RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 NFRKBQ6P4R8 1299 aa25.04■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 DEFB128Q7Z7B8 93 aa25.04■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 VWCEQ96DN2 955 aa25.04■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 CHD9Q3L8U1 2897 aa25.03■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 MYCLP12524 364 aaPredicted RBP25.03■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 SART3Q15020 963 aaKnown RBP25.03■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 PIBF1Q8WXW3 757 aa25.03■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 MRVI1Q9Y6F6 885 aa25.03■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 ZBBXA8MT70 800 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 CYTH3O43739 400 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 SORBS3O60504 671 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 TROAPQ12815 778 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 MB21D2Q8IYB1 491 aaPredicted RBP25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 RPUSD2Q8IZ73 545 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 IL31RAQ8NI17 732 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 MAP4K1Q92918 833 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 ZFP91Q96JP5 570 aaPredicted RBP25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 PDCD2LQ9BRP1 358 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 RIOX1Q9H6W3 641 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 DDX41Q9UJV9 622 aaKnown RBP25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 NOD1Q9Y239 953 aa25.02■■□□□ 1.6
USP40-215ENST00000484528 DOCK5Q9H7D0 1870 aa25.01■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 EIF3JO75822 258 aaKnown RBP25.01■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 GHRHRQ02643 423 aa25.01■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 MYL10Q9BUA6 226 aa25.01■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 NKX2-4Q9H2Z4 354 aa25.01■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 MSRAQ9UJ68 235 aa25.01■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PTPN11Q06124 597 aaPredicted RBP25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 RAB30Q15771 203 aa25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 CATIPQ7Z7H3 387 aa25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 FCHSD1Q86WN1 690 aa25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 KAT2BQ92831 832 aa25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PRDM12Q9H4Q4 367 aa25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 YBX2Q9Y2T7 364 aaKnown RBP25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 SLC4A7Q9Y6M7 1214 aa25■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 RGS20O76081 388 aa24.99■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 RABGGTBP53611 331 aa24.99■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PTGISQ16647 500 aa24.99■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 IGDCC4Q8TDY8 1250 aa24.99■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PNMA6FA0A0J9YX94 578 aa24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 GCOM1H8Y6P7 765 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 POLR2MP0CAP2 368 aa24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 ZNF286BP0CG31 522 aa24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 CASTP20810 708 aaKnown RBP24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 COL9A3Q14050 684 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PGM5Q15124 567 aa24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 GDF6Q6KF10 455 aaPredicted RBP24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 SKAP1Q86WV1 359 aa24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 DHX37Q8IY37 1157 aaKnown RBP24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 RETREG2Q8NC44 543 aa24.98■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 MYOGP15173 224 aa24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 DGKDQ16760 1214 aa24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 ZNF654Q8IZM8 581 aa24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 USP38Q8NB14 1042 aa24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 ALG1Q9BT22 464 aa24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 COL25A1Q9BXS0 654 aaPredicted RBP24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 LSG1Q9H089 658 aaKnown RBP24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 LY9Q9HBG7 655 aa24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 MAP3K20Q9NYL2 800 aaKnown RBP24.97■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PITPNM1O00562 1244 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PRC1O43663 620 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PFKMP08237 780 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 IQCF3P0C7M6 154 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 BFSP2Q13515 415 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 LAMC2Q13753 1193 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 VSIG10LQ86VR7 867 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 EMID1Q96A84 441 aaPredicted RBP24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 CTAGE1Q96RT6 745 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 GAS2L1Q99501 681 aaPredicted RBP24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 SLC28A3Q9HAS3 691 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 PTPRSQ13332 1948 aa24.96■■□□□ 1.59
USP40-215ENST00000484528 CHD7Q9P2D1 2997 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 RBAK-RBAKDNI3L0D1 243 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 CCND2P30279 289 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 PSEN2P49810 448 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 TRAF1Q13077 416 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 CASC1Q6TDU7 716 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 PPTC7Q8NI37 304 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 ESYT1Q9BSJ8 1104 aa24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 FTOQ9C0B1 505 aaKnown RBP eCLIP24.95■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 GGPS1O95749 300 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 ATP2A2P16615 1042 aaKnown RBP24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 UBA1P22314 1058 aaKnown RBP24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 RFC2P35250 354 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 MFSD10Q14728 455 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 SESTD1Q86VW0 696 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 SAMD3Q8N6K7 520 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 CTCFLQ8NI51 663 aaPredicted RBP24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 PPM1EQ8WY54 764 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 HDAC6Q9UBN7 1215 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 TTC28Q96AY4 2481 aa24.94■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 SLC27A2O14975 620 aa24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 DDAH1O94760 285 aa24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 ACTN1P12814 892 aa24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 RXRAP19793 462 aa24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 SP2Q02086 613 aa24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 KIAA0753Q2KHM9 967 aa24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 CELF3Q5SZQ8 465 aaKnown RBP24.93■■□□□ 1.58
USP40-215ENST00000484528 MYSM1Q5VVJ2 828 aa24.93■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 16.5 ms