RNA–Protein interactions for RNA: YKL049C

CSE4, Transcript of Centromere protein that resembles histone H3, yeast

Gene CSE4, Length 690 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CSE4	YKL049C	ORC4	P54791	529 aa		3.92	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	CTF4	Q01454	927 aa		3.92	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	RPN7	Q06103	429 aa	Known RBP	3.92	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	FRE5	Q08908	694 aa		3.92	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	SFL1	P20134	766 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	SFP1	P32432	683 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	YIR042C	P40586	236 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	PRP31	P49704	494 aa	Predicted RBP	3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	YNL193W	P53870	558 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	UTP14	Q04500	899 aa	Known RBP	3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	COG8	Q04632	607 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	GAD1	Q04792	585 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	YLR001C	Q07895	862 aa		3.91	□□□□□ -1.78
CSE4	YKL049C	HMG1	P12683	1054 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	RPL8A	P17076	256 aa	Known RBP	3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YKR018C	P36114	725 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YBR053C	P38235	358 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MIP6	P38760	659 aa	Known RBP	3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ECM1	P39715	212 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	UBC9	P50623	157 aa	Predicted RBP	3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	AIM14	P53109	570 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	PCL10	P53124	433 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YMR206W	Q03695	313 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ADY4	Q05955	493 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ATG33	Q06485	197 aa		3.9	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	LAT1	P12695	482 aa	Known RBP	3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	PCM1	P38628	557 aa	Known RBP	3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YJL163C	P46996	555 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MET13	P53128	600 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	OMS1	Q06668	471 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	GIN4	Q12263	1142 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ATG11	Q12527	1178 aa		3.89	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ADE2	P21264	571 aa	Known RBP	3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	CCR4	P31384	837 aa	Known RBP	3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	OAR1	P35731	278 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	APL2	P36000	726 aa	Predicted RBP	3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	APT2	P36973	181 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MOH1	P38191	138 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	DAS1	P47005	663 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	SDA1	P53313	767 aa	Known RBP	3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ARG5,6	Q01217	863 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MCM21	Q06675	368 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ACF2	Q12168	779 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ADR1	P07248	1323 aa		3.88	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	PPS1	P38148	807 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YHR112C	P38716	378 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MGS1	P40151	587 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	HOS4	P40480	1083 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	TEX1	P53851	422 aa	Known RBP	3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	DNM1	P54861	757 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	ARP4	P80428	489 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	TIM44	Q01852	431 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MUK1	Q02866	612 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	GUD1	Q07729	489 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	IRC13	Q08630	104 aa		3.87	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	HIS7	P33734	552 aa	Known RBP	3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MNN4	P36044	1178 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	TRZ1	P36159	838 aa	Predicted RBP	3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	BCD1	P38772	366 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	FPR3	P38911	411 aa	Known RBP	3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	BAP3	P41815	604 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	HLJ1	P48353	224 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	STB4	P50104	949 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	CTK1	Q03957	528 aa	Known RBP	3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MCH5	Q08777	521 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YGR161W-C	Q3E744	92 aa		3.86	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YHL017W	P38745	532 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	CCT3	P39077	534 aa	Known RBP	3.85	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	YJR142W	P47173	342 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	UBA2	P52488	636 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	MTL1	P53214	551 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	REC102	Q02721	264 aa		3.85	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	FMO1	P38866	432 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	FMP52	P40008	231 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	GID8	P40208	455 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	UBC11	P52492	156 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	RIA1	P53893	1110 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	LEE1	Q02799	301 aa	Known RBP	3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	DCS2	Q12123	353 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	AIM44	Q99299	758 aa		3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	HRP1	Q99383	534 aa	Known RBP	3.84	□□□□□ -1.79
CSE4	YKL049C	RNR1	P21524	888 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	MVD1	P32377	396 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	APN2	P38207	520 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SSZ1	P38788	538 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	REV7	P38927	245 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	LYS9	P38999	446 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SET2	P46995	733 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	YJR039W	P47107	1121 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	TEL2	P53038	688 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	COX18	P53239	316 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	BRE5	P53741	515 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	GPD1	Q00055	391 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	HMO1	Q03973	246 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	TMN2	Q04562	672 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	HBT1	Q07653	1046 aa	Known RBP	3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	THI73	Q07904	523 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SGO1	Q08490	590 aa		3.83	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	PYC1	P11154	1178 aa	Known RBP	3.82	□□□□□ -1.8
CSE4	YKL049C	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.82	□□□□□ -1.8	not detected

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