RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000236192.11

VAMP4-201, Transcript of vesicle associated membrane protein 4, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene VAMP4, Length 5,159 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VAMP4-201ENST00000236192 WWC2-AS2Q96NR7 200 aa7.55□□□□□ -1.2
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP11-1Q8IUC1 163 aa7.55□□□□□ -1.2
VAMP4-201ENST00000236192 MKI67P46013 3256 aaKnown RBP7.54□□□□□ -1.2
VAMP4-201ENST00000236192 ANKRD17O75179 2603 aaKnown RBP7.53□□□□□ -1.2
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP10-11P60412 298 aa7.52□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 CHD8Q9HCK8 2581 aa7.52□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP7-1Q8IUC3 87 aa7.51□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 MTORP42345 2549 aa7.51□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 TRIOO75962 3097 aa7.49□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 C9orf92A6NGG3 77 aa7.49□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 MYO18BQ8IUG5 2567 aa7.49□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 RANBP2P49792 3224 aaKnown RBP7.47□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 A0A087WTM6 91 aa7.47□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 AFDN-AS1Q9Y6Z5 254 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
VAMP4-201ENST00000236192 CEP295Q9C0D2 2601 aa7.46□□□□□ -1.22
VAMP4-201ENST00000236192 NCOR2Q9Y618 2525 aa7.46□□□□□ -1.22
VAMP4-201ENST00000236192 TRANK1O15050 2925 aa7.44□□□□□ -1.22
VAMP4-201ENST00000236192 SEC61BP60468 96 aaKnown RBP7.44□□□□□ -1.22
VAMP4-201ENST00000236192 MGAQ8IWI9 3026 aa7.4□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 XIRP2A4UGR9 3374 aa7.39□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 POLQO75417 2590 aa7.39□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 FREM2Q5SZK8 3169 aa7.39□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 LRRK2Q5S007 2527 aa7.39□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 COX6B2Q6YFQ2 88 aa7.38□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 Q6ZSA8 131 aa7.38□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 BRCA2P51587 3418 aa7.38□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 FRYQ5TBA9 3013 aa7.37□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP1-3Q8IUG1 177 aa7.36□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 VPS13AQ96RL7 3174 aa7.35□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 H0YAA0 97 aa7.35□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 DSPP15924 2871 aaKnown RBP7.35□□□□□ -1.23
VAMP4-201ENST00000236192 ZZEF1O43149 2961 aa7.33□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 EPG5Q9HCE0 2579 aa7.31□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 UNC80Q8N2C7 3258 aa7.3□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 KALRNO60229 2985 aa7.29□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP13-1Q8IUC0 172 aa7.29□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP1-1Q07627 177 aa7.29□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 S4R3F8 94 aa7.29□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 CAMK2N1Q7Z7J9 78 aa7.28□□□□□ -1.24
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP1-5Q9BYS1 174 aa7.27□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 SZT2Q5T011 3432 aa7.26□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 SPTBN4Q9H254 2564 aa7.26□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 VCANP13611 3396 aa7.26□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 CELSR3Q9NYQ7 3312 aa7.25□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 J3QL48 77 aa7.25□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 LAMA3Q16787 3333 aa7.24□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 ITPR1Q14643 2758 aa7.24□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP24-1Q3LI83 254 aa7.23□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 GCN1Q92616 2671 aaKnown RBP7.22□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 PIEZO1Q92508 2521 aa7.21□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 FLG2Q5D862 2391 aaPredicted RBP7.21□□□□□ -1.25
VAMP4-201ENST00000236192 P0C880 135 aa7.2□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 LAMA1P25391 3075 aa7.2□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 ACANP16112 2415 aa7.2□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 C10orf95Q9H7T3 257 aa7.19□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 CHD6Q8TD26 2715 aa7.18□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 WDFY4Q6ZS81 3184 aa7.16□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 COL6A3P12111 3177 aa7.15□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 UNC79Q9P2D8 2635 aa7.15□□□□□ -1.26
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP13-3Q3SY46 172 aa7.15□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 MAP1AP78559 2803 aaPredicted RBP7.14□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 REV3LO60673 3130 aa7.13□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 FRYLO94915 3013 aa7.13□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 CDH23Q9H251 3354 aa7.13□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 NBEAL2Q6ZNJ1 2754 aa7.11□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 PLAC4Q8WY50 150 aa7.1□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 TNRC18O15417 2968 aaPredicted RBP7.09□□□□□ -1.27
VAMP4-201ENST00000236192 TACC2O95359 2948 aa7.08□□□□□ -1.28
VAMP4-201ENST00000236192 FASNP49327 2511 aaKnown RBP7.05□□□□□ -1.28
VAMP4-201ENST00000236192 ZFHX3Q15911 3703 aa7.04□□□□□ -1.28
VAMP4-201ENST00000236192 R4GN34 69 aa7.04□□□□□ -1.28
VAMP4-201ENST00000236192 PRUNE2Q8WUY3 3088 aa7.02□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 CENPEQ02224 2701 aa7.01□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 M0QZ58 72 aa7□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 LRBAP50851 2863 aa7□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 SPEGQ15772 3267 aa6.99□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 ADGRG4Q8IZF6 3080 aa6.98□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 FLNAP21333 2647 aaKnown RBP6.97□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 AKAP13Q12802 2813 aa6.97□□□□□ -1.29
VAMP4-201ENST00000236192 TPRXLQ17RH7 258 aa6.96□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP13-2Q52LG2 175 aa6.95□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 DMBT1Q9UGM3 2413 aaPredicted RBP6.94□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 RPS29P62273 56 aaKnown RBP6.94□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 USP34Q70CQ2 3546 aa6.93□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 HELZ2Q9BYK8 2649 aaKnown RBP6.93□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 KRTAP15-1Q3LI76 137 aa6.92□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 BAHCC1Q9P281 2608 aa6.92□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 SMR3BP02814 79 aaPredicted RBP6.9□□□□□ -1.3
VAMP4-201ENST00000236192 Q6ZRN7 208 aaPredicted RBP6.89□□□□□ -1.31
VAMP4-201ENST00000236192 DCHS1Q96JQ0 3298 aa6.85□□□□□ -1.31
VAMP4-201ENST00000236192 PP632Q6XCG6 107 aa6.84□□□□□ -1.31
VAMP4-201ENST00000236192 ITPR3Q14573 2671 aa6.84□□□□□ -1.31
VAMP4-201ENST00000236192 ATRQ13535 2644 aa6.82□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 DMXL2Q8TDJ6 3036 aa6.82□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 TEX15Q9BXT5 2789 aa6.82□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 CFAP47Q6ZTR5 3102 aa6.82□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 APCP25054 2843 aa6.82□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 NBEAL1Q6ZS30 2694 aa6.81□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 UTP20O75691 2785 aaKnown RBP6.81□□□□□ -1.32
VAMP4-201ENST00000236192 BOD1L1Q8NFC6 3051 aa6.81□□□□□ -1.32
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 86.4 ms