RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000535896.6

SYNE1-233, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 1, human

TSL 5

Gene SYNE1, Length 1,388 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE1-233	ENST00000535896	C11orf57	Q6ZUT1	292 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	STOX1	Q6ZVD7	989 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	FSIP1	Q8NA03	581 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC00301	Q8NCQ3	95 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC4A9	Q96Q91	983 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	USP28	Q96RU2	1077 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	LRRC4B	Q9NT99	713 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CWC25	Q9NXE8	425 aa	Predicted RBP	7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	STK32B	Q9NY57	414 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TAF6L	Q9Y6J9	622 aa		7.33	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	LAMB2	P55268	1798 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	QSER1	Q2KHR3	1735 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NEDD4	P46934	1319 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	STK36	Q9NRP7	1315 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PRAMEF22	A3QJZ6	481 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PPP6R2	O75170	966 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TPM1	P09493	284 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SFPQ	P23246	707 aa	Known RBP eCLIP	7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CMA1	P23946	247 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NLRP12	P59046	1061 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PPP4C	P60510	307 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	FOXO4	P98177	505 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ITPK1	Q13572	414 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	STK38	Q15208	465 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC144B	Q3MJ40	725 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CT47A1	Q5JQC4	288 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ATG9A	Q7Z3C6	839 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC144CP	Q8IYA2	1237 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	KRT222	Q8N1A0	295 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	LINC00116	Q8NCU8	138 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	FLAD1	Q8NFF5	587 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	FBXO18	Q8NFZ0	1043 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	KCNV2	Q8TDN2	545 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	AK7	Q96M32	723 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TCEANC2	Q96MN5	208 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MTA3	Q9BTC8	594 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PLA2G12B	Q9BX93	195 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PRKD2	Q9BZL6	878 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	GOLPH3L	Q9H4A5	285 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CHMP3	Q9Y3E7	222 aa		7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896		V9GY48	417 aa	Predicted RBP	7.32	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MYH6	P13533	1939 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	GOLIM4	O00461	696 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DPYSL4	O14531	572 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SPTLC2	O15270	562 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ATP8B1	O43520	1251 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	IFIT1	P09914	478 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MYL6B	P14649	208 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	RCAN1	P53805	252 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	APOBR	Q0VD83	1088 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC15A2	Q16348	729 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ATP2B3	Q16720	1220 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CPLX2	Q6PUV4	134 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PACS2	Q86VP3	889 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DNAJC10	Q8IXB1	793 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MB21D2	Q8IYB1	491 aa	Predicted RBP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	AOPEP	Q8N6M6	819 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NCOA7	Q8NI08	942 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	KLHDC4	Q8TBB5	520 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	APPBP2	Q92624	585 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	C8orf76	Q96K31	380 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SDF4	Q9BRK5	362 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DDX24	Q9GZR7	859 aa	Known RBP eCLIP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NRBP1	Q9UHY1	535 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	HOOK1	Q9UJC3	728 aa	Known RBP	7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TUBE1	Q9UJT0	475 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	PCDHA7	Q9UN72	937 aa		7.31	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	UBR3	Q6ZT12	1888 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MYO5A	Q9Y4I1	1855 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	BCOR	Q6W2J9	1755 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC66	A2RUB6	948 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC3A2	P08195	630 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CYP19A1	P11511	503 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	U2AF2	P26368	475 aa	Known RBP eCLIP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CRKL	P46109	303 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	KCNQ4	P56696	695 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CAMK2B	Q13554	666 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SLC39A14	Q15043	492 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TTF1	Q15361	905 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SF3A1	Q15459	793 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	TJAP1	Q5JTD0	557 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	SYNE3	Q6ZMZ3	975 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	RALYL	Q86SE5	291 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	NBPF11	Q86T75	865 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	MPND	Q8N594	471 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DDX12P	Q92771	950 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	EDC3	Q96F86	508 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	DDX11	Q96FC9	970 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	EIF4ENIF1	Q9NRA8	985 aa	Known RBP	7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	CCDC87	Q9NVE4	849 aa		7.3	□□□□□ -1.24
SYNE1-233	ENST00000535896	ARGLU1	Q9NWB6	273 aa	Predicted RBP	7.3	□□□□□ -1.24

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.1 ms