RNA–Protein interactions for RNA: YLR132C

USB1, Transcript of Putative phosphodiesterase specific for U6 snRNA 3' end modification, yeast

Gene USB1, Length 873 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
USB1	YLR132C	CLB2	P24869	491 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ICS2	P38284	255 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	RFC1	P38630	861 aa	Known RBP	4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ELO1	P39540	310 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	NDE1	P40215	560 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SGM1	P47166	707 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YGR066C	P53242	292 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YNL234W	P53857	426 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	MDM1	Q01846	1127 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	DPB4	Q04603	196 aa	Known RBP	4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	UTP21	Q06078	939 aa	Predicted RBP	4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SLM3	Q12093	417 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ATG9	Q12142	997 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	TAH18	Q12181	623 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SPT7	P35177	1332 aa		4.18	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YRF1-4	O13559	1382 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ARD1	P07347	238 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	OLE1	P21147	510 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	MGM1	P32266	881 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	MIA40	P36046	403 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	VPS41	P38959	992 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	NOC2	P39744	710 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YIR016W	P40572	265 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	EAF6	P47128	113 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	DSD1	P53095	428 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ERG26	P53199	349 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YTP1	P53584	459 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	EAF7	P53911	425 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ASI1	P54074	624 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CTL1	Q03220	320 aa	Known RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ECI1	Q05871	280 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	LUC7	Q07508	261 aa	Predicted RBP	4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YEH1	Q07804	573 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CDC45	Q08032	650 aa		4.17	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CBS1	P14066	229 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	OCA4	P25366	362 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	BOS1	P25385	244 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SSE2	P32590	693 aa	Known RBP	4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YBR225W	P38321	900 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	TSC10	P38342	320 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	LCL3	P53153	274 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	EFM6	P53970	246 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	NGL3	Q03210	505 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	CAC2	Q04199	468 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	ECM30	Q06673	1274 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	GSH2	Q08220	491 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	SDH5	Q08230	162 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YJR112W-A	Q3E743	109 aa		4.16	□□□□□ -1.74
USB1	YLR132C	YPT1	P01123	206 aa	Known RBP	4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	KAR3	P17119	729 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	GAC1	P28006	793 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YBR144C	P34215	104 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SEF1	P34228	1148 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	UTP9	P38882	575 aa	Known RBP	4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RGI2	P40188	164 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ALG5	P40350	334 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MDV1	P47025	714 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SRB7	P47822	140 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MRX6	P48564	524 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SGF73	P53165	657 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	VPS75	P53853	264 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ATG26	Q06321	1198 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	TEN1	Q07921	160 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YPT6	Q99260	215 aa		4.15	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	CBP1	P07252	654 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	EST1	P17214	699 aa	Predicted RBP	4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SUI2	P20459	304 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	AIM17	P23180	465 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YCP4	P25349	247 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PGS1	P25578	521 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	IMG1	P25626	169 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YKL100C	P34248	587 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	UBP11	P36026	717 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MNN2	P38069	597 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	LYS20	P48570	428 aa	Known RBP	4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	BOP3	P53958	396 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RPL15B	P54780	204 aa	Predicted RBP	4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MFB1	Q04922	465 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	VPS38	Q05919	439 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	GRC3	Q07845	632 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	RDR1	Q08904	546 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	UBX3	Q12229	455 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	SPE4	Q12455	300 aa		4.14	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	CDC31	P06704	161 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	DFR1	P07807	211 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.13	□□□□□ -1.75	not detected
USB1	YLR132C	MET8	P15807	274 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ANS1	P38832	159 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ESL1	P40456	1118 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	LSC1	P53598	329 aa	Known RBP	4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	MRPL19	P53875	158 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YNL181W	P53878	407 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YDL218W	Q07629	317 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YLR112W	Q12130	139 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	AVL9	Q12500	764 aa		4.13	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	FOB1	O13329	566 aa		4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PDA1	P16387	420 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	PUP3	P25451	205 aa	Known RBP	4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	YBL055C	P34220	418 aa	Predicted RBP	4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	ROT2	P38138	954 aa		4.12	□□□□□ -1.75
USB1	YLR132C	IAH1	P41734	238 aa		4.12	□□□□□ -1.75

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