RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000550857.5

PTPRB-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

APPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-209ENST00000550857 SSH1Q8WYL5 1049 aa9.26□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 THUMPD2Q9BTF0 503 aaKnown RBP9.26□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 DHX36Q9H2U1 1008 aaKnown RBP9.26□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 EXOC6BQ9Y2D4 811 aa9.26□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SREBF2Q12772 1141 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 JAKMIP3Q5VZ66 844 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 LARP1BQ659C4 914 aaKnown RBP9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 EXOC4Q96A65 974 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SWAP70Q9UH65 585 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RABGAP1Q9Y3P9 1069 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 IQGAP3Q86VI3 1631 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 H0YCG3 227 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 COA1Q9GZY4 146 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TTF2Q9UNY4 1162 aaKnown RBP9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CRB1P82279 1406 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PLA2R1Q13018 1463 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ATP8B2P98198 1209 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 GCKRQ14397 625 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC184Q52MB2 194 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ATP10DQ9P241 1426 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RNF113AO15541 343 aaKnown RBP9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 KRT13P13646 458 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TMEM57Q8N5G2 664 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RHPN1Q8TCX5 695 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 MTFR1LQ9H019 292 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ERBB3P21860 1342 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 UNC13BO14795 1591 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC181Q5TID7 509 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CCDC155Q8N6L0 562 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ME1P48163 572 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TTLL5Q6EMB2 1281 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ARPP21Q9UBL0 812 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 NARFQ9UHQ1 456 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 IBTKQ9P2D0 1353 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SMTNL1A8MU46 457 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PPP1R2P41236 205 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 NAPAP54920 295 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 GADL1Q6ZQY3 521 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 DEF6Q9H4E7 631 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 FBXO40Q9UH90 709 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 FDX1P10109 184 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 METAP2P50579 478 aaKnown RBP eCLIP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 MCMDC2Q4G0Z9 681 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 MFSD14BQ5SR56 506 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 DPP9Q86TI2 863 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PPFIBP1Q86W92 1011 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RETREG2Q8NC44 543 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 MAP7D2Q96T17 732 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TCHPQ9BT92 498 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RMND1Q9NWS8 449 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SSX2IPQ9Y2D8 614 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 KAT6BQ8WYB5 2073 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CDC42BPGQ6DT37 1551 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SPOUT1Q5T280 376 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 NUTM1Q86Y26 1132 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 MRPL11Q9Y3B7 192 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ZBTB43O43298 467 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RTN1Q16799 776 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ZBTB38Q8NAP3 1195 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 IFT74Q96LB3 600 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PAG1Q9NWQ8 432 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 HACL1Q9UJ83 578 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 EXOC7Q9UPT5 735 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TET3O43151 1660 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CARMIL3Q8ND23 1372 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PALM3A6NDB9 673 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RARSP54136 660 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TESK2Q96S53 571 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 USP40Q9NVE5 1235 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 RAB3GAP1Q15042 981 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 KIF4BQ2VIQ3 1234 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 GIGYF2Q6Y7W6 1299 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 FAM200AQ8TCP9 573 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 USP6P35125 1406 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TLR3O15455 904 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 FMNL1O95466 1100 aaPredicted RBP9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CDHR1Q96JP9 859 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 C1orf115Q9H7X2 142 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 HELLSQ9NRZ9 838 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 USP17L3A6NCW0 530 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 USP17L4A6NCW7 530 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 USP17L1Q7RTZ2 530 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PODNQ7Z5L7 613 aa9.23□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 PHACTR2O75167 634 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ABCD1P33897 745 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 CTSWP56202 376 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 GTF2IP78347 998 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 BRIP1Q9BX63 1249 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 VAT1LQ9HCJ6 419 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 XPOTO43592 962 aaKnown RBP9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 ALDH1A1P00352 501 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 TMOD1P28289 359 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 FOSBP53539 338 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SMTNP53814 917 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 SLC4A8Q2Y0W8 1093 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 NBPF11Q86T75 865 aa9.22□□□□□ -0.93
PTPRB-209ENST00000550857 LBHD1Q9BQE6 289 aaPredicted RBP9.22□□□□□ -0.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 17.8 ms