RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568452.6

CLN3-233, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,616 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-233	ENST00000568452	SYNJ2	O15056	1496 aa		29.81	■■■□□ 2.36
CLN3-233	ENST00000568452	ARAP1	Q96P48	1450 aa		29.81	■■■□□ 2.36
CLN3-233	ENST00000568452	GRIN2A	Q12879	1464 aa		29.78	■■■□□ 2.36
CLN3-233	ENST00000568452	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		29.77	■■■□□ 2.36
CLN3-233	ENST00000568452	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	29.74	■■■□□ 2.35
CLN3-233	ENST00000568452	IQGAP2	Q13576	1575 aa		29.68	■■■□□ 2.34
CLN3-233	ENST00000568452	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		29.65	■■■□□ 2.34
CLN3-233	ENST00000568452	FBLN2	P98095	1184 aa		29.62	■■■□□ 2.33
CLN3-233	ENST00000568452	SAMD9	Q5K651	1589 aa		29.62	■■■□□ 2.33
CLN3-233	ENST00000568452	APLP2	Q06481	763 aa		29.6	■■■□□ 2.33
CLN3-233	ENST00000568452	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	29.6	■■■□□ 2.33
CLN3-233	ENST00000568452	NUP160	Q12769	1436 aa		29.58	■■■□□ 2.33
CLN3-233	ENST00000568452	CEP170	Q5SW79	1584 aa		29.55	■■■□□ 2.32
CLN3-233	ENST00000568452	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		29.55	■■■□□ 2.32
CLN3-233	ENST00000568452	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		29.55	■■■□□ 2.32
CLN3-233	ENST00000568452	P3H3	Q8IVL6	736 aa		29.54	■■■□□ 2.32
CLN3-233	ENST00000568452	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	29.5	■■■□□ 2.31
CLN3-233	ENST00000568452	FMN1	Q68DA7	1419 aa		29.5	■■■□□ 2.31
CLN3-233	ENST00000568452	CHD1	O14646	1710 aa		29.5	■■■□□ 2.31
CLN3-233	ENST00000568452	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		29.47	■■■□□ 2.31
CLN3-233	ENST00000568452	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CLN3-233	ENST00000568452	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		29.4	■■■□□ 2.3
CLN3-233	ENST00000568452	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	29.4	■■■□□ 2.3
CLN3-233	ENST00000568452	MAP3K1	Q13233	1512 aa		29.39	■■■□□ 2.3
CLN3-233	ENST00000568452	KIAA0556	O60303	1618 aa		29.37	■■■□□ 2.29
CLN3-233	ENST00000568452	DISP1	Q96F81	1524 aa		29.36	■■■□□ 2.29
CLN3-233	ENST00000568452	JPH4	Q96JJ6	628 aa		29.34	■■■□□ 2.29
CLN3-233	ENST00000568452	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		29.32	■■■□□ 2.28
CLN3-233	ENST00000568452	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	29.3	■■■□□ 2.28
CLN3-233	ENST00000568452	TIAM1	Q13009	1591 aa		29.3	■■■□□ 2.28
CLN3-233	ENST00000568452	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		29.29	■■■□□ 2.28
CLN3-233	ENST00000568452	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	29.26	■■■□□ 2.27
CLN3-233	ENST00000568452	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		29.25	■■■□□ 2.27
CLN3-233	ENST00000568452	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	29.22	■■■□□ 2.27
CLN3-233	ENST00000568452	HECW1	Q76N89	1606 aa		29.19	■■■□□ 2.26
CLN3-233	ENST00000568452	CLASP1	Q7Z460	1538 aa		29.18	■■■□□ 2.26
CLN3-233	ENST00000568452	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CLN3-233	ENST00000568452	SHROOM2	Q13796	1616 aa		29.17	■■■□□ 2.26
CLN3-233	ENST00000568452	PRG4	Q92954	1404 aa	Predicted RBP	29.16	■■■□□ 2.26
CLN3-233	ENST00000568452	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		29.15	■■■□□ 2.26
CLN3-233	ENST00000568452	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		29.08	■■■□□ 2.25
CLN3-233	ENST00000568452	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		29.06	■■■□□ 2.24
CLN3-233	ENST00000568452	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	29.04	■■■□□ 2.24
CLN3-233	ENST00000568452	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		29.01	■■■□□ 2.23
CLN3-233	ENST00000568452	PTPRG	P23470	1445 aa		28.99	■■■□□ 2.23
CLN3-233	ENST00000568452	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	28.99	■■■□□ 2.23
CLN3-233	ENST00000568452	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		28.98	■■■□□ 2.23
CLN3-233	ENST00000568452	PLB1	Q6P1J6	1458 aa		28.97	■■■□□ 2.23
