RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 NISCHQ9Y2I1 1504 aa46.14■■■■■ 4.98
CLN3-241ENST00000635861 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa41.52■■■■■ 4.24
CLN3-241ENST00000635861 ABCC9O60706 1549 aa41.13■■■■■ 4.17
CLN3-241ENST00000635861 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa39.39■■■■□ 3.9
CLN3-241ENST00000635861 NACADO15069 1562 aa39.16■■■■□ 3.86
CLN3-241ENST00000635861 MYO15BQ96JP2 1530 aa38.73■■■■□ 3.79
CLN3-241ENST00000635861 DCAF8L2P0C7V8 631 aa38.66■■■■□ 3.78
CLN3-241ENST00000635861 UNC13AQ9UPW8 1703 aa38.55■■■■□ 3.76
CLN3-241ENST00000635861 DNAJC5BQ9UF47 199 aa38.38■■■■□ 3.73
CLN3-241ENST00000635861 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP38.28■■■■□ 3.72
CLN3-241ENST00000635861 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa38.24■■■■□ 3.71
CLN3-241ENST00000635861 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP38.21■■■■□ 3.71
CLN3-241ENST00000635861 BICRAQ9NZM4 1560 aa38.16■■■■□ 3.7
CLN3-241ENST00000635861 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa37.84■■■■□ 3.65
CLN3-241ENST00000635861 SCRIBQ14160 1630 aa37.64■■■■□ 3.62
CLN3-241ENST00000635861 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa37.27■■■■□ 3.56
CLN3-241ENST00000635861 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP37.24■■■■□ 3.55
CLN3-241ENST00000635861 CECR2Q9BXF3 1484 aa37.09■■■■□ 3.53
CLN3-241ENST00000635861 NCAPD3P42695 1498 aa36.09■■■■□ 3.37
CLN3-241ENST00000635861 SMARCA4P51532 1647 aa36.01■■■■□ 3.35
CLN3-241ENST00000635861 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa35.95■■■■□ 3.35
CLN3-241ENST00000635861 SMARCA2P51531 1590 aa35.95■■■■□ 3.35
CLN3-241ENST00000635861 HMGXB3Q12766 1538 aa35.89■■■■□ 3.34
CLN3-241ENST00000635861 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP35.87■■■■□ 3.33
CLN3-241ENST00000635861 PEG3Q9GZU2 1588 aa35.72■■■■□ 3.31
CLN3-241ENST00000635861 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP35.62■■■■□ 3.29
CLN3-241ENST00000635861 CUX2O14529 1486 aa35.56■■■■□ 3.28
CLN3-241ENST00000635861 ERCC6Q03468 1493 aa35.56■■■■□ 3.28
CLN3-241ENST00000635861 MROH2BQ7Z745 1585 aa35.49■■■■□ 3.27
CLN3-241ENST00000635861 NESP48681 1621 aa35.35■■■■□ 3.25
CLN3-241ENST00000635861 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa35.32■■■■□ 3.25
CLN3-241ENST00000635861 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa35.28■■■■□ 3.24
CLN3-241ENST00000635861 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP35.12■■■■□ 3.21
CLN3-241ENST00000635861 WIZO95785 1651 aa35.11■■■■□ 3.21
CLN3-241ENST00000635861 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa35.06■■■■□ 3.2
CLN3-241ENST00000635861 PDS5BQ9NTI5 1447 aa35.05■■■■□ 3.2
CLN3-241ENST00000635861 CADPSQ9ULU8 1353 aa34.95■■■■□ 3.19
CLN3-241ENST00000635861 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP34.79■■■■□ 3.16
CLN3-241ENST00000635861 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP34.72■■■■□ 3.15
CLN3-241ENST00000635861 MRC2Q9UBG0 1479 aa34.72■■■■□ 3.15
CLN3-241ENST00000635861 WDR62O43379 1518 aa34.67■■■■□ 3.14
CLN3-241ENST00000635861 CFTRP13569 1480 aa34.61■■■■□ 3.13
CLN3-241ENST00000635861 CEP164Q9UPV0 1460 aa34.61■■■■□ 3.13
CLN3-241ENST00000635861 FANCD2Q9BXW9 1451 aa34.55■■■■□ 3.12
CLN3-241ENST00000635861 PRDM2Q13029 1718 aa34.48■■■■□ 3.11
CLN3-241ENST00000635861 CCDC88BA6NC98 1476 aa34.25■■■■□ 3.07
CLN3-241ENST00000635861 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP34.24■■■■□ 3.07
CLN3-241ENST00000635861 ABCC8Q09428 1581 aa33.98■■■■□ 3.03
CLN3-241ENST00000635861 IFT140Q96RY7 1462 aa33.94■■■■□ 3.02
CLN3-241ENST00000635861 TOPBP1Q92547 1522 aa33.92■■■■□ 3.02
CLN3-241ENST00000635861 DNMBPQ6XZF7 1577 aa33.87■■■■□ 3.01
