RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 CBFA2T2O43439 604 aa24.18■■□□□ 1.46
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TMEM260-216ENST00000557657 TSPY8P0CW00 308 aa24.08■■□□□ 1.45
TMEM260-216ENST00000557657 ERCC6LQ2NKX8 1250 aa24.08■■□□□ 1.45
TMEM260-216ENST00000557657 ZMYND15Q9H091 742 aa24.08■■□□□ 1.45
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TMEM260-216ENST00000557657 ETF1P62495 437 aaKnown RBP24.08■■□□□ 1.45
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