CLN3-233	ENST00000568452	ABCA8	O94911	1581 aa		28.95	■■■□□ 2.23
CLN3-233	ENST00000568452	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	28.94	■■■□□ 2.22
CLN3-233	ENST00000568452	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	28.93	■■■□□ 2.22
CLN3-233	ENST00000568452	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	28.88	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		28.87	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	28.87	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		28.86	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		28.85	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	ARID3C	A6NKF2	412 aa		28.83	■■■□□ 2.21
CLN3-233	ENST00000568452	UACA	Q9BZF9	1416 aa		28.83	■■■□□ 2.2
CLN3-233	ENST00000568452	NCOA2	Q15596	1464 aa		28.82	■■■□□ 2.2
CLN3-233	ENST00000568452	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-233	ENST00000568452	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	28.81	■■■□□ 2.2
CLN3-233	ENST00000568452	ARHGEF11	O15085	1522 aa		28.78	■■■□□ 2.2
CLN3-233	ENST00000568452	ATP10B	O94823	1461 aa		28.75	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	28.74	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	ABCC2	Q92887	1545 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		28.73	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	28.72	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	RIMBP3C	A6NJZ7	1639 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	RIMBP3B	A6NNM3	1639 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	RIMBP3	Q9UFD9	1639 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		28.71	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		28.7	■■■□□ 2.19
CLN3-233	ENST00000568452	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		28.69	■■■□□ 2.18
CLN3-233	ENST00000568452	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		28.68	■■■□□ 2.18
CLN3-233	ENST00000568452	ADCY10	Q96PN6	1610 aa		28.64	■■■□□ 2.18
CLN3-233	ENST00000568452	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	28.63	■■■□□ 2.17
CLN3-233	ENST00000568452	MIA2	Q96PC5	1412 aa		28.61	■■■□□ 2.17
CLN3-233	ENST00000568452	HRC	P23327	699 aa		28.58	■■■□□ 2.17
CLN3-233	ENST00000568452	KIF14	Q15058	1648 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CLN3-233	ENST00000568452	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		28.56	■■■□□ 2.16
CLN3-233	ENST00000568452	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		28.55	■■■□□ 2.16
CLN3-233	ENST00000568452	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	28.54	■■■□□ 2.16
CLN3-233	ENST00000568452	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		28.53	■■■□□ 2.16
CLN3-233	ENST00000568452	ITGAE	P38570	1179 aa		28.51	■■■□□ 2.15
CLN3-233	ENST00000568452	ZCCHC11	Q5TAX3	1644 aa	Known RBP	28.5	■■■□□ 2.15
CLN3-233	ENST00000568452	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		28.5	■■■□□ 2.15
CLN3-233	ENST00000568452	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		28.46	■■■□□ 2.15
CLN3-233	ENST00000568452	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	28.45	■■■□□ 2.14
CLN3-233	ENST00000568452	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	28.43	■■■□□ 2.14
CLN3-233	ENST00000568452	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	28.42	■■■□□ 2.14
CLN3-233	ENST00000568452	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	28.4	■■■□□ 2.14
CLN3-233	ENST00000568452	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		28.36	■■■□□ 2.13
CLN3-233	ENST00000568452	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		28.34	■■■□□ 2.13
CLN3-233	ENST00000568452	NPM1	P06748	294 aa	Known RBP eCLIP	28.32	■■■□□ 2.12
CLN3-233	ENST00000568452	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CLN3-233	ENST00000568452	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	28.31	■■■□□ 2.12
CLN3-233	ENST00000568452	PTPRK	Q15262	1439 aa		28.31	■■■□□ 2.12
CLN3-233	ENST00000568452	WDR7	Q9Y4E6	1490 aa		28.3	■■■□□ 2.12
CLN3-233	ENST00000568452	PREX2	Q70Z35	1606 aa		28.28	■■■□□ 2.12

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