RNA–Protein interactions for RNA: YNR001C

CIT1, Transcript of Citrate synthase, yeast

Gene CIT1, Length 1,440 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Mitochondria .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
CIT1	YNR001C	PEX28	P38848	579 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	GTS1	P40956	396 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ATG16	Q03818	150 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	RSA3	Q05942	220 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	COG4	Q06096	861 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	BRE1	Q07457	700 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	TMA17	Q12513	150 aa		4.57	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YEF3	P16521	1044 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	THI80	P35202	319 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SPP41	P38904	1435 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	MTR4	P47047	1073 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YGL140C	P53120	1219 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	TFB2	Q02939	513 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	UGO1	Q03327	502 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YOR378W	Q08902	515 aa		4.56	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ATP4	P05626	244 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	AGP1	P25376	633 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	RPN12	P32496	274 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	PEX6	P33760	1030 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	PIC2	P40035	300 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	RSM26	P47141	266 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	HSV2	P50079	448 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SHE9	Q04172	456 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ENT2	Q05785	613 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ATG13	Q06628	738 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YDL124W	Q07551	312 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	FMP25	Q08023	583 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SMC4	Q12267	1418 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	AFG2	P32794	780 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	STE5	P32917	917 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	IES1	P43579	692 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YGR021W	P53212	290 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YNR063W	P53749	607 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	GIS1	Q03833	894 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SND1	Q04007	877 aa		4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	FAP7	Q12055	197 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	PRP9	P19736	530 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SBA1	P28707	216 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	HIR1	P32479	840 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SCT1	P32784	759 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	MTC2	P34246	357 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	VBA5	P36172	582 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	PBY1	P38254	753 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SNF7	P39929	240 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	RPT2	P40327	437 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	TAF1	P46677	1066 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YJL045W	P47052	634 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ESC2	Q06340	456 aa		4.54	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SCC2	Q04002	1493 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	DOP1	Q03921	1698 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	IKI3	Q06706	1349 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	SCP160	P06105	1222 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.53	□□□□□ -1.68	not detected
CIT1	YNR001C	SEC23	P15303	768 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	YHL012W	P38709	493 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ALR2	P43553	858 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ESF2	P53743	316 aa	Known RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	EEB1	Q02891	456 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	UME1	Q03010	460 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	GIR2	Q03768	265 aa	Predicted RBP	4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	THI73	Q07904	523 aa		4.53	□□□□□ -1.68
CIT1	YNR001C	ABD1	P32783	436 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	QNS1	P38795	714 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	YJR120W	P47157	116 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	SDA1	P53313	767 aa	Known RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	TAF8	Q03750	510 aa		4.52	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	RCL1	Q08096	367 aa	Predicted RBP	4.52	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	TRP2	P00899	507 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	LYP1	P32487	611 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	ADD66	P36040	267 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	ETP1	P38748	585 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	DSS1	P39112	969 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	GIP4	P39732	760 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	UTP8	P53276	713 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	YNL193W	P53870	558 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	YLR225C	Q05948	407 aa	Known RBP	4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	ESP1	Q03018	1630 aa		4.51	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	TAF13	P11747	167 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	PRP6	P19735	899 aa	Predicted RBP	4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	GSY1	P23337	708 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	MRS6	P32864	603 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	AIM3	P38266	947 aa	Known RBP	4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	PEA2	P40091	420 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	PEX14	P53112	341 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	MRPL22	P53881	309 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	RKM2	Q03942	479 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	HFD1	Q04458	532 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	TRE2	Q08693	809 aa		4.5	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	NUP159	P40477	1460 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	TOM70	P07213	617 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	CDC11	P32458	415 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	MDL2	P33311	773 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	PIN4	P34217	668 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.49	□□□□□ -1.69	not detected
CIT1	YNR001C	PTH2	P34222	208 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	HSE1	P38753	452 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	GDH3	P39708	457 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	PFD1	P46988	109 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	RTA1	P