RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000635861.1

CLN3-241, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5

Gene CLN3, Length 1,404 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-241ENST00000635861 LAMB2P55268 1798 aa24.13■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 IARSP41252 1262 aaKnown RBP24.12■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 EIF2S2P20042 333 aaKnown RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 WDR43Q15061 677 aaKnown RBP eCLIP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 HSP90AB3PQ58FF7 597 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 RUNDC1Q96C34 613 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 CRAMP1Q96RY5 1269 aa24.11■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 ZNF277Q9NRM2 450 aaPredicted RBP24.11■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 RBM17Q96I25 401 aaKnown RBP24.1■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 CHL1O00533 1208 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 SYNE4Q8N205 404 aa24.1■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 ADAMTSL1Q8N6G6 1762 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 FZD9O00144 591 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 OLFM4Q6UX06 510 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 LDHDQ86WU2 507 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 NLRP3Q96P20 1036 aa24.09■■□□□ 1.45
CLN3-241ENST00000635861 SLC10A5Q5PT55 438 aa24.08■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 JDP2Q8WYK2 163 aa24.08■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 UTP14AQ9BVJ6 771 aaKnown RBP24.08■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 TAF1DQ9H5J8 278 aaPredicted RBP24.08■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 HOXB7P09629 217 aa24.07■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP24.07■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 ZNF541Q9H0D2 1346 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 CCDC146Q8IYE0 955 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 GPC2Q8N158 579 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 CREBZFQ9NS37 354 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 HACL1Q9UJ83 578 aa24.06■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 PPEF1O14829 653 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 NEUROD2Q15784 382 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 PROSER3Q2NL68 480 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP24.05■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 TRIM35Q9UPQ4 493 aa24.05■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 COPS6Q7L5N1 327 aa24.04■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 PNMA8AQ86V59 439 aaPredicted RBP24.04■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 VPS33BQ9H267 617 aa24.04■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 ADAMTS8Q9UP79 889 aa24.03■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 ANXA1P04083 346 aa24.02■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 POTEIP0CG38 1075 aa24.02■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 POTEJP0CG39 1038 aa24.02■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 TCIRG1Q13488 830 aa24.02■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 XAGE3Q8WTP9 111 aa24.02■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 PASKQ96RG2 1323 aa24.02■■□□□ 1.44
CLN3-241ENST00000635861 EIF6P56537 245 aaKnown RBP24.01■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 CFAP44Q96MT7 982 aa24.01■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP24.01■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 DDX60Q8IY21 1712 aaKnown RBP24.01■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 EPHX2P34913 555 aa24.01■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 NLRP10Q86W26 655 aa24.01■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 COL4A5P29400 1685 aa24■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 AIMP1Q12904 312 aaKnown RBP24■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP24■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 ATP6V0A2Q9Y487 856 aa24■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 C3orf67Q6ZVT6 689 aa23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 LARGE2Q8N3Y3 721 aa23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 SUPT20HQ8NEM7 779 aa23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 NECTIN2Q92692 538 aa23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 SH3TC1Q8TE82 1336 aa23.99■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 LRRC37AA6NMS7 1700 aa23.98■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 BBOX1O75936 387 aa23.98■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 CHPF2Q9P2E5 772 aa23.98■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 ABCC4O15439 1325 aa23.98■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 TAF1P21675 1872 aa23.97■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP23.97■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 EAPPQ56P03 285 aaPredicted RBP23.97■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 PLBD2Q8NHP8 589 aa23.97■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 TRMT112Q9UI30 125 aaKnown RBP23.97■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP23.96■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 KRT24Q2M2I5 525 aa23.96■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 RTFDC1Q9BY42 306 aaPredicted RBP23.96■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 HYPKQ9NX55 129 aa23.96■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 LTBP1Q14766 1721 aa23.96■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 TRPM7Q96QT4 1865 aa23.96■■□□□ 1.43
CLN3-241ENST00000635861 ITGBL1O95965 494 aaPredicted RBP23.95■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 LMOD1P29536 600 aaPredicted RBP23.95■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 TMC4Q7Z404 712 aa23.95■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 SP8Q8IXZ3 490 aa23.95■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 NIM1KQ8IY84 436 aa23.95■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 ANKRD13DQ6ZTN6 518 aa23.94■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 DDX46Q7L014 1031 aaKnown RBP23.94■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 CLEC11AQ9Y240 323 aa23.94■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 CNTNAP1P78357 1384 aa23.94■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 TMEM88BA6NKF7 163 aa23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 PPIP5K2O43314 1243 aa23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 GJA3Q9Y6H8 435 aa23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 ZNF853P0CG23 659 aa23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 HSPA1AP0DMV8 641 aaKnown RBP23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 HSPA1BP0DMV9 641 aaKnown RBP23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 GRAPQ13588 217 aa23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 GRAPLQ8TC17 118 aaPredicted RBP23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 IFT57Q9NWB7 429 aa23.93■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 HCLS1P14317 486 aaPredicted RBP23.92■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 GNAI1P63096 354 aa23.92■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 DUSP27Q5VZP5 1158 aa23.92■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 ISCA1Q9BUE6 129 aa23.92■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 CHMP4AQ9BY43 222 aa23.92■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 MBIPQ9NS73 344 aa23.92■■□□□ 1.42
CLN3-241ENST00000635861 DPP8Q6V1X1 898 aaPredicted RBP23.91■■□□□ 1.42
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