RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000467464.1

PTPRF-211, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 3

Gene PTPRF, Length 571 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXA2	O43364	376 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SLITRK3	O94933	977 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	EYA4	O95677	639 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	EOMES	O95936	686 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSCAN20	P17040	1043 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	COL9A1	P20849	921 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	PHKA2	P46019	1235 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NRIP1	P48552	1158 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	DNM2	P50570	870 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	ERVFC1	P60507	584 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM10	P98175	930 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CDC42EP1	Q00587	391 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNC3	Q14003	757 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	SMAD2	Q15796	467 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CLUL1	Q15846	466 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	C8orf34	Q49A92	452 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	NCAPH2	Q6IBW4	605 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	EP400NL	Q6ZTU2	488 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	GJD3	Q8N144	294 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LRRC43	Q8N309	656 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CEP170P1	Q96L14	293 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	MTMR9	Q96QG7	549 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	HSD17B14	Q9BPX1	270 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	IGFLR1	Q9H665	355 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	MINDY3	Q9H8M7	445 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	XPNPEP1	Q9NQW7	623 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	CHST12	Q9NRB3	414 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	AAAS	Q9NRG9	546 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	RAPGEFL1	Q9UHV5	662 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LZTS1	Q9Y250	596 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	COL4A3BP	Q9Y5P4	624 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	LOXHD1	Q8IVV2	1947 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	BRWD1	Q9NSI6	2320 aa		13.4	□□□□□ -0.26
PTPRF-211	ENST00000467464	DKC1	O60832	514 aa	Known RBP eCLIP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LYPLA2	O95372	231 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	HOXA11	P31270	313 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	YWHAB	P31946	246 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RFC5	P40937	340 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FOSB	P53539	338 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CYP4A11	Q02928	519 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SMAD4	Q13485	552 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CTTN	Q14247	550 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SPOUT1	Q5T280	376 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	KCNT2	Q6UVM3	1135 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ADHFE1	Q8IWW8	467 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SLFN12	Q8IYM2	578 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	THNSL1	Q8IYQ7	743 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RNF169	Q8NCN4	708 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SMRP1	Q8NCR6	262 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	HELQ	Q8TDG4	1101 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	MRPS27	Q92552	414 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM143	Q96AN5	459 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NLRP4	Q96MN2	994 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	JPH2	Q9BR39	696 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	C1QTNF1	Q9BXJ1	281 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TMEM60	Q9H2L4	133 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ZSWIM4	Q9H7M6	989 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BRMS1	Q9HCU9	246 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	TLR9	Q9NR96	1032 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PRKAG3	Q9UGI9	489 aa		13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FNDC1	Q4ZHG4	1894 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	B4GALT3	O60512	393 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF623	O75123	536 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LAMTOR4	Q0VGL1	99 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	COASY	Q13057	564 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	EMC2	Q15006	297 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CALCRL	Q16602	461 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	DUSP6	Q16828	381 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	RBM23	Q86U06	439 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CCDC83	Q8IWF9	413 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC39A11	Q8N1S5	342 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PRPF31	Q8WWY3	499 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PSPC1	Q8WXF1	523 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	SLC7A3	Q8WY07	619 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LPP	Q93052	612 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	ZNF558	Q96NG5	402 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF2AK1	Q9BQI3	630 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LRFN3	Q9BTN0	628 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	AGPAT5	Q9NUQ2	364 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	FAM105A	Q9NUU6	356 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	DACT1	Q9NYF0	836 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	CD207	Q9UJ71	328 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	BARX2	Q9UMQ3	279 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	LIMCH1	Q9UPQ0	1083 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PIN4	Q9Y237	131 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	WDR81	Q562E7	1941 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PLXNA4	Q9HCM2	1894 aa		13.38	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	EVPL	Q92817	2033 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	HIDE1	A8MVS5	230 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	PER2	O15055	1255 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	GAS2	O43903	313 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NEMF	O60524	1076 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	EIF5B	O60841	1220 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	NDUFV1	P49821	464 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	POLG	P54098	1239 aa	Predicted RBP	13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	UBXN11	Q5T124	520 aa		13.37	□□□□□ -0.27
PTPRF-211	ENST00000467464	AGMO	Q6ZNB7	445 aa		13.37	□□□□□ -0.27

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