RNA–Protein interactions for RNA: YHR004C

NEM1, Transcript of Probable catalytic subunit of Nem1p-Spo7p phosphatase holoenzyme, yeast

Gene NEM1, Length 1,341 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
NEM1	YHR004C	PMT3	P47190	753 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	RTS3	P53289	263 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	PLM2	Q04383	521 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	LYS21	Q12122	440 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	VPS5	Q92331	675 aa		4.81	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	MET30	P39014	640 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	PEA2	P40091	420 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	DNM1	P54861	757 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	MLH2	Q07980	695 aa		4.8	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	LNP1	P38878	278 aa		4.79	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	YIL169C	P40442	995 aa		4.79	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	ALG12	P53730	551 aa		4.79	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	UBP16	Q02863	499 aa		4.79	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	VPS72	Q03388	795 aa		4.79	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	RTC1	Q08281	1341 aa		4.79	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	CNA1	P23287	553 aa		4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	RRP43	P25359	394 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	VRG4	P40107	337 aa		4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	SAD1	P43589	448 aa		4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	UME1	Q03010	460 aa		4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	YMR034C	Q05131	434 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	ECM22	Q05958	814 aa	Predicted RBP	4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	RRI1	Q12468	440 aa		4.78	□□□□□ -1.64
NEM1	YHR004C	SEC18	P18759	758 aa	Known RBP	4.77	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YPT11	P48559	417 aa		4.77	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YNL144C	P53907	740 aa		4.77	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	RAD34	Q06665	692 aa		4.77	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	PFA4	Q12006	378 aa		4.77	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	LCB4	Q12246	624 aa		4.77	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	AMD2	P22580	549 aa		4.76	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	ORC5	P50874	479 aa		4.76	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	COS12	P53053	380 aa		4.76	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YML119W	Q03208	357 aa		4.76	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YLR281C	Q05863	155 aa		4.76	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	SAP1	P39955	897 aa	Known RBP	4.75	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YER175W-A	Q8TGU4	54 aa		4.75	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	NUP145	P49687	1317 aa		4.75	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YJL107C	P42947	387 aa		4.74	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	ARA2	Q04212	335 aa		4.74	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YMR317W	Q04893	1140 aa		4.74	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	GSH2	Q08220	491 aa		4.74	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	RKM3	P38222	552 aa		4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	FPR3	P38911	411 aa	Known RBP	4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	IRC5	P43610	853 aa		4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	RNH70	P53331	553 aa		4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YAT1	P80235	687 aa		4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YDL242W	Q07746	117 aa		4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	HOS1	Q12214	470 aa		4.73	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	KGD2	P19262	463 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	FMP46	P36141	133 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	NAB3	P38996	802 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.72	□□□□□ -1.65	not detected
NEM1	YHR004C	SKP2	P42843	763 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YML053C	Q04978	212 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	RTT103	Q05543	409 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	ATP12	P22135	325 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	TOM20	P35180	183 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	GPP1	P41277	250 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	IDS2	P46958	469 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	SKY1	Q03656	742 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YPL191C	Q08930	360 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	YPR027C	Q12079	277 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	Q0010	Q9ZZX9	128 aa		4.72	□□□□□ -1.65
NEM1	YHR004C	ARG1	P22768	420 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	PPZ1	P26570	692 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	MSS51	P32335	436 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	NIC96	P34077	839 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	ARN1	P38731	627 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	VPS8	P39702	1274 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	YOR378W	Q08902	515 aa		4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	FAP7	Q12055	197 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	YFL068W	P0CX99	160 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	YLL066W-A	P0CY00	160 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	YLL067W-A	P0CY01	160 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	ERV46	P39727	415 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	YJR008W	P47085	338 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	MNT2	P53059	558 aa		4.7	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	SES1	P07284	462 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	ILV2	P07342	687 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	BET4	Q00618	327 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	RMP1	Q12530	201 aa		4.69	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	SDS24	P38314	527 aa		4.68	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	VBA2	P38358	474 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	PET309	P32522	965 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	SER1	P33330	395 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	STB5	P38699	743 aa		4.67	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	GPG1	P53130	126 aa		4.67	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	GPN2	Q08726	347 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	URA3	P03962	267 aa		4.66	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	SWE1	P32944	819 aa		4.66	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	VPS25	P47142	202 aa		4.66	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	DIG1	Q03063	452 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
NEM1	YHR004C	PTC6	P25646	442 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	SWC3	P31376	625 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	RPF2	P36160	344 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	SSP120	P39931	234 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	PCL6	P40038	420 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	DUG1	P43616	481 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	YGR237C	P50089	785 aa		4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	HOS2	P53096	452 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
NEM1	YHR004C	YGL081W	P53156	320 aa		4.65	□□□□□ -1.67

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