RNA–Protein interactions for RNA: YML046W

PRP39, Transcript of U1 snRNP protein involved in splicing, yeast

Gene PRP39, Length 1,890 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
PRP39	YML046W	RDS3	Q06835	107 aa	Predicted RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	GAT3	Q07928	141 aa		0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	BUD21	Q08492	214 aa	Predicted RBP	0.2	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ARO3	P14843	370 aa	Known RBP	0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	FAR1	P21268	830 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MRPL20	P22354	195 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YCR102C	P25608	368 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PHO91	P27514	894 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	CAB3	P36076	571 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RFT1	P38206	574 aa	Predicted RBP	0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	QDR3	P38227	689 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SLM4	P38247	162 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	TOM22	P49334	152 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	FMP48	P53233	369 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YPL077C	Q02831	240 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	URC2	Q04411	772 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YLH47	Q06493	454 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SHS1	Q07657	551 aa		0.19	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	OM45	P16547	393 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RRT12	P25381	491 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	TOA2	P32774	122 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RRG9	P40156	214 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	GDS1	P41913	522 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MRPL19	P53875	158 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	DCP1	Q12517	231 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	UBA3	Q99344	299 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPS24A	P0CX31	135 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPS24B	P0CX32	135 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SPS100	P13130	326 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SCO1	P23833	295 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RRP7	P25368	297 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MXR2	P25566	168 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YNL320W	P42840	284 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	IRC6	P43615	237 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YDR341C	Q05506	607 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SUE1	Q06524	206 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	AAD15	Q08361	143 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ALE1	Q08548	619 aa		0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PFK27	Q12471	397 aa	Predicted RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	CDC39	P25655	2108 aa	Known RBP	0.18	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SAC3	P46674	1301 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MSF1	P08425	469 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RNA1	P11745	407 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YHL044W	P38727	235 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SLM1	P40485	686 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	CIS3	P47001	227 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YNL134C	P53912	376 aa	Known RBP	0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YMR166C	Q03829	368 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	PML1	Q07930	204 aa	Predicted RBP	0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YLR036C	Q07986	203 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YOL075C	Q08234	1294 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SFI1	Q12369	946 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YPR064W	Q12492	139 aa		0.17	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YOL163W	P0CF20	169 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	VPS1	P21576	704 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YSC83	P32792	385 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPT5	P33297	434 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	FIG1	P38224	298 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YDR089W	P38966	869 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YMR144W	P40214	342 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MIG2	P53035	382 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RTT102	P53330	157 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SSU72	P53538	206 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YNL040W	P53960	456 aa	Predicted RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	SCS7	Q03529	384 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	YMR321C	Q04898	105 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	TIM22	Q12328	207 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MNE1	P24720	663 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	HMT1	P38074	348 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	KAP104	P38217	918 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	FMP23	P38231	175 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RXT2	P38255	430 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	AGE2	P40529	298 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	GPD2	P41911	440 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RPC17	P47076	161 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	RTC5	Q12108	567 aa	Known RBP	0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	MED1	Q12321	566 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	ISN1	Q99312	450 aa		0.16	□□□□□ -2.38
PRP39	YML046W	HAP2	P06774	265 aa		0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	POL30	P15873	258 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SEN2	P16658	377 aa		0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SPL2	P38839	148 aa		0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	FYV8	P46949	817 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	EBS1	Q03466	884 aa	Known RBP	0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	INM2	Q05533	292 aa		0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	SPO77	Q06134	477 aa		0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	VPS68	Q12016	184 aa		0.15	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	BTT1	P40314	149 aa	Predicted RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YIL012W	P40551	113 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	LCB2	P40970	561 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YJR012C	P47087	207 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PRM15	Q03262	622 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PSY3	Q12318	242 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	YOR012W	Q12351	137 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	BLM10	P43583	2143 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	CPR2	P23285	205 aa		0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	PRS3	P38689	320 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	EDC2	P40023	145 aa	Predicted RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	ERG10	P41338	398 aa	Known RBP	0.14	□□□□□ -2.39
PRP39	YML046W	NUP57	P48837	541 aa		0.14	□□□□□ -2.39

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