RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000472880.1

COL9A3-210, Transcript of collagen type IX alpha 3 chain, humanhuman

TSL 3

Gene COL9A3, Length 959 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3-210ENST00000472880 HCFC1R1Q9NWW0 138 aa21.6■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 KCNH3Q9ULD8 1083 aa21.6■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 MYH15Q9Y2K3 1946 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 PRR23AA6NEV1 266 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 H0YCG3 227 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 MAPTP10636 758 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 ELF1P32519 619 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 MATR3P43243 847 aaKnown RBP eCLIP21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 SLC12A3P55017 1021 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 SLC8B1Q6J4K2 584 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 PHLDB3Q6NSJ2 640 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 ZPBP2Q6X784 338 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 ASCL5Q7RTU5 278 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 C18orf25Q96B23 403 aaPredicted RBP21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 BICD1Q96G01 975 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 LARSQ9P2J5 1176 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 DNMT3BQ9UBC3 853 aaKnown RBP21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 SMC3Q9UQE7 1217 aa21.59■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 USP34Q70CQ2 3546 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 H7C4K7 107 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 PRRG1O14668 218 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 CLDN3O15551 220 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 CD2BP2O95400 341 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 LRG1P02750 347 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 MCM4P33991 863 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 ARPP19P56211 112 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 TMEM119Q4V9L6 283 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 SEZ6Q53EL9 994 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 NPAS3Q8IXF0 933 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 ZNF461Q8TAF7 563 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 ING5Q8WYH8 240 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 NKD2Q969F2 451 aaPredicted RBP21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 AK8Q96MA6 479 aa21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 RPP25Q9BUL9 199 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 MRPS23Q9Y3D9 190 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.05
COL9A3-210ENST00000472880 DOCK6Q96HP0 2047 aa21.58■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 PDCD11Q14690 1871 aaKnown RBP21.58■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 WDR27A2RRH5 827 aa21.57■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 MCM2P49736 904 aa21.57■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CACNB1Q02641 598 aaPredicted RBP21.57■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 MCL1Q07820 350 aa21.57■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SHDQ96IW2 340 aa21.57■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 NPHP3-ACAD11A0A0J9YXS1 232 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 MEFVO15553 781 aaPredicted RBP21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SLC26A4O43511 780 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 RHOP08100 348 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 GPC5P78333 572 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SLC10A6Q3KNW5 377 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CTXN3Q4LDR2 81 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SPECC1Q5M775 1068 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ZNF280DQ6N043 979 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CALML4Q96GE6 196 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SUSD3Q96L08 255 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 KXD1Q9BQD3 176 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 TUBGCP4Q9UGJ1 667 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ODF2LQ9ULJ1 636 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SIT1Q9Y3P8 196 aa21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ZSCAN21Q9Y5A6 473 aaPredicted RBP21.56■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ARHGEF37A1IGU5 675 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ABLIM3O94929 683 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 DCNP07585 359 aaKnown RBP21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CXCL8P10145 99 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ATF2P15336 505 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 UBA7P41226 1012 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 NCKAP1LP55160 1127 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 APPL2Q8NEU8 664 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 RASSF8Q8NHQ8 419 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 REEP2Q9BRK0 252 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CYP4F11Q9HBI6 524 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 FBXL5Q9UKA1 691 aa21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ZFHX2Q9C0A1 2572 aaPredicted RBP21.55■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 TBC1D4O60343 1298 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 BMP15O95972 392 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CLTAP09496 248 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 PTPN2P17706 415 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 LIG4P49917 911 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 PFKPQ01813 784 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 PPP2R3AQ06190 1150 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 MRPL58Q14197 206 aaKnown RBP21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SLC5A9Q2M3M2 681 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 ARSHQ5FYA8 562 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 LARP1BQ659C4 914 aaKnown RBP21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 TPGS2Q68CL5 300 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 HAUS6Q7Z4H7 955 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 GPBP1Q86WP2 473 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 TCEAL8Q8IYN2 117 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 PJA1Q8NG27 643 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 TBC1D32Q96NH3 1257 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 FOXQ1Q9C009 403 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 PLEKHA5Q9HAU0 1116 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 AVENQ9NQS1 362 aaPredicted RBP21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 GDE1Q9NZC3 331 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 INSL5Q9Y5Q6 135 aa21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 GTF3C5Q9Y5Q8 519 aaPredicted RBP21.54■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 NOTCH4Q99466 2003 aa21.53■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 K7ENM7 598 aa21.53■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 HNRNPDLO14979 420 aaKnown RBP21.53■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 FAM13AO94988 1023 aa21.53■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 CPB1P15086 417 aa21.53■■□□□ 1.04
COL9A3-210ENST00000472880 SCP2P22307 547 aa21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 19.5 ms