RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000540960.1

CHD4-208, Transcript of chromodomain helicase DNA binding protein 4, human

TSL 5

Gene CHD4, Length 892 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CHD4-208	ENST00000540960	C3orf22	Q8N5N4	141 aa		5.03	□□□□□ -1.6
CHD4-208	ENST00000540960	CD164	Q04900	197 aa		5.02	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	C9orf153	Q5TBE3	101 aa		5.02	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	NDUFB1	O75438	58 aa		4.99	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960		A0A087WSZ3	146 aa		4.98	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	IGLV9-49	A0A0B4J1Y8	123 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	UQCRQ	O14949	82 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	SPINK6	Q6UWN8	80 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	SERP2	Q8N6R1	65 aa		4.97	□□□□□ -1.61
CHD4-208	ENST00000540960	MOBP	Q13875	183 aa		4.96	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	TRAV7	A0A075B6U4	112 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	COX7C	P15954	63 aa		4.95	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960		A8MWP4	228 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	IGKV4-1	P06312	121 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	LIMD2	Q9BT23	127 aa		4.93	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960		A0A087WVE0	104 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960		Q5XG85	94 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	SPAG11A	Q6PDA7	123 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		4.92	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	HCG22	E2RYF7	251 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CHD4-208	ENST00000540960	DSCR10	P59022	87 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	PRR15	Q8IV56	129 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	NDUFC1	O43677	76 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	SPINK1	P00995	79 aa		4.89	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	RPS29	P62273	56 aa	Known RBP	4.89	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		4.87	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	C8orf87	E5RJ46	101 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960		K7EQZ3	153 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	PRR4	Q16378	134 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	C5orf47	Q569G3	176 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	CASC2	Q6XLA1	102 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	TP53AIP1	Q9HCN2	124 aa		4.86	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960		A0A0G2JQZ4	141 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960		H3BPC8	53 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	HRCT1	Q6UXD1	115 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960		Q8N9L7	120 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		4.85	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960		A0A1B0GVX0	72 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	CCDC179	H3BU77	68 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP1-4	P0C5Y4	121 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	MP68	P56378	58 aa		4.84	□□□□□ -1.63
CHD4-208	ENST00000540960	OCR1	Q9BZK8	76 aa		4.83	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	hDV103S1	A0JD37	113 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	TMEM258	P61165	79 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	KLKP1	Q107X0	134 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	DEFB116	Q30KQ4	102 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		4.82	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960		A0A087X002	238 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	C20orf197	Q8N268	126 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	TMEM254	Q8TBM7	123 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960		Q96NJ1	140 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	C8orf17	Q9NRJ1	99 aa		4.81	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	ATP5E	P56381	51 aa	Predicted RBP	4.8	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	WFDC13	Q8IUB5	93 aa		4.8	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	IGHV6-1	A0A0B4J1U7	121 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	SYNE2	Q8WXH0	6885 aa	Known RBP	4.79	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	MUC17	Q685J3	4493 aa		4.79	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	MMP24-AS1	A0A0U1RRL7	71 aa		4.78	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960		H3BS24	57 aa		4.78	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	MRPL34	Q9BQ48	92 aa	Known RBP	4.78	□□□□□ -1.64
CHD4-208	ENST00000540960	LINC00313	P59037	77 aa		4.77	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	C1orf195	Q5TG92	126 aa		4.76	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	PRR26	Q8N8Z3	221 aa		4.75	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	TRAV22	A0A0B4J277	110 aa		4.74	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	NDUFS5	O43920	106 aa		4.74	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	SSPO	A2VEC9	5147 aa		4.73	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960		H0Y9P7	68 aa		4.73	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	RPS28	P62857	69 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
CHD4-208	ENST00000540960	FCGBP	Q9Y6R7	5405 aa	Predicted RBP	4.71	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	FAM236D	A0A1B0GTK5	79 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960		H7BZZ5	65 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	FAM236C	P0DP71	79 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	SNURF	Q9Y675	71 aa		4.71	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	LOC101927531	A0A1B0GV80	90 aa		4.7	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	C1orf64	Q8NEQ6	169 aa		4.7	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960		Q8N9P0	234 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	LINC00208	Q96KT6	92 aa		4.69	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	FP248	Q71RG6	208 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	SPANXA2-OT1	Q8N9U9	137 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	ZCCHC13	Q8WW36	166 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	MACF1	Q9UPN3	7388 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	USH2A	O75445	5202 aa		4.68	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	MT1H	P80294	61 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	SERP1	Q9Y6X1	66 aa		4.66	□□□□□ -1.66
CHD4-208	ENST00000540960	NOTCH2NL	Q7Z3S9	236 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-208	ENST00000540960	CYP4F30P	Q9H0H9	118 aa		4.62	□□□□□ -1.67
CHD4-208	ENST00000540960	CYSTM1	Q9H1C7	97 aa		4.61	□□□□□ -1.67
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP16-1	A8MUX0	517 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		4.6	□□□□□ -1.67
CHD4-208	ENST00000540960	IGLV7-46	A0A075B6I9	117 aa		4.59	□□□□□ -1.67
CHD4-208	ENST00000540960	SEC61G	P60059	68 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CHD4-208	ENST00000540960	C20orf166-AS1	Q96NR2	134 aa		4.58	□□□□□ -1.68
CHD4-208	ENST00000540960	SMIM26	A0A096LP01	95 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CHD4-208	ENST00000540960		A8MUU9	505 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CHD4-208	ENST00000540960	KRTAP19-1	Q8IUB9	90 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CHD4-208	ENST00000540960	RETNLB	Q9BQ08	111 aa		4.57	□□□□□ -1.68

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