RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-211ENST00000467464 SLC26A8Q96RN1 970 aa18.28■□□□□ 0.52
PTPRF-211ENST00000467464 NWD1Q149M9 1564 aa18.28■□□□□ 0.52
PTPRF-211ENST00000467464 KCNA6P17658 529 aa18.26■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP18.25■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 ILDR2Q71H61 639 aa18.25■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP18.25■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 TMEM94Q12767 1356 aa18.24■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 MYO5BQ9ULV0 1848 aa18.23■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP18.23■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 HFM1A2PYH4 1435 aa18.23■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa18.22■□□□□ 0.51
PTPRF-211ENST00000467464 CHGAP10645 457 aaKnown RBP18.19■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP18.19■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 ABCF1Q8NE71 845 aaKnown RBP eCLIP18.18■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 TBX22Q9Y458 520 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa18.18■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 TRPM2O94759 1503 aa18.17■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 DIP2AQ14689 1571 aa18.17■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 MED1Q15648 1581 aaPredicted RBP18.17■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 HDGFP51858 240 aaKnown RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP18.16■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 FAM135BQ49AJ0 1406 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 CLTCL1P53675 1640 aa18.15■□□□□ 0.5
PTPRF-211ENST00000467464 BCANQ96GW7 911 aa18.14■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP18.13■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 PIK3R4Q99570 1358 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 PTPRUQ92729 1446 aa18.13■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa18.12■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa18.1■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa18.1■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 MSH6P52701 1360 aa18.08■□□□□ 0.49
PTPRF-211ENST00000467464 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa18.06■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 SOCS7O14512 581 aa18.05■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 TRIM52Q96A61 297 aa18.05■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP18.05■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 METP08581 1390 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa18.04■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP18.03■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 SLAIN2Q9P270 581 aa18.03■□□□□ 0.48
PTPRF-211ENST00000467464 FOXD1Q16676 465 aa17.99■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP17.98■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 C19orf44Q9H6X5 657 aa17.98■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 DCCP43146 1447 aa17.97■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP17.96■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa17.96■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 PRAG1Q86YV5 1406 aa17.96■□□□□ 0.47
PTPRF-211ENST00000467464 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa17.96■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 KIF1BO60333 1816 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 COL16A1Q07092 1604 aaPredicted RBP17.95■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 CADPS2Q86UW7 1296 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 MPHOSPH9Q99550 1183 aa17.95■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 RGS17Q9UGC6 210 aaPredicted RBP17.94■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 AHDC1Q5TGY3 1603 aaPredicted RBP17.94■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 MST1RQ04912 1400 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 PTCH1Q13635 1447 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 VGFO15240 615 aaPredicted RBP17.93■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 C14orf37Q86TY3 774 aa17.93■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 SETD5Q9C0A6 1442 aa17.92■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP17.92■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 PHLPP1O60346 1717 aa17.92■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 CCDC144AA2RUR9 1427 aa17.91■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 ATF3P18847 181 aa17.91■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 PPLO60437 1756 aa17.91■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 ROBO2Q9HCK4 1378 aa17.91■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 JCADQ9P266 1359 aa17.91■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 BRINP3Q76B58 766 aa17.9■□□□□ 0.46
PTPRF-211ENST00000467464 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa17.89■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 NALCNQ8IZF0 1738 aa17.89■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa17.88■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa17.87■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 LRP6O75581 1613 aa17.86■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 IFT172Q9UG01 1749 aa17.84■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa17.84■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 PIK3C2GO75747 1445 aa17.83■□□□□ 0.45
PTPRF-211ENST00000467464 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP17.83■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 RGL3Q3MIN7 710 aa17.83■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 C1orf167Q5SNV9 1468 aa17.82■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 POTEAQ6S8J7 498 aa17.82■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 NHSL1Q5SYE7 1610 aa17.82■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 TECPR2O15040 1411 aa17.81■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 SHPRHQ149N8 1683 aa17.81■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 SPATA31A6Q5VVP1 1343 aa17.81■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 NRXN1Q9ULB1 1477 aa17.81■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP17.79■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 DDX17Q92841 729 aaKnown RBP17.78■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 LAMC1P11047 1609 aa17.78■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 MYOM2P54296 1465 aa17.77■□□□□ 0.44
PTPRF-211ENST00000467464 ABCC11Q96J66 1382 aa17.77■□□□□ 0.43
PTPRF-211ENST00000467464 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa17.76■□□□□ 0.43
PTPRF-211ENST00000467464 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa17.75■□□□□ 0.43
PTPRF-211ENST00000467464 TMEM132EQ6IEE7 984 aa17.74■□□□□ 0.43
PTPRF-211ENST00000467464 ORAI2Q96SN7 254 aa17.74■□□□□ 0.43
PTPRF-211ENST00000467464 PNPLA6Q8IY17 1366 aa17.74■□□□□ 0.43
PTPRF-211ENST00000467464 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP17.73■□□□□ 0.43
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