RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000512656.1

USP46-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 46, human

TSL 3

Gene USP46, Length 467 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP46-208	ENST00000512656	PRSS1	P07477	247 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	RPL35	P42766	123 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	RPS20	P60866	119 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	SST	P61278	116 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	RBX1	P62877	108 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	GAGE6	Q13070	117 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IQCJ	Q1A5X6	159 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	LINC00269	Q8N2A0	174 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	C9orf163	Q8N9P6	203 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	DAZAP1	Q96EP5	407 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	PKHD1L1	Q86WI1	4243 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	LRP1	Q07954	4544 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	HMCN2	Q8NDA2	5059 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TRAV8-4	A0A0B4J246	113 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TEX46	H3BTG2	121 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	BCL2L11	O43521	198 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656		P01737	135 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	KRTAP10-4	P60372	401 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	CACNG7	P62955	275 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	NTM-AS1	Q6ZSK4	140 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	FER1L6-AS1	Q8NA97	138 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TPPP3	Q9BW30	176 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	KIF25-AS1	Q9Y6Z4	181 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TRAV16	A0A0A6YYK6	109 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656		A0A1B0GUV1	79 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656		F2Z2F3	143 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	SMLR1	H3BR10	107 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656		M0QY20	66 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IGKV2-30	P06310	120 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	MGP	P08493	103 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TRGC1	P0CF51	173 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	GZMB	P10144	247 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	RAB5C	P51148	216 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	REG3A	Q06141	175 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	EIF5AL1	Q6IS14	154 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	CLPSL2	Q6UWE3	100 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	OR2D3	Q8NGH3	330 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	C11orf52	Q96A22	123 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	SMIM12	Q96EX1	92 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TMEM243	Q9BU79	118 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	BIN3	Q9NQY0	253 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	GNG13	Q9P2W3	67 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	FAT3	Q8TDW7	4589 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IGLV10-54	A0A075B6I4	117 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IGHV3-64	A0A075B6Q5	118 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TRAV1-1	A0A0B4J248	108 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	hDV102S1	A0JD36	115 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	UBE2L6	O14933	153 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IGLC6	P0CF74	106 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	CNBP	P62633	177 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	CENPW	Q5EE01	88 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	WDR73	Q6P4I2	378 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	KRTAP26-1	Q6PEX3	210 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	RASL11A	Q6T310	242 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	DPH3	Q96FX2	82 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	RNF185	Q96GF1	192 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	PGLYRP4	Q96LB8	373 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	NIT2	Q9NQR4	276 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	PDE6D	O43924	150 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IFNA1	P01562	189 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	GNG4	P50150	75 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	SULT1A2	P50226	295 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	NKX2-5	P52952	324 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	CCL20	P78556	96 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	COTL1	Q14019	142 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	CFAP161	Q6P656	301 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	C19orf71	A6NCJ1	209 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	TAGLN2	P37802	199 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	AMT	P48728	403 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	MEF2B	Q02080	365 aa	Predicted RBP	4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	LYZL1	Q6UWQ5	148 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656		Q6ZRU5	148 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	C20orf203	Q8NBC4	194 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	MED9	Q9NWA0	146 aa		4.59	□□□□□ -1.67
USP46-208	ENST00000512656	IGLV4-60	A0A075B6I1	120 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	RAB19	A4D1S5	217 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	NTF3	P20783	257 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	TWIST1	Q15672	202 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	C9orf62	Q8N4C0	152 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	UBR4	Q5T4S7	5183 aa		4.58	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	PANO1	I0J062	215 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	NCR2	O95944	276 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	NPS	P0C0P6	89 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	CTRL	P40313	264 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	ODF1	Q14990	250 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	AMMECR1L	Q6DCA0	310 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	TEX261	Q6UWH6	196 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	C7orf33	Q8WU49	177 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	CNFN	Q9BYD5	112 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		4.57	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656		A0A087WYN8	130 aa		4.56	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656		H7C423	109 aa		4.56	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	BCL2	P10415	239 aa		4.56	□□□□□ -1.68
USP46-208	ENST00000512656	RPS10	P46783	165 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68

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