RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000485792.1

CUX1-208, Transcript of cut like homeobox 1, human

TSL 5

Gene CUX1, Length 564 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CUX1-208	ENST00000485792	COX5B	P10606	129 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	NR2C1	P13056	603 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	CDH2	P19022	906 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	ACVR1B	P36896	505 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	SERPINF1	P36955	418 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	WNT5A	P41221	380 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	PPOX	P50336	477 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	CLRN1	P58418	232 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	UBE2N	P61088	152 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	LSM6	P62312	80 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	ERVK-25	P63136	954 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	EFNB1	P98172	346 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	PSG4	Q00888	419 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	COX10	Q12887	443 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	NKPD1	Q17RQ9	610 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	MICA	Q29983	383 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792		Q5PR19	223 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	SLC22A25	Q6T423	547 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	COLCA1	Q6ZS62	124 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	C1orf174	Q8IYL3	243 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	OR4Q3	Q8NH05	313 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	OR52J3	Q8NH60	311 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	NRBF2	Q96F24	287 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792		Q96M66	194 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	TSSK2	Q96PF2	358 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	RBP7	Q96R05	134 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	SH3GL3	Q99963	347 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	SOX7	Q9BT81	388 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	THTPA	Q9BU02	230 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	RBM4	Q9BWF3	364 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	HCAR1	Q9BXC0	346 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	RACGAP1	Q9H0H5	632 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	WNT5B	Q9H1J7	359 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	LRMDA	Q9H2I8	198 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	OR52D1	Q9H346	318 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	C1orf198	Q9H425	327 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	FN3K	Q9H479	309 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	POLE4	Q9NR33	117 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	FAIM	Q9NVQ4	179 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	ARMC1	Q9NVT9	282 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	FBXO9	Q9UK97	447 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
CUX1-208	ENST00000485792	DHRS12	A0PJE2	317 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	OR6C6	A6NF89	314 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	PRR32	B1ATL7	298 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	TNFRSF11B	O00300	401 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	GYG2	O15488	501 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	NCR1	O76036	304 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	MPZL1	O95297	269 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	FARS2	O95363	451 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	PPP1R3D	O95685	299 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	IGHV3-13	P01766	116 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	ADH4	P08319	380 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	CCL2	P13500	99 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	CD99	P14209	185 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	HIST1H1C	P16403	213 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF32	P17041	273 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	MSR1	P21757	451 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	TUBG1	P23258	451 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	GIF	P27352	417 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	LAP3	P28838	519 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	OTX1	P32242	354 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	THBS4	P35443	961 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	GGT2	P36268	569 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF84	P51523	738 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	IDH3G	P51553	393 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	EFNA4	P52798	201 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	UCP2	P55851	309 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	MXRA7	P84157	204 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	HOXA4	Q00056	320 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	CDK5	Q00535	292 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	SPIB	Q01892	262 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	CHRNB3	Q05901	458 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	PIGF	Q07326	219 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	TOP3A	Q13472	1001 aa	Predicted RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	KRR1	Q13601	381 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	CCNI	Q14094	377 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	RAB39A	Q14964	217 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	SLC36A2	Q495M3	483 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	FAM98B	Q52LJ0	330 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	PABPC1L2A	Q5JQF8	200 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	FGD3	Q5JSP0	725 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	RPL13AP3	Q6NVV1	102 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	RFPL4B	Q6ZWI9	263 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	RRM2B	Q7LG56	351 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	SLC16A14	Q7RTX9	510 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	YTHDF3	Q7Z739	585 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	LRP11	Q86VZ4	500 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	ZNF101	Q8IZC7	436 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	OR6V1	Q8N148	313 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	ZCCHC24	Q8N2G6	241 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	MAPK1IP1L	Q8NDC0	245 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	SLC26A10	Q8NG04	563 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	GNPDA2	Q8TDQ7	276 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	MRPL24	Q96A35	216 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	MCUR1	Q96AQ8	359 aa		4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	CCDC124	Q96CT7	223 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	TRMT61A	Q96FX7	289 aa	Known RBP	4.9	□□□□□ -1.63
CUX1-208	ENST00000485792	PERP	Q96FX8	193 aa		4.9	□□□□□ -1.63

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