RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-231	ENST00000568422	RBM7	Q9Y580	266 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	RAB6A	P20340	208 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	CRHBP	P24387	322 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	AQP4	P55087	323 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	VMA21	Q3ZAQ7	101 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	HES5	Q5TA89	166 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422		Q6ZS49	121 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	HAPLN4	Q86UW8	402 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	BVES	Q8NE79	360 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	PHB2	Q99623	299 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	GINS4	Q9BRT9	223 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	COA4	Q9NYJ1	87 aa		12.87	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	TRAV1-2	A0A0B4J238	106 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	METTL21EP	A6NDL7	271 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	MFNG	O00587	321 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	HIST1H1D	P16402	221 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	SYNJ2BP	P57105	145 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	UBE2K	P61086	200 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	ARL6IP1	Q15041	203 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	LCN12	Q6JVE5	192 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	IL34	Q6ZMJ4	242 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	GTSCR1	Q86UQ5	136 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	OSR1	Q8TAX0	266 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	SNAPC3	Q92966	411 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	ISOC1	Q96CN7	298 aa		12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	NKX1-2	Q9UD57	310 aa	Predicted RBP	12.86	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422		A0A0B4J203	849 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	MSGN1	A6NI15	193 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	IFITM5	A6NNB3	132 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	SRRM4	A7MD48	611 aa	Known RBP	12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	ANKRD65	E5RJM6	399 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	RAB27B	O00194	218 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	CREBL2	O60519	120 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	OR2A4	O95047	310 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	OR9G9	P0C7N8	305 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	GNB3	P16520	340 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	TALDO1	P37837	337 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	PLA2G7	Q13093	441 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	DYRK1A	Q13627	763 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	PRSS8	Q16651	343 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	RPEL1	Q2QD12	228 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422		Q8N402	240 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	DDB2	Q92466	427 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	SPATA25	Q9BR10	227 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	PEMT	Q9UBM1	199 aa		12.85	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	FAM223B	A6NKX1	122 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	AIRE	O43918	545 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	MYL9	P24844	172 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	DUT	P33316	252 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	MAP2K4	P45985	399 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	TBCE	Q15813	527 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	MRGPRG-AS1	Q2M3A8	158 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF367	Q7RTV3	350 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	FAM223A	Q8IWN6	122 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	H1FOO	Q8IZA3	346 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	ADAD2	Q8NCV1	583 aa	Known RBP	12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	C5orf30	Q96GV9	206 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	EDA2R	Q9HAV5	297 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	ZNF230	Q9UIE0	474 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	TENM2	Q9NT68	2774 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	TNC	P24821	2201 aa		12.84	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422	RYR2	Q92736	4967 aa		12.83	□□□□□ -0.35
CLN3-231	ENST00000568422		A0A075B6Q4	140 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	MPPED1	O15442	326 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	ACTL6B	O94805	426 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	CRYZL1	O95825	349 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	CSN3	P07498	182 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	GAL	P22466	123 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	ARFRP1	Q13795	201 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	TNXA	Q16473	311 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	FAM209B	Q5JX69	171 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	OR2K2	Q8NGT1	345 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	NRG4	Q8WWG1	115 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	SRSF12	Q8WXF0	261 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	THAP7	Q9BT49	309 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	TUBA4B	Q9H853	241 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	BLOC1S6	Q9UL45	172 aa		12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	DYNC2H1	Q8NCM8	4307 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	LCE6A	A0A183	80 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	SLC22A5	O76082	557 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	TRBV12-3	P01733	135 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	IFNA6	P05013	189 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	CTXN2	P0C2S0	81 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	RAB3B	P20337	219 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	DTYMK	P23919	212 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	OR10A3	P58181	314 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	SSX1	Q16384	188 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	HAGH	Q16775	308 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	ACOT12	Q8WYK0	555 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	MAFIP	Q8WZ33	124 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	SPIN2A	Q99865	258 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	SPIN2B	Q9BPZ2	258 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	VCX3B	Q9H321	246 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	NDUFB11	Q9NX14	153 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		12.82	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	TRDV1	A0A1B0GX56	115 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	LINC00473	A8K010	186 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	APELA	P0DMC3	54 aa		12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	MECP2	P51608	486 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
CLN3-231	ENST00000568422	RHOG	P84095	191 aa		12.81	□□□□□ -0.36

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 38.8 ms