RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640501.1

PNKP-231, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 5

Gene PNKP, Length 151 nt, Biotype non stop decay, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-231	ENST00000640501	H1FX-AS1	Q4G0G2	97 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PNKP-231	ENST00000640501	LCA10	Q71F78	164 aa		4.28	□□□□□ -1.72
PNKP-231	ENST00000640501	PMAIP1	Q13794	54 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PNKP-231	ENST00000640501	SPATA8	Q6RVD6	105 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		4.27	□□□□□ -1.73
PNKP-231	ENST00000640501		A0A1B0GU33	70 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PNKP-231	ENST00000640501	EPPK1	P58107	5090 aa	Known RBP	4.24	□□□□□ -1.73
PNKP-231	ENST00000640501	MYCBP2	O75592	4640 aa		4.24	□□□□□ -1.73
PNKP-231	ENST00000640501		K7ERS5	55 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PNKP-231	ENST00000640501	CSAG1	Q6PB30	78 aa		4.2	□□□□□ -1.74
PNKP-231	ENST00000640501		A8MU10	97 aa		4.16	□□□□□ -1.74
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP3-3	Q9BYR6	98 aa		4.16	□□□□□ -1.74
PNKP-231	ENST00000640501		A6NN06	94 aa		4.15	□□□□□ -1.75
PNKP-231	ENST00000640501	KTN1-AS1	Q86SY8	53 aa		4.15	□□□□□ -1.75
PNKP-231	ENST00000640501		H0YAA0	97 aa		4.12	□□□□□ -1.75
PNKP-231	ENST00000640501	ADM2	Q7Z4H4	148 aa		4.09	□□□□□ -1.75
PNKP-231	ENST00000640501	BIRC6	Q9NR09	4857 aa		4.07	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501	HERC2	O95714	4834 aa		4.07	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501		M0QZ58	72 aa		4.07	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	4.07	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501	LRP2	P98164	4655 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501	ABCA13	Q86UQ4	5058 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP3-2	Q9BYR7	98 aa		4.04	□□□□□ -1.76
PNKP-231	ENST00000640501		P0C880	135 aa		4.01	□□□□□ -1.77
PNKP-231	ENST00000640501	LPA	P08519	4548 aa		4.01	□□□□□ -1.77
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		3.99	□□□□□ -1.77
PNKP-231	ENST00000640501		R4GN34	69 aa		3.99	□□□□□ -1.77
PNKP-231	ENST00000640501		A0A0D9SG42	100 aa		3.98	□□□□□ -1.77
PNKP-231	ENST00000640501	MUC17	Q685J3	4493 aa		3.96	□□□□□ -1.78
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP13-4	Q3LI77	160 aa		3.95	□□□□□ -1.78
PNKP-231	ENST00000640501	CRIPT	Q9P021	101 aa		3.94	□□□□□ -1.78
PNKP-231	ENST00000640501	ROMO1	P60602	79 aa		3.93	□□□□□ -1.78
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		3.91	□□□□□ -1.78
PNKP-231	ENST00000640501	SPINT4	Q6UDR6	99 aa		3.91	□□□□□ -1.78
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP12-1	P59990	96 aa		3.87	□□□□□ -1.79
PNKP-231	ENST00000640501	LINC01554	Q52M75	96 aa		3.87	□□□□□ -1.79
PNKP-231	ENST00000640501	PRAC1	Q96KF2	57 aa		3.86	□□□□□ -1.79
PNKP-231	ENST00000640501		M0R2T5	61 aa		3.85	□□□□□ -1.79
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP12-2	P59991	146 aa		3.85	□□□□□ -1.79
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP25-1	Q3LHN0	102 aa		3.83	□□□□□ -1.8
PNKP-231	ENST00000640501	PCLO	Q9Y6V0	5065 aa		3.82	□□□□□ -1.8
PNKP-231	ENST00000640501	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		3.81	□□□□□ -1.8
PNKP-231	ENST00000640501	HERC1	Q15751	4861 aa		3.78	□□□□□ -1.8
PNKP-231	ENST00000640501	LCE2C	Q5TA81	110 aa		3.78	□□□□□ -1.8
PNKP-231	ENST00000640501	CAMK2N1	Q7Z7J9	78 aa		3.78	□□□□□ -1.8
PNKP-231	ENST00000640501	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	3.76	□□□□□ -1.81
PNKP-231	ENST00000640501	LOR	P23490	312 aa	Predicted RBP	3.75	□□□□□ -1.81
PNKP-231	ENST00000640501	MT1H	P80294	61 aa		3.74	□□□□□ -1.81
PNKP-231	ENST00000640501	PLAC4	Q8WY50	150 aa		3.72	□□□□□ -1.81
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR2G	Q9BYE4	73 aa		3.69	□□□□□ -1.82
