RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 ARHGAP1Q07960 439 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 KCNV1Q6PIU1 500 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 CAGE1Q8TC20 777 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 VWCEQ96DN2 955 aa21.42■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 NR3C2P08235 984 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 SART3Q15020 963 aaKnown RBP21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 DGKDQ16760 1214 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 LY6KQ17RY6 165 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 CYB5R4Q7L1T6 521 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 STAG2Q8N3U4 1231 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 AFG1LQ8WV93 481 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 KATNAL1Q9BW62 490 aa21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 DDX41Q9UJV9 622 aaKnown RBP21.41■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 ZBBXA8MT70 800 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 PARNO95453 639 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 CYP21A2P08686 494 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 IQCF3P0C7M6 154 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 ATP2A2P16615 1042 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 EIF2AK2P19525 551 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 LAMC2Q13753 1193 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 GRM4Q14833 912 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 STOX1Q6ZVD7 989 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 PHOSPHO2Q8TCD6 241 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 SLC9A7Q96T83 725 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 NKX2-4Q9H2Z4 354 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 PRDM12Q9H4Q4 367 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 PCDHA1Q9Y5I3 950 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 PTPRSQ13332 1948 aa21.4■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 OPLAHO14841 1288 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 CHMLP26374 656 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 PTGISQ16647 500 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 RALYLQ86SE5 291 aaKnown RBP21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 NCOA7Q8NI08 942 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 AFAP1L1Q8TED9 768 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 RIOX1Q9H6W3 641 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 YBX2Q9Y2T7 364 aaKnown RBP21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 MRVI1Q9Y6F6 885 aa21.39■■□□□ 1.02
CLN3-241ENST00000635861 NCOR1O75376 2440 aa21.39■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 BAIAP3O94812 1187 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 RBL2Q08999 1139 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 DEFB128Q7Z7B8 93 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PPTC7Q8NI37 304 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PDCD2LQ9BRP1 358 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 IFIT3O14879 490 aaKnown RBP21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 TGFB3P10600 412 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 WTAPQ15007 396 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PPP2R2DQ66LE6 453 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 USP38Q8NB14 1042 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 KAT2BQ92831 832 aa21.38■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 REV3LO60673 3130 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 KAT6AQ92794 2004 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 SGSM2O43147 1006 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PPP1R11O60927 126 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 F2P00734 622 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 HOXD8P13378 290 aaPredicted RBP21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PTH1RQ03431 593 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 TMEM67Q5HYA8 995 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 TJAP1Q5JTD0 557 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 VSIG10LQ86VR7 867 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 DHX37Q8IY37 1157 aaKnown RBP21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 MTA3Q9BTC8 594 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 GTF2IRD1Q9UHL9 959 aa21.37■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 E7EWF7 191 aa21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 TROAPQ12815 778 aa21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PGM5Q15124 567 aa21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 GDF6Q6KF10 455 aaPredicted RBP21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 CHST3Q7LGC8 479 aa21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 ATXN2LQ8WWM7 1075 aaKnown RBP21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 MAP3K14Q99558 947 aa21.36■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PNMA6FA0A0J9YX94 578 aa21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PPFIA4O75335 1185 aa21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 POLR2MP0CAP2 368 aa21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 RABGGTBP53611 331 aa21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 C7orf31Q8N865 590 aa21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 MAP4K1Q92918 833 aa21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP21.35■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 DOCK5Q9H7D0 1870 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 KIF28PB7ZC32 967 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 HAS3O00219 553 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 STAM2O75886 525 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 SELPP16109 830 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 CCND2P30279 289 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PSEN2P49810 448 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 ADGRE1Q14246 886 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 MYSM1Q5VVJ2 828 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 CATIPQ7Z7H3 387 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 HOMER1Q86YM7 354 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 CTAGE1Q96RT6 745 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PIGSQ96S52 555 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 THEGQ9P2T0 379 aa21.34■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 RGS20O76081 388 aa21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 MYCLP12524 364 aaPredicted RBP21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 SMARCA1P28370 1054 aa21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 CHMP4BP1P59074 171 aa21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 PTK7Q13308 1070 aa21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 MFSD10Q14728 455 aa21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 CELF3Q5SZQ8 465 aaKnown RBP21.33■■□□□ 1.01
CLN3-241ENST00000635861 LRRC8DQ7L1W4 858 aa21.33■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 26.9 ms