RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557657.5

TMEM260-216, Transcript of transmembrane protein 260, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene TMEM260, Length 2,572 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TMEM260-216ENST00000557657 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP31.32■■■□□ 2.6
TMEM260-216ENST00000557657 MIER1Q8N108 512 aa31.29■■■□□ 2.6
TMEM260-216ENST00000557657 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP31.29■■■□□ 2.6
TMEM260-216ENST00000557657 PHLDB1Q86UU1 1377 aa31.26■■■□□ 2.59
TMEM260-216ENST00000557657 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP31.25■■■□□ 2.59
TMEM260-216ENST00000557657 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa31.25■■■□□ 2.59
TMEM260-216ENST00000557657 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP31.24■■■□□ 2.59
TMEM260-216ENST00000557657 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP31.19■■■□□ 2.58
TMEM260-216ENST00000557657 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa31.18■■■□□ 2.58
TMEM260-216ENST00000557657 FHAD1B1AJZ9 1412 aa31.18■■■□□ 2.58
TMEM260-216ENST00000557657 CLSPNQ9HAW4 1339 aa31.16■■■□□ 2.58
TMEM260-216ENST00000557657 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa31.15■■■□□ 2.58
TMEM260-216ENST00000557657 MAP3K1Q13233 1512 aa31.15■■■□□ 2.58
TMEM260-216ENST00000557657 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP31.13■■■□□ 2.57
TMEM260-216ENST00000557657 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa31.09■■■□□ 2.57
TMEM260-216ENST00000557657 CUL7Q14999 1698 aa31.08■■■□□ 2.57
TMEM260-216ENST00000557657 WDR97A6NE52 1622 aa31.06■■■□□ 2.56
TMEM260-216ENST00000557657 PDS5BQ9NTI5 1447 aa31.06■■■□□ 2.56
TMEM260-216ENST00000557657 GAPVD1Q14C86 1478 aa31.04■■■□□ 2.56
TMEM260-216ENST00000557657 CFAP43Q8NDM7 1665 aa31.04■■■□□ 2.56
TMEM260-216ENST00000557657 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa31.03■■■□□ 2.56
TMEM260-216ENST00000557657 CTTNBP2Q8WZ74 1663 aa31.02■■■□□ 2.56
TMEM260-216ENST00000557657 CASKIN1Q8WXD9 1431 aa31■■■□□ 2.55
TMEM260-216ENST00000557657 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa30.99■■■□□ 2.55
TMEM260-216ENST00000557657 EFCAB5A4FU69 1503 aa30.99■■■□□ 2.55
TMEM260-216ENST00000557657 FYCO1Q9BQS8 1478 aa30.98■■■□□ 2.55
TMEM260-216ENST00000557657 SETD5Q9C0A6 1442 aa30.97■■■□□ 2.55
TMEM260-216ENST00000557657 MAPKBP1O60336 1514 aa30.95■■■□□ 2.55
TMEM260-216ENST00000557657 SIN3AQ96ST3 1273 aa30.91■■■□□ 2.54
TMEM260-216ENST00000557657 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa30.89■■■□□ 2.54
TMEM260-216ENST00000557657 FMN1Q68DA7 1419 aa30.88■■■□□ 2.53
TMEM260-216ENST00000557657 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP30.86■■■□□ 2.53
TMEM260-216ENST00000557657 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP30.83■■■□□ 2.53
TMEM260-216ENST00000557657 MTUS2Q5JR59 1369 aa30.82■■■□□ 2.52
TMEM260-216ENST00000557657 SAMD9Q5K651 1589 aa30.79■■■□□ 2.52
TMEM260-216ENST00000557657 LRRIQ1Q96JM4 1722 aa30.78■■■□□ 2.52
TMEM260-216ENST00000557657 FGD6Q6ZV73 1430 aa30.75■■■□□ 2.51
TMEM260-216ENST00000557657 ARID3CA6NKF2 412 aa30.74■■■□□ 2.51
TMEM260-216ENST00000557657 PTPRKQ15262 1439 aa30.71■■■□□ 2.51
TMEM260-216ENST00000557657 GRIN2BQ13224 1484 aa30.71■■■□□ 2.51
TMEM260-216ENST00000557657 NCOA2Q15596 1464 aa30.66■■■□□ 2.5
TMEM260-216ENST00000557657 PBRM1Q86U86 1689 aa30.62■■■□□ 2.49
TMEM260-216ENST00000557657 MAGI3Q5TCQ9 1506 aa30.61■■■□□ 2.49
