RNA–Protein interactions for RNA: YMR223W

UBP8, Transcript of Ubiquitin-specific protease component of the SAGA acetylation complex, yeast

Gene UBP8, Length 1,416 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
UBP8	YMR223W	ULA1	Q12059	462 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	RKI1	Q12189	258 aa		4.63	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	ERG20	P08524	352 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	MSH2	P25847	964 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	YMC1	P32331	307 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	YPT7	P32939	208 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	MNN4	P36044	1178 aa		4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	ASN1	P49089	572 aa	Known RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	ORC1	P54784	914 aa	Predicted RBP	4.62	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	LAM4	P38800	1345 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	TPK2	P06245	380 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	RFX1	P48743	811 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	NMA2	P53204	395 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	NGL2	Q03264	515 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	HFD1	Q04458	532 aa		4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	ISA1	Q07821	250 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	MDM20	Q12387	796 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	SEC15	P22224	910 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	APN1	P22936	367 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	KIN82	P25341	720 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	MSS1	P32559	526 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	PEX6	P33760	1030 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	PBP2	P38151	413 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.6	□□□□□ -1.67	not detected
UBP8	YMR223W	CCT5	P40413	562 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	XBP1	P40489	647 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	YIL077C	P40508	320 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	PMT6	P42934	759 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	UFO1	Q04511	668 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	ATG33	Q06485	197 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	YFT2	Q06676	274 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	AIM44	Q99299	758 aa		4.6	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	PCL2	P25693	308 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	YKL091C	P33324	310 aa	Known RBP	4.59	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	NUP82	P40368	713 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	YDR179W-A	Q03983	463 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	GIN4	Q12263	1142 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	RGT2	Q12300	763 aa		4.59	□□□□□ -1.67
UBP8	YMR223W	PHO8	P11491	566 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	NUP1	P20676	1076 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	PET127	P32606	800 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	COS111	P38308	924 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	YHR202W	P38887	602 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	BIT61	P47041	543 aa		4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	DAK1	P54838	584 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	MBR1	P23493	339 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	PCM1	P38628	557 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	DIP5	P53388	608 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	SNF12	P53628	566 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	VHS3	Q08438	674 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	DCS2	Q12123	353 aa		4.57	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	HMG1	P12683	1054 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	FRS1	P15624	595 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	YUR1	P26725	428 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	MAL31	P38156	614 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	BEM4	P39011	633 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	ATG36	P46983	293 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	TAX4	P47030	604 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	ARG7	Q04728	441 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	VPS36	Q06696	566 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	IZH3	Q07959	543 aa		4.56	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	HOT13	P36078	116 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	CPR8	P53728	308 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	VBA4	Q04602	768 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	SFL1	P20134	766 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	PRP22	P24384	1145 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	NUG1	P40010	520 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	ULP2	P40537	1034 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	AIM14	P53109	570 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	YGL117W	P53133	265 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	MPS1	P54199	764 aa		4.55	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	THI4	P32318	326 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	YKR075C	P36155	307 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	OCA5	P38738	679 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	THI6	P41835	540 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	IRC3	Q06683	689 aa		4.54	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	POB3	Q04636	552 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	ORM2	Q06144	216 aa		4.53	□□□□□ -1.68
UBP8	YMR223W	RPS9B	P05755	195 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	STE4	P18851	423 aa		4.52	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	SCS3	P53012	380 aa		4.52	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	AI5_ALPHA	Q9ZZX1	630 aa		4.52	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	AAD3	P25612	363 aa		4.51	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	IMG2	P25642	146 aa	Predicted RBP	4.51	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	ELF1	P36053	145 aa		4.51	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	PSA1	P41940	361 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	YMR210W	Q03649	449 aa		4.51	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	PIH1	P38768	344 aa		4.5	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	PPN1	Q04119	674 aa		4.5	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	PMA2	P19657	947 aa		4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	YKU70	P32807	602 aa		4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	PXA1	P41909	870 aa		4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	OSW7	P43611	510 aa		4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	BFA1	P47113	574 aa		4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	STP1	Q00947	519 aa		4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	CEF1	Q03654	590 aa	Predicted RBP	4.49	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	LEU2	P04173	364 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	STB2	P46679	850 aa		4.48	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	BPL1	P48445	690 aa	Predicted RBP	4.48	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	PIP2	P52960	996 aa		4.48	□□□□□ -1.69
UBP8	YMR223W	SPO1	P53541	631 aa		4.48	□□□□□ -1.69

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