RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000557266.5

RCCD1-208, Transcript of RCC1 domain containing 1, human

TSL 1 (best)

Gene RCCD1, Length 2,110 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
RCCD1-208	ENST00000557266	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	33.52	■■■□□ 2.96
RCCD1-208	ENST00000557266	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		33.52	■■■□□ 2.96
RCCD1-208	ENST00000557266	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		33.51	■■■□□ 2.95
RCCD1-208	ENST00000557266	MAP3K1	Q13233	1512 aa		33.5	■■■□□ 2.95
RCCD1-208	ENST00000557266	TIAM1	Q13009	1591 aa		33.49	■■■□□ 2.95
RCCD1-208	ENST00000557266	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	33.49	■■■□□ 2.95
RCCD1-208	ENST00000557266	NEUROD1	Q13562	356 aa		33.44	■■■□□ 2.94
RCCD1-208	ENST00000557266	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	33.44	■■■□□ 2.94
RCCD1-208	ENST00000557266	FHAD1	B1AJZ9	1412 aa		33.36	■■■□□ 2.93
RCCD1-208	ENST00000557266	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		33.36	■■■□□ 2.93
RCCD1-208	ENST00000557266	ABCA5	Q8WWZ7	1642 aa		33.34	■■■□□ 2.93
RCCD1-208	ENST00000557266	CUL7	Q14999	1698 aa		33.32	■■■□□ 2.92
RCCD1-208	ENST00000557266	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	33.32	■■■□□ 2.92
RCCD1-208	ENST00000557266	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	33.31	■■■□□ 2.92
RCCD1-208	ENST00000557266	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		33.28	■■■□□ 2.92
RCCD1-208	ENST00000557266	IFT140	Q96RY7	1462 aa		33.28	■■■□□ 2.92
RCCD1-208	ENST00000557266	P3H3	Q8IVL6	736 aa		33.26	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	EFCAB5	A4FU69	1503 aa		33.25	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	FHOD3	Q2V2M9	1422 aa		33.25	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	33.24	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	ITGAE	P38570	1179 aa		33.24	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	PHLDB1	Q86UU1	1377 aa		33.24	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		33.23	■■■□□ 2.91
RCCD1-208	ENST00000557266	MIER1	Q8N108	512 aa		33.2	■■■□□ 2.9
RCCD1-208	ENST00000557266	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		33.19	■■■□□ 2.9
RCCD1-208	ENST00000557266	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		33.18	■■■□□ 2.9
RCCD1-208	ENST00000557266	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		33.15	■■■□□ 2.9
RCCD1-208	ENST00000557266	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	33.14	■■■□□ 2.9	5e-8	■■■■■ 50.5
RCCD1-208	ENST00000557266	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		33.13	■■■□□ 2.89
RCCD1-208	ENST00000557266	PBRM1	Q86U86	1689 aa		33.12	■■■□□ 2.89
RCCD1-208	ENST00000557266	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	33.08	■■■□□ 2.89
RCCD1-208	ENST00000557266	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	33.07	■■■□□ 2.88
RCCD1-208	ENST00000557266	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		33.05	■■■□□ 2.88
RCCD1-208	ENST00000557266	MAPKBP1	O60336	1514 aa		33.04	■■■□□ 2.88
RCCD1-208	ENST00000557266	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		33.04	■■■□□ 2.88
RCCD1-208	ENST00000557266	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	33.02	■■■□□ 2.88
RCCD1-208	ENST00000557266	FMN1	Q68DA7	1419 aa		33.01	■■■□□ 2.87
RCCD1-208	ENST00000557266	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	33	■■■□□ 2.87
RCCD1-208	ENST00000557266	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		33	■■■□□ 2.87
RCCD1-208	ENST00000557266	GRIN2B	Q13224	1484 aa		32.99	■■■□□ 2.87
RCCD1-208	ENST00000557266	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	32.99	■■■□□ 2.87
RCCD1-208	ENST00000557266	SAMD9	Q5K651	1589 aa		32.96	■■■□□ 2.87
RCCD1-208	ENST00000557266	ADAMTS12	P58397	1594 aa		32.9	■■■□□ 2.86
RCCD1-208	ENST00000557266	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	32.9	■■■□□ 2.86
RCCD1-208	ENST00000557266	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		32.81	■■■□□ 2.84
RCCD1-208	ENST00000557266	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		32.79	■■■□□ 2.84
