RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 MYH6P13533 1939 aa24.29■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 ZPR1O75312 459 aa24.28■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 PPP4R3BQ5MIZ7 849 aa24.28■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 MTA3Q9BTC8 594 aa24.28■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 MTMR7Q9Y216 660 aa24.28■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 DDX52Q9Y2R4 599 aaKnown RBP eCLIP24.28■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 SCN7AQ01118 1682 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 NPHP1O15259 732 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 TM4SF1P30408 202 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 KRT2P35908 639 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGEF1Q92888 912 aaKnown RBP24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 PPP1R13BQ96KQ4 1090 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 TRIM75PA6NK02 468 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 PRPF3O43395 683 aaKnown RBP24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 TMTC3Q6ZXV5 915 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 ANKRD7Q92527 254 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 DYNLL2Q96FJ2 89 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 CNTNAP4Q9C0A0 1308 aa24.27■■□□□ 1.48
TMEM260-216ENST00000557657 COBLO75128 1261 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 PAXBP1Q9Y5B6 917 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 FGRP09769 529 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RCAN1P53805 252 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SMYD4Q8IYR2 804 aaPredicted RBP24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 PDCL2Q8N4E4 241 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SMARCE1Q969G3 411 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SAMSN1Q9NSI8 373 aaKnown RBP24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 MCM9Q9NXL9 1143 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 NFE2L3Q9Y4A8 694 aa24.26■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RPS6KA4O75676 772 aa24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 DIXDC1Q155Q3 683 aa24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC150Q8NCX0 1101 aa24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SYMPKQ92797 1274 aaKnown RBP24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CCNL1Q9UK58 526 aaPredicted RBP24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CNTNAP5Q8WYK1 1306 aa24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SPDYE4A6NLX3 237 aa24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 NFIXQ14938 502 aa24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 MTERF4Q7Z6M4 381 aaKnown RBP24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CRNKL1Q9BZJ0 848 aaKnown RBP24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF215Q9UL58 517 aaPredicted RBP24.25■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SARSP49591 514 aaKnown RBP24.24■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 TSPY2A6NKD2 308 aa24.24■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 MORC3Q14149 939 aa24.24■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 GLIPR1L2Q4G1C9 344 aa24.24■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 KLHL10Q6JEL2 608 aa24.24■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 VWA3AA6NCI4 1184 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 STX17P56962 302 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 TPTE2Q6XPS3 522 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CCDC94Q9BW85 323 aaPredicted RBP24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RCSD1Q6JBY9 416 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SYT10Q6XYQ8 523 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 PIK3AP1Q6ZUJ8 805 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 VSTM4Q8IW00 320 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 TNFRSF25Q93038 417 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 NYXQ9GZU5 481 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 ANKIB1Q9P2G1 1089 aa24.23■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 XBP1P17861 261 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CBX1P83916 185 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 DZIP1Q86YF9 867 aaKnown RBP24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF579Q8NAF0 562 aaKnown RBP24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SLC44A5Q8NCS7 719 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CEP131Q9UPN4 1083 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 LTBP4Q8N2S1 1624 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RASGRP2Q7LDG7 609 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 LRRN4CLQ8ND94 238 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CTCFLQ8NI51 663 aaPredicted RBP24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 GPKOWQ92917 476 aaPredicted RBP eCLIP24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 PRDM10Q9NQV6 1147 aa24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RTCBQ9Y3I0 505 aaKnown RBP24.22■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 TOP1P11387 765 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CD44P16070 742 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 PTGDRQ13258 359 aa24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 NT5DC1Q5TFE4 455 aa24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 STAG2Q8N3U4 1231 aa24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RASGRP4Q8TDF6 673 aa24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CDK11BP21127 795 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 CDC25AP30304 524 aa24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 SH3RF3Q8TEJ3 882 aaPredicted RBP24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 IL17RBQ9NRM6 502 aa24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 RBM28Q9NW13 759 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
TMEM260-216ENST00000557657 USP17L3A6NCW0 530 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 USP17L4A6NCW7 530 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 SEMA3EO15041 775 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 ORC4O43929 436 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 ADKP55263 362 aaKnown RBP24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 TFAP4Q01664 338 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 TTC38Q5R3I4 469 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 USP17L1Q7RTZ2 530 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 ANKRD2Q9GZV1 360 aa24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 HOOK1Q9UJC3 728 aaKnown RBP24.2■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 DDAH1O94760 285 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 MCM7P33993 719 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 NLRP5P59047 1200 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 PPP2R5BQ15173 497 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 IL17AQ16552 155 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 PAGE5Q96GU1 130 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 BLZF1Q9H2G9 400 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 IRS2Q9Y4H2 1338 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF18P17022 549 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 ATP8A2Q9NTI2 1148 aa24.19■■□□□ 1.46
TMEM260-216ENST00000557657 FANCGO15287 622 aa24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 40.8 ms