RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568422.6

CLN3-231, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,168 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-231ENST00000568422 NISCHQ9Y2I1 1504 aa42.15■■■■■ 4.34
CLN3-231ENST00000568422 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa37.88■■■■□ 3.65
CLN3-231ENST00000568422 ABCC9O60706 1549 aa37.66■■■■□ 3.62
CLN3-231ENST00000568422 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa35.99■■■■□ 3.35
CLN3-231ENST00000568422 NACADO15069 1562 aa35.77■■■■□ 3.32
CLN3-231ENST00000568422 DCAF8L2P0C7V8 631 aa35.47■■■■□ 3.27
CLN3-231ENST00000568422 MYO15BQ96JP2 1530 aa35.33■■■■□ 3.25
CLN3-231ENST00000568422 DNAJC5BQ9UF47 199 aa35.22■■■■□ 3.23
CLN3-231ENST00000568422 UNC13AQ9UPW8 1703 aa35.18■■■■□ 3.22
CLN3-231ENST00000568422 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP35.04■■■■□ 3.2
CLN3-231ENST00000568422 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP34.94■■■■□ 3.18
CLN3-231ENST00000568422 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa34.89■■■■□ 3.18
CLN3-231ENST00000568422 BICRAQ9NZM4 1560 aa34.88■■■■□ 3.17
CLN3-231ENST00000568422 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa34.53■■■■□ 3.12
CLN3-231ENST00000568422 SCRIBQ14160 1630 aa34.41■■■■□ 3.1
CLN3-231ENST00000568422 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa34.08■■■■□ 3.05
CLN3-231ENST00000568422 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP34.03■■■■□ 3.04
CLN3-231ENST00000568422 CECR2Q9BXF3 1484 aa33.95■■■■□ 3.03
CLN3-231ENST00000568422 NCAPD3P42695 1498 aa32.99■■■□□ 2.87
CLN3-231ENST00000568422 SMARCA4P51532 1647 aa32.88■■■□□ 2.85
CLN3-231ENST00000568422 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa32.86■■■□□ 2.85
CLN3-231ENST00000568422 SMARCA2P51531 1590 aa32.84■■■□□ 2.85
CLN3-231ENST00000568422 HMGXB3Q12766 1538 aa32.77■■■□□ 2.84
CLN3-231ENST00000568422 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP32.75■■■□□ 2.83
CLN3-231ENST00000568422 PEG3Q9GZU2 1588 aa32.59■■■□□ 2.81
CLN3-231ENST00000568422 ERCC6Q03468 1493 aa32.56■■■□□ 2.8
CLN3-231ENST00000568422 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP32.56■■■□□ 2.8
CLN3-231ENST00000568422 CUX2O14529 1486 aa32.53■■■□□ 2.8
CLN3-231ENST00000568422 MROH2BQ7Z745 1585 aa32.44■■■□□ 2.78
CLN3-231ENST00000568422 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa32.38■■■□□ 2.77
CLN3-231ENST00000568422 NESP48681 1621 aa32.37■■■□□ 2.77
CLN3-231ENST00000568422 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa32.27■■■□□ 2.76
CLN3-231ENST00000568422 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP32.08■■■□□ 2.73
CLN3-231ENST00000568422 WIZO95785 1651 aa32.07■■■□□ 2.72
CLN3-231ENST00000568422 PDS5BQ9NTI5 1447 aa32.06■■■□□ 2.72
CLN3-231ENST00000568422 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa32.02■■■□□ 2.72
CLN3-231ENST00000568422 CADPSQ9ULU8 1353 aa31.97■■■□□ 2.71
CLN3-231ENST00000568422 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP31.8■■■□□ 2.68
CLN3-231ENST00000568422 MRC2Q9UBG0 1479 aa31.75■■■□□ 2.67
CLN3-231ENST00000568422 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP31.7■■■□□ 2.67
CLN3-231ENST00000568422 WDR62O43379 1518 aa31.68■■■□□ 2.66
CLN3-231ENST00000568422 CEP164Q9UPV0 1460 aa31.65■■■□□ 2.66
CLN3-231ENST00000568422 CFTRP13569 1480 aa31.63■■■□□ 2.65
CLN3-231ENST00000568422 FANCD2Q9BXW9 1451 aa31.59■■■□□ 2.65
CLN3-231ENST00000568422 PRDM2Q13029 1718 aa31.41■■■□□ 2.62
CLN3-231ENST00000568422 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP31.31■■■□□ 2.6
CLN3-231ENST00000568422 CCDC88BA6NC98 1476 aa31.31■■■□□ 2.6
CLN3-231ENST00000568422 ABCC8Q09428 1581 aa31.04■■■□□ 2.56
CLN3-231ENST00000568422 OSCARQ8IYS5 282 aa31.03■■■□□ 2.56
CLN3-231ENST00000568422 IFT140Q96RY7 1462 aa31.01■■■□□ 2.56