CLN3-241ENST00000635861 OSCARQ8IYS5 282 aa33.85■■■■□ 3.01
CLN3-241ENST00000635861 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP33.75■■■□□ 2.99
CLN3-241ENST00000635861 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP33.69■■■□□ 2.98
CLN3-241ENST00000635861 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP33.66■■■□□ 2.98
CLN3-241ENST00000635861 TRIM41Q8WV44 630 aa33.66■■■□□ 2.98
CLN3-241ENST00000635861 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP33.57■■■□□ 2.97
CLN3-241ENST00000635861 WDR97A6NE52 1622 aa33.47■■■□□ 2.95
CLN3-241ENST00000635861 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa33.46■■■□□ 2.95
CLN3-241ENST00000635861 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa33.46■■■□□ 2.95
CLN3-241ENST00000635861 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa33.46■■■□□ 2.95
CLN3-241ENST00000635861 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP33.46■■■□□ 2.956e-6■■■■□ 25.1
CLN3-241ENST00000635861 CHD1O14646 1710 aa33.45■■■□□ 2.95
CLN3-241ENST00000635861 SOGA1O94964 1423 aa33.4■■■□□ 2.94
CLN3-241ENST00000635861 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa33.37■■■□□ 2.93
CLN3-241ENST00000635861 FGD5Q6ZNL6 1462 aa33.37■■■□□ 2.93
CLN3-241ENST00000635861 CUX1P39880 1505 aa33.36■■■□□ 2.93
CLN3-241ENST00000635861 ARHGEF11O15085 1522 aa33.34■■■□□ 2.93
CLN3-241ENST00000635861 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP33.24■■■□□ 2.91
CLN3-241ENST00000635861 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP33.19■■■□□ 2.9
CLN3-241ENST00000635861 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP33.19■■■□□ 2.9
CLN3-241ENST00000635861 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa33.17■■■□□ 2.9
CLN3-241ENST00000635861 FBLN2P98095 1184 aa33.16■■■□□ 2.9
CLN3-241ENST00000635861 GRIN2BQ13224 1484 aa33.15■■■□□ 2.9
CLN3-241ENST00000635861 PBRM1Q86U86 1689 aa33.11■■■□□ 2.89
CLN3-241ENST00000635861 SYNJ1O43426 1573 aa33.07■■■□□ 2.88
CLN3-241ENST00000635861 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa33.06■■■□□ 2.88
CLN3-241ENST00000635861 CLASP1Q7Z460 1538 aa33.04■■■□□ 2.88
CLN3-241ENST00000635861 SYNJ2O15056 1496 aa33.03■■■□□ 2.88
CLN3-241ENST00000635861 GAPVD1Q14C86 1478 aa33.02■■■□□ 2.88
CLN3-241ENST00000635861 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa33.02■■■□□ 2.88
CLN3-241ENST00000635861 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP33.01■■■□□ 2.87
CLN3-241ENST00000635861 ARAP1Q96P48 1450 aa32.99■■■□□ 2.87
CLN3-241ENST00000635861 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa32.98■■■□□ 2.87
CLN3-241ENST00000635861 CYB5RLQ6IPT4 315 aa32.96■■■□□ 2.87
CLN3-241ENST00000635861 TOP2BQ02880 1626 aa32.94■■■□□ 2.86
CLN3-241ENST00000635861 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP32.91■■■□□ 2.86
CLN3-241ENST00000635861 ADAMTS12P58397 1594 aa32.75■■■□□ 2.83
CLN3-241ENST00000635861 GRIN2AQ12879 1464 aa32.72■■■□□ 2.83
CLN3-241ENST00000635861 ERICH3Q5RHP9 1530 aa32.68■■■□□ 2.82
CLN3-241ENST00000635861 FHAD1B1AJZ9 1412 aa32.63■■■□□ 2.81
CLN3-241ENST00000635861 NUP160Q12769 1436 aa32.61■■■□□ 2.81
CLN3-241ENST00000635861 CEP170Q5SW79 1584 aa32.59■■■□□ 2.81
CLN3-241ENST00000635861 TRHP20396 242 aaPredicted RBP32.56■■■□□ 2.8
CLN3-241ENST00000635861 SHROOM2Q13796 1616 aa32.52■■■□□ 2.8
CLN3-241ENST00000635861 ERCC6L2Q5T890 1561 aa32.42■■■□□ 2.78
CLN3-241ENST00000635861 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa32.29■■■□□ 2.76
CLN3-241ENST00000635861 CUL7Q14999 1698 aa32.28■■■□□ 2.76
CLN3-241ENST00000635861 KIF27Q86VH2 1401 aa32.25■■■□□ 2.75
CLN3-241ENST00000635861 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP32.22■■■□□ 2.75
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 73.8 ms