34.94■■■■□ 3.18
C9orf3-215ENST00000478473 FOXD1Q16676 465 aa34.91■■■■□ 3.18
C9orf3-215ENST00000478473 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP34.91■■■■□ 3.18
C9orf3-215ENST00000478473 MSH6P52701 1360 aa34.9■■■■□ 3.18
C9orf3-215ENST00000478473 VGFO15240 615 aaPredicted RBP34.9■■■■□ 3.18
C9orf3-215ENST00000478473 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa34.89■■■■□ 3.18
C9orf3-215ENST00000478473 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa34.88■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP34.88■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 CCDC144AA2RUR9 1427 aa34.88■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa34.86■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 METP08581 1390 aa34.86■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 DISP3Q9P2K9 1392 aa34.85■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 HRCP23327 699 aa34.84■■■■□ 3.17
C9orf3-215ENST00000478473 PPLO60437 1756 aa34.82■■■■□ 3.16
C9orf3-215ENST00000478473 C19orf44Q9H6X5 657 aa34.79■■■■□ 3.16
C9orf3-215ENST00000478473 SLAIN2Q9P270 581 aa34.78■■■■□ 3.16
C9orf3-215ENST00000478473 PRAG1Q86YV5 1406 aa34.78■■■■□ 3.16
C9orf3-215ENST00000478473 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP34.78■■■■□ 3.16
C9orf3-215ENST00000478473 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa34.75■■■■□ 3.15
C9orf3-215ENST00000478473 DCCP43146 1447 aa34.74■■■■□ 3.15
C9orf3-215ENST00000478473 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP34.74■■■■□ 3.15
C9orf3-215ENST00000478473 CADPS2Q86UW7 1296 aa34.73■■■■□ 3.15
C9orf3-215ENST00000478473 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa34.73■■■■□ 3.15
C9orf3-215ENST00000478473 IFT172Q9UG01 1749 aa34.69■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP34.69■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 PTCH1Q13635 1447 aa34.68■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 C14orf37Q86TY3 774 aa34.67■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa34.65■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 ATF3P18847 181 aa34.65■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 RGL3Q3MIN7 710 aa34.65■■■■□ 3.14
C9orf3-215ENST00000478473 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa34.63■■■■□ 3.13
C9orf3-215ENST00000478473 ILDR2Q71H61 639 aa34.6■■■■□ 3.13
C9orf3-215ENST00000478473 PIK3C2GO75747 1445 aa34.6■■■■□ 3.13
C9orf3-215ENST00000478473 ROBO2Q9HCK4 1378 aa34.59■■■■□ 3.13
C9orf3-215ENST00000478473 NRXN1Q9ULB1 1477 aa34.57■■■■□ 3.12
C9orf3-215ENST00000478473 MST1RQ04912 1400 aa34.55■■■■□ 3.12
C9orf3-215ENST00000478473 MYOM2P54296 1465 aa34.55■■■■□ 3.12
C9orf3-215ENST00000478473 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP34.54■■■■□ 3.12
C9orf3-215ENST00000478473 TECPR2O15040 1411 aa34.54■■■■□ 3.12
C9orf3-215ENST00000478473 NALCNQ8IZF0 1738 aa34.53■■■■□ 3.12
C9orf3-215ENST00000478473 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP34.51■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 PHLPP1O60346 1717 aa34.5■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 BRINP3Q76B58 766 aa34.5■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa34.49■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP34.49■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 ABCC11Q96J66 1382 aa34.49■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP34.47■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 JCADQ9P266 1359 aa34.46■■■■□ 3.11
C9orf3-215ENST00000478473 KNDC1Q76NI1 1749 aa34.42■■■■□ 3.1
C9orf3-215ENST00000478473 LAMC1P11047 1609 aa34.41■■■■□ 3.1
C9orf3-215ENST00000478473 SIRT1Q96EB6 747 aa34.41■■■■□ 3.1
C9orf3-215ENST00000478473 STAC3Q96MF2 364 aa34.41■■■■□ 3.1
C9orf3-215ENST00000478473 C1orf167Q5SNV9 1468 aa34.39■■■■□ 3.1
C9orf3-215ENST00000478473 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP34.38■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 NHSL1Q5SYE7 1610 aa34.37■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 TMEM132EQ6IEE7 984 aa34.37■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa34.36■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP34.35■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 SOCS7O14512 581 aa34.34■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 CFAP70Q5T0N1 1121 aa34.34■■■■□ 3.09
C9orf3-215ENST00000478473 STK26Q9P289 416 aa34.32■■■■□ 3.08
C9orf3-215ENST00000478473 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa34.31■■■■□ 3.08
C9orf3-215ENST00000478473 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP34.31■■■■□ 3.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 33.7 ms