RCCD1-208	ENST00000557266	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		32.78	■■■□□ 2.84
RCCD1-208	ENST00000557266	MAGI1	Q96QZ7	1491 aa	Predicted RBP	32.76	■■■□□ 2.83
RCCD1-208	ENST00000557266	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	32.71	■■■□□ 2.83
RCCD1-208	ENST00000557266	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		32.68	■■■□□ 2.82
RCCD1-208	ENST00000557266	NCOA2	Q15596	1464 aa		32.67	■■■□□ 2.82
RCCD1-208	ENST00000557266	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		32.63	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	PTPRK	Q15262	1439 aa		32.62	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		32.62	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	SYNJ2	O15056	1496 aa		32.62	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	GRIN2A	Q12879	1464 aa		32.61	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	32.6	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	HFM1	A2PYH4	1435 aa		32.58	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	IQGAP2	Q13576	1575 aa		32.58	■■■□□ 2.81
RCCD1-208	ENST00000557266	MAGI3	Q5TCQ9	1506 aa		32.57	■■■□□ 2.8
RCCD1-208	ENST00000557266	TIMELESS	Q9UNS1	1208 aa		32.56	■■■□□ 2.8
RCCD1-208	ENST00000557266	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		32.56	■■■□□ 2.8
RCCD1-208	ENST00000557266	ARHGEF11	O15085	1522 aa		32.55	■■■□□ 2.8
RCCD1-208	ENST00000557266	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		32.55	■■■□□ 2.8
RCCD1-208	ENST00000557266	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		32.53	■■■□□ 2.8
RCCD1-208	ENST00000557266	HECW1	Q76N89	1606 aa		32.5	■■■□□ 2.79
RCCD1-208	ENST00000557266	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	32.49	■■■□□ 2.79
RCCD1-208	ENST00000557266	NAIP	Q13075	1403 aa		32.47	■■■□□ 2.79
RCCD1-208	ENST00000557266	UACA	Q9BZF9	1416 aa		32.47	■■■□□ 2.79
RCCD1-208	ENST00000557266	EPRS	P07814	1512 aa	Known RBP	32.43	■■■□□ 2.78
RCCD1-208	ENST00000557266	KIAA0586	Q9BVV6	1533 aa		32.42	■■■□□ 2.78
RCCD1-208	ENST00000557266	CEP170	Q5SW79	1584 aa		32.42	■■■□□ 2.78
RCCD1-208	ENST00000557266	PPP1R15A	O75807	674 aa	Predicted RBP	32.41	■■■□□ 2.78
RCCD1-208	ENST00000557266	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	32.39	■■■□□ 2.78
RCCD1-208	ENST00000557266	FBLN2	P98095	1184 aa		32.39	■■■□□ 2.78
RCCD1-208	ENST00000557266	NUP160	Q12769	1436 aa		32.38	■■■□□ 2.77
RCCD1-208	ENST00000557266	CDK13	Q14004	1512 aa	Known RBP	32.36	■■■□□ 2.77
RCCD1-208	ENST00000557266	CHD1	O14646	1710 aa		32.35	■■■□□ 2.77
RCCD1-208	ENST00000557266	TONSL	Q96HA7	1378 aa		32.29	■■■□□ 2.76
RCCD1-208	ENST00000557266	MIA2	Q96PC5	1412 aa		32.25	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	32.25	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	DISP1	Q96F81	1524 aa		32.25	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	KIAA0556	O60303	1618 aa		32.24	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		32.24	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	AKNA	Q7Z591	1439 aa		32.23	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		32.22	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	ARID3C	A6NKF2	412 aa		32.21	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	KCNH8	Q96L42	1107 aa		32.2	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		32.2	■■■□□ 2.75
RCCD1-208	ENST00000557266	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	32.18	■■■□□ 2.74
RCCD1-208	ENST00000557266	KDM5B	Q9UGL1	1544 aa		32.16	■■■□□ 2.74
RCCD1-208	ENST00000557266	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	32.15	■■■□□ 2.74
RCCD1-208	ENST00000557266	NUP153	P49790	1475 aa	Known RBP	32.14	■■■□□ 2.73
RCCD1-208	ENST00000557266	KDM6B	O15054	1643 aa		32.13	■■■□□ 2.73
RCCD1-208	ENST00000557266	RAPGEF6	Q8TEU7	1601 aa		32.08	■■■□□ 2.73
RCCD1-208	ENST00000557266	JPH4	Q96JJ6	628 aa		32.07	■■■□□ 2.72
RCCD1-208	ENST00000557266	TRIM52	Q96A61	297 aa		32.02	■■■□□ 2.72
RCCD1-208	ENST00000557266	DAPK1	P53355	1430 aa		32.02	■■■□□ 2.72
RCCD1-208	ENST00000557266	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		32.01	■■■□□ 2.71
RCCD1-208	ENST00000557266	SHROOM2	Q13796	1616 aa		31.99	■■■□□ 2.71

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