RNA–Protein interactions for RNA: YOL013C

HRD1, Transcript of Ubiquitin-protein ligase, yeast

Gene HRD1, Length 1,656 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
HRD1	YOL013C	PMT1	P33775	817 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	IME4	P41833	600 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SHE4	P51534	789 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	NMA2	P53204	395 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	FDC1	Q03034	503 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	RAD33	Q04231	177 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	DON1	Q05610	365 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	RBS1	Q05672	457 aa	Known RBP	3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	ARR3	Q06598	404 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	MLH2	Q07980	695 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	TCO89	Q08921	799 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	CTF3	Q12748	733 aa		3.42	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SSN2	P38931	1420 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	GAL80	P04387	435 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	PAP1	P29468	568 aa	Known RBP	3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SWC3	P31376	625 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	GCD7	P32502	381 aa	Predicted RBP	3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SWH1	P35845	1188 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	YMC2	P38087	329 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	RRT2	P38332	387 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	TMN3	P40071	706 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	MNP1	P53163	194 aa	Predicted RBP	3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	YDR239C	Q03780	787 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	CRF1	Q04930	467 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	DBP9	Q06218	594 aa	Known RBP	3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	AIM41	Q12032	185 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	ATG29	Q12092	213 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	RKI1	Q12189	258 aa		3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	ERG27	Q12452	347 aa	Known RBP	3.41	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	DFR1	P07807	211 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.4	□□□□□ -1.86	not detected
HRD1	YOL013C	YML003W	P0CF16	290 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	RPL1A	P0CX43	217 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	RPL1B	P0CX44	217 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	EST1	P17214	699 aa	Predicted RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	VPS33	P20795	691 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SNT1	P25357	1226 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	BUD14	P27637	709 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	MSS1	P32559	526 aa	Predicted RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	IME2	P32581	645 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	YEL043W	P32618	956 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	LOT5	P34234	306 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	MNN2	P38069	597 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	LRO1	P40345	661 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SEC27	P41811	889 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	GCD10	P41814	478 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	AIP1	P46680	615 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	PET130	P47065	347 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	DIP5	P53388	608 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	ABZ2	Q03266	374 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	UFO1	Q04511	668 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	SOV1	Q04748	898 aa		3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	LUC7	Q07508	261 aa	Predicted RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	PRS5	Q12265	496 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.86
HRD1	YOL013C	LAM4	P38800	1345 aa		3.4	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SPT6	P23615	1451 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	ARD1	P07347	238 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	RPL3	P14126	387 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	OM45	P16547	393 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	DBP3	P20447	523 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	VPS34	P22543	875 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SPB1	P25582	841 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SYN8	P31377	255 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SEF1	P34228	1148 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	MTG2	P38860	518 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	CAK1	P43568	368 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	IDS2	P46958	469 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	CTK2	P46962	323 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	ALT2	P52892	507 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	PDR16	P53860	351 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	MTG1	Q03151	367 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YMR111C	Q04461	462 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	VPS38	Q05919	439 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	THI7	Q05998	598 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	MRI1	Q06489	411 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	GPN2	Q08726	347 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	MDM20	Q12387	796 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	CHD1	P32657	1468 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YML002W	P0CF17	737 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SEC12	P11655	471 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	ARO3	P14843	370 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	PHO84	P25297	587 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SAT4	P25333	603 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YCR061W	P25639	631 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	DAL80	P26343	269 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	NIP1	P32497	812 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	DSS4	P32601	143 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	DAD2	P36162	133 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	ERC1	P38767	581 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YJL193W	P39542	402 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	SER3	P40054	469 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	PMT6	P42934	759 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YGR054W	P53235	642 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YGR066C	P53242	292 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	YGR111W	P53265	400 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	RHO5	P53879	331 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	DAK1	P54838	584 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	USA1	Q03714	838 aa		3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	RQC1	Q05468	723 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	NOP6	Q07623	225 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
HRD1	YOL013C	IZH3	Q07959	543 aa		3.39	□□□□□ -1.87

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