CLN3-231ENST00000568422 TOPBP1Q92547 1522 aa31.01■■■□□ 2.55
CLN3-231ENST00000568422 DNMBPQ6XZF7 1577 aa30.93■■■□□ 2.54
CLN3-231ENST00000568422 TRIM41Q8WV44 630 aa30.92■■■□□ 2.54
CLN3-231ENST00000568422 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP30.89■■■□□ 2.54
CLN3-231ENST00000568422 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP30.78■■■□□ 2.52
CLN3-231ENST00000568422 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP30.75■■■□□ 2.51
CLN3-231ENST00000568422 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP30.69■■■□□ 2.5
CLN3-231ENST00000568422 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP30.63■■■□□ 2.496e-6■■■■□ 25.1
CLN3-231ENST00000568422 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa30.61■■■□□ 2.49
CLN3-231ENST00000568422 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa30.61■■■□□ 2.49
CLN3-231ENST00000568422 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa30.61■■■□□ 2.49
CLN3-231ENST00000568422 CHD1O14646 1710 aa30.56■■■□□ 2.48
CLN3-231ENST00000568422 SOGA1O94964 1423 aa30.56■■■□□ 2.48
CLN3-231ENST00000568422 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa30.53■■■□□ 2.48
CLN3-231ENST00000568422 WDR97A6NE52 1622 aa30.53■■■□□ 2.48
CLN3-231ENST00000568422 ARHGEF11O15085 1522 aa30.51■■■□□ 2.47
CLN3-231ENST00000568422 FGD5Q6ZNL6 1462 aa30.5■■■□□ 2.47
CLN3-231ENST00000568422 CUX1P39880 1505 aa30.48■■■□□ 2.47
CLN3-231ENST00000568422 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP30.44■■■□□ 2.46
CLN3-231ENST00000568422 FBLN2P98095 1184 aa30.42■■■□□ 2.46
CLN3-231ENST00000568422 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP30.39■■■□□ 2.46
CLN3-231ENST00000568422 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa30.34■■■□□ 2.45
CLN3-231ENST00000568422 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP30.32■■■□□ 2.44
CLN3-231ENST00000568422 GRIN2BQ13224 1484 aa30.31■■■□□ 2.44
CLN3-231ENST00000568422 CYB5RLQ6IPT4 315 aa30.25■■■□□ 2.43
CLN3-231ENST00000568422 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP30.24■■■□□ 2.43
CLN3-231ENST00000568422 SYNJ1O43426 1573 aa30.22■■■□□ 2.43
CLN3-231ENST00000568422 PBRM1Q86U86 1689 aa30.22■■■□□ 2.43
CLN3-231ENST00000568422 SYNJ2O15056 1496 aa30.2■■■□□ 2.43
CLN3-231ENST00000568422 GAPVD1Q14C86 1478 aa30.2■■■□□ 2.43
CLN3-231ENST00000568422 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa30.2■■■□□ 2.42
CLN3-231ENST00000568422 CLASP1Q7Z460 1538 aa30.19■■■□□ 2.42
CLN3-231ENST00000568422 ARAP1Q96P48 1450 aa30.19■■■□□ 2.42
CLN3-231ENST00000568422 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa30.15■■■□□ 2.42
CLN3-231ENST00000568422 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP30.09■■■□□ 2.41
CLN3-231ENST00000568422 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa30.08■■■□□ 2.41
CLN3-231ENST00000568422 TOP2BQ02880 1626 aa30.07■■■□□ 2.4
CLN3-231ENST00000568422 ADAMTS12P58397 1594 aa29.9■■■□□ 2.38
CLN3-231ENST00000568422 GRIN2AQ12879 1464 aa29.9■■■□□ 2.38
CLN3-231ENST00000568422 TRHP20396 242 aaPredicted RBP29.89■■■□□ 2.38
CLN3-231ENST00000568422 ERICH3Q5RHP9 1530 aa29.85■■■□□ 2.37
CLN3-231ENST00000568422 FHAD1B1AJZ9 1412 aa29.83■■■□□ 2.37
CLN3-231ENST00000568422 NUP160Q12769 1436 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-231ENST00000568422 CEP170Q5SW79 1584 aa29.77■■■□□ 2.36
CLN3-231ENST00000568422 SHROOM2Q13796 1616 aa29.7■■■□□ 2.34
CLN3-231ENST00000568422 ERCC6L2Q5T890 1561 aa29.66■■■□□ 2.34
CLN3-231ENST00000568422 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP29.49■■■□□ 2.31
CLN3-231ENST00000568422 JPH4Q96JJ6 628 aa29.49■■■□□ 2.31
CLN3-231ENST00000568422 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa29.48■■■□□ 2.31
CLN3-231ENST00000568422 KIF27Q86VH2 1401 aa29.47■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 219.7 ms