RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 NAA38Q9BRA0 125 aaKnown RBP11.05□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 GEMIN7Q9H840 131 aaKnown RBP11.04□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 C22orf24Q9Y442 160 aa11.04□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 IGLV5-45A0A087WSX0 123 aa11.03□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 CDKN2A-AS1Q9UH64 79 aa11.03□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 PRO1854Q9UHT4 67 aa11.03□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 A0A0B4J2C4 111 aa11.02□□□□□ -0.64
CLN3-241ENST00000635861 TMEM223A0PJW6 202 aa11.01□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 LOC107984156A0A0G2JMH3 177 aa11□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 ZNF22P17026 224 aaPredicted RBP11□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 MRPL55Q7Z7F7 128 aaKnown RBP11□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 ARL17AQ8IVW1 177 aa11□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 PPDPFLQ8WWR9 84 aa11□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 XAGE1AQ9HD64 81 aa11□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 SCGB1C2P0DMR2 95 aa10.99□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 PRO0461Q9UI25 63 aa10.99□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 TSPAN13O95857 204 aa10.98□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 COX6CP09669 75 aa10.98□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 RPL28P46779 137 aaKnown RBP10.98□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 ETDBQ3ZM63 59 aa10.98□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 ERG28Q9UKR5 140 aa10.98□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 A0A1B0GV72 72 aa10.97□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 TIMM17BO60830 172 aa10.97□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 IFITM1P13164 125 aa10.97□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 TEN1Q86WV5 123 aa10.97□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 A0A0J9YXY3 114 aa10.96□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 SMIM1B2RUZ4 78 aa10.96□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 BCE1O60756 84 aa10.96□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 PSMB2P49721 201 aa10.96□□□□□ -0.65
CLN3-241ENST00000635861 COX7B2Q8TF08 81 aa10.95□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 CFC1BP0CG36 223 aa10.94□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 CFC1P0CG37 223 aa10.94□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 ATXN8Q156A1 80 aa10.94□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 PRR4Q16378 134 aa10.94□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 SPANXDQ9BXN6 97 aa10.93□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 SPANXCQ9NY87 97 aa10.93□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 IGLV5-39A0A0G2JS06 123 aa10.92□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 IGLV5-37A0A075B6J1 123 aa10.92□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 SPINK8P0C7L1 97 aa10.92□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 LINC00167Q96N53 147 aa10.92□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 PPDPFQ9H3Y8 114 aa10.92□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 CRYGAP11844 174 aa10.91□□□□□ -0.66
CLN3-241ENST00000635861 A4D1N5 150 aa10.89□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 Q1RN00 199 aa10.88□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 NKAPP1Q8N9T2 125 aa10.88□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 A0A087X002 238 aa10.87□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 TYMSOSQ8TAI1 123 aa10.87□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 NDUFA12Q9UI09 145 aa10.87□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 RPL37AP8A6NKH3 93 aa10.86□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 TCL1BO95988 128 aa10.86□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 SLC25A20O43772 301 aa10.85□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 TSPEAR-AS2P59090 65 aa10.85□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP13-1Q8IUC0 172 aa10.85□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 MUSTN1Q8IVN3 82 aa10.85□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 MUC2Q02817 5179 aa10.85□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 H3BT86 120 aa10.84□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 FAM229BQ4G0N7 80 aa10.84□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 UBE2AP49459 152 aa10.84□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 HERV-K104P63124 156 aa10.84□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD29Q8N6D5 301 aa10.84□□□□□ -0.67
CLN3-241ENST00000635861 TRBV10-2A0A0K0K1G8 114 aa10.83□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 A0A0U1RQV1 116 aa10.83□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 SFTA2Q6UW10 78 aa10.82□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 COX17Q14061 63 aa10.81□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 C9JAW5 83 aa10.8□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 SMCPP49901 116 aaPredicted RBP10.8□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 ZNF625Q96I27 306 aaPredicted RBP10.8□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 IGKV2-28A0A075B6P5 120 aa10.77□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 FAM240AA0A1B0GVK7 77 aa10.77□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 IGKV2D-28P01615 120 aa10.77□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 PFN2P35080 140 aa10.77□□□□□ -0.68
CLN3-241ENST00000635861 ACYP1P07311 99 aa10.76□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 VPREB1P12018 145 aa10.76□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 KRTAP13-2Q52LG2 175 aa10.76□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 LITAFQ99732 161 aa10.76□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 Q6Q795 121 aa10.75□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 LINC00304Q8N9R0 145 aa10.75□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 SND1-IT1Q9HBX3 110 aa10.75□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 SNCGO76070 127 aa10.75□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 TMEM126AQ9H061 195 aa10.75□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 CDIP1Q9H305 208 aa10.75□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 ANAPC11Q9NYG5 84 aa10.74□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 FAM19A1Q7Z5A9 133 aa10.73□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 H7C2G1 150 aa10.71□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 LST1O00453 97 aa10.71□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 TRIAP1O43715 76 aa10.71□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 PRLHP81277 87 aa10.71□□□□□ -0.69
CLN3-241ENST00000635861 M0R378 163 aa10.7□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 TRAV13-2A0A0B4J235 113 aa10.69□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 TRACP01848 142 aa10.68□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 TPRXLQ17RH7 258 aa10.68□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 LINC00308Q8TCZ7 52 aa10.67□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 MEIG1Q5JSS6 88 aa10.67□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 ADAMTSL4-AS1Q5T5F5 129 aa10.66□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 SPAG11AQ6PDA7 123 aa10.65□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 RETNLBQ9BQ08 111 aa10.65□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 IMUPQ9GZP8 106 aa10.65□□□□□ -0.7
CLN3-241ENST00000635861 Q8NDZ9 215 aa10.64□□□□□ -0.71
CLN3-241ENST00000635861 ANAPC13Q9BS18 74 aa10.64□□□□□ -0.71
CLN3-241ENST00000635861 FAT4Q6V0I7 4981 aa10.64□□□□□ -0.71
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 154 ms