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP10-10	P60014	251 aa		3.68	□□□□□ -1.82
PNKP-231	ENST00000640501	MUC2	Q02817	5179 aa		3.67	□□□□□ -1.82
PNKP-231	ENST00000640501	PP632	Q6XCG6	107 aa		3.66	□□□□□ -1.82
PNKP-231	ENST00000640501	MT2A	P02795	61 aa		3.63	□□□□□ -1.83
PNKP-231	ENST00000640501	C10orf95	Q9H7T3	257 aa		3.63	□□□□□ -1.83
PNKP-231	ENST00000640501	TNP1	P09430	55 aa		3.62	□□□□□ -1.83
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-8	Q9BYQ0	159 aa		3.6	□□□□□ -1.83
PNKP-231	ENST00000640501	MT1F	P04733	61 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		3.59	□□□□□ -1.83
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP23-1	A1A580	65 aa		3.58	□□□□□ -1.84
PNKP-231	ENST00000640501	RNF213	Q63HN8	5207 aa		3.57	□□□□□ -1.84
PNKP-231	ENST00000640501	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		3.56	□□□□□ -1.84
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-8	Q3LI54	63 aa		3.55	□□□□□ -1.84
PNKP-231	ENST00000640501	FAT4	Q6V0I7	4981 aa		3.52	□□□□□ -1.85
PNKP-231	ENST00000640501	PRO2289	Q9P1D8	64 aa		3.51	□□□□□ -1.85
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		3.47	□□□□□ -1.85
PNKP-231	ENST00000640501	LCE2A	Q5TA79	106 aa	Predicted RBP	3.46	□□□□□ -1.86
PNKP-231	ENST00000640501	MT1B	P07438	61 aa		3.43	□□□□□ -1.86
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP15-1	Q3LI76	137 aa		3.38	□□□□□ -1.87
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP10-5	P60370	271 aa		3.37	□□□□□ -1.87
PNKP-231	ENST00000640501	MT1X	P80297	61 aa		3.37	□□□□□ -1.87
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP10-12	P60413	245 aa		3.34	□□□□□ -1.87
PNKP-231	ENST00000640501	LUZP6	Q538Z0	58 aa		3.32	□□□□□ -1.88
PNKP-231	ENST00000640501	LCE3A	Q5TA76	89 aa		3.32	□□□□□ -1.88
PNKP-231	ENST00000640501	LCE2B	O14633	110 aa		3.31	□□□□□ -1.88
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP8-1	Q8IUC2	63 aa		3.3	□□□□□ -1.88
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP12-3	P60328	96 aa		3.23	□□□□□ -1.89
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	3.23	□□□□□ -1.89
PNKP-231	ENST00000640501	NDUFAF8	A1L188	74 aa		3.22	□□□□□ -1.89
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR5	A0A1B0GTR4	108 aa		3.17	□□□□□ -1.9
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-6	Q3LI70	58 aa		3.15	□□□□□ -1.91
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-4	Q3LI73	84 aa		3.15	□□□□□ -1.91
PNKP-231	ENST00000640501	LCE2D	Q5TA82	110 aa	Predicted RBP	3.15	□□□□□ -1.91
PNKP-231	ENST00000640501		H3BS24	57 aa		3.11	□□□□□ -1.91
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-5	Q3LI72	72 aa		3.1	□□□□□ -1.91
PNKP-231	ENST00000640501	USH2A	O75445	5202 aa		3.06	□□□□□ -1.92
PNKP-231	ENST00000640501	LCE3C	Q5T5A8	94 aa		3.03	□□□□□ -1.92
PNKP-231	ENST00000640501		A0A0A0MQY5	61 aa		3.02	□□□□□ -1.93
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-8	A0A0G2JLE6	195 aa		3.02	□□□□□ -1.93
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP4-8	Q9BYQ9	185 aa		3.02	□□□□□ -1.93
PNKP-231	ENST00000640501	SSPO	A2VEC9	5147 aa		3.01	□□□□□ -1.93
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-7	Q3SYF9	63 aa		2.99	□□□□□ -1.93
PNKP-231	ENST00000640501	MT1E	P04732	61 aa		2.96	□□□□□ -1.94
PNKP-231	ENST00000640501	MT1L	Q93083	61 aa		2.93	□□□□□ -1.94
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP9-2	Q9BYQ4	174 aa		2.89	□□□□□ -1.95
PNKP-231	ENST00000640501	MT1G	P13640	62 aa		2.86	□□□□□ -1.95
PNKP-231	ENST00000640501	KRTAP19-3	Q7Z4W3	81 aa		2.85	□□□□□ -1.95
PNKP-231	ENST00000640501	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		2.84	□□□□□ -1.95
PNKP-231	ENST00000640501	SPRR2F	Q96RM1	72 aa		2.83	□□□□□ -1.96
PNKP-231	ENST00000640501	KMT2D	O14686	5537 aa		2.81	□□□□□ -1.96

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 68.4 ms