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP30.61■■■□□ 2.49
TMEM260-216ENST00000557657 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP30.61■■■□□ 2.49
TMEM260-216ENST00000557657 MRC2Q9UBG0 1479 aa30.6■■■□□ 2.49
TMEM260-216ENST00000557657 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP30.6■■■□□ 2.49
TMEM260-216ENST00000557657 MYOM3Q5VTT5 1437 aa30.56■■■□□ 2.48
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TMEM260-216ENST00000557657 CCDC18Q5T9S5 1454 aa30.53■■■□□ 2.48
TMEM260-216ENST00000557657 IQGAP2Q13576 1575 aa30.51■■■□□ 2.47
TMEM260-216ENST00000557657 KCNH8Q96L42 1107 aa30.51■■■□□ 2.47
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TMEM260-216ENST00000557657 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa30.48■■■□□ 2.47
TMEM260-216ENST00000557657 HFM1A2PYH4 1435 aa30.47■■■□□ 2.47
TMEM260-216ENST00000557657 NAIPQ13075 1403 aa30.45■■■□□ 2.47
TMEM260-216ENST00000557657 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP30.45■■■□□ 2.47
TMEM260-216ENST00000557657 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP30.45■■■□□ 2.46
TMEM260-216ENST00000557657 UGGT2Q9NYU1 1516 aa30.44■■■□□ 2.46
TMEM260-216ENST00000557657 PTPN23Q9H3S7 1636 aa30.44■■■□□ 2.46
TMEM260-216ENST00000557657 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP30.44■■■□□ 2.46
TMEM260-216ENST00000557657 EPRSP07814 1512 aaKnown RBP30.42■■■□□ 2.46
TMEM260-216ENST00000557657 ARHGEF11O15085 1522 aa30.38■■■□□ 2.45
TMEM260-216ENST00000557657 UACAQ9BZF9 1416 aa30.37■■■□□ 2.45
TMEM260-216ENST00000557657 IFT140Q96RY7 1462 aa30.37■■■□□ 2.45
TMEM260-216ENST00000557657 HECW1Q76N89 1606 aa30.37■■■□□ 2.45
TMEM260-216ENST00000557657 TONSLQ96HA7 1378 aa30.33■■■□□ 2.45
TMEM260-216ENST00000557657 WDR62O43379 1518 aa30.32■■■□□ 2.44
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TMEM260-216ENST00000557657 DISP1Q96F81 1524 aa30.27■■■□□ 2.44
TMEM260-216ENST00000557657 TRIM52Q96A61 297 aa30.27■■■□□ 2.44
TMEM260-216ENST00000557657 FBLN2P98095 1184 aa30.26■■■□□ 2.44
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TMEM260-216ENST00000557657 GRIN2AQ12879 1464 aa30.21■■■□□ 2.43
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TMEM260-216ENST00000557657 KIAA0556O60303 1618 aa30.19■■■□□ 2.42
TMEM260-216ENST00000557657 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP30.18■■■□□ 2.42
TMEM260-216ENST00000557657 NUP153P49790 1475 aaKnown RBP30.17■■■□□ 2.42
TMEM260-216ENST00000557657 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP30.17■■■□□ 2.42
TMEM260-216ENST00000557657 MIA2Q96PC5 1412 aa30.11■■■□□ 2.41
TMEM260-216ENST00000557657 KDM5BQ9UGL1 1544 aa30.1■■■□□ 2.41
TMEM260-216ENST00000557657 MPHOSPH9Q99550 1183 aa30.08■■■□□ 2.41
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TMEM260-216ENST00000557657 GCC2Q8IWJ2 1684 aa30.07■■■□□ 2.4
TMEM260-216ENST00000557657 PLB1Q6P1J6 1458 aa30.06■■■□□ 2.4
TMEM260-216ENST00000557657 CEP170Q5SW79 1584 aa30.05■■■□□ 2.4
TMEM260-216ENST00000557657 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa30.05■■■□□ 2.4
TMEM260-216ENST00000557657 DAPK1P53355 1430 aa30.02■■■□□ 2.4
TMEM260-216ENST00000557657 ABCC5O15440 1437 aa30.01■■■□□ 2.4
TMEM260-216ENST00000557657 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP30.01■■■□□ 2.39
TMEM260-216ENST00000557657 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP29.99■■■□□ 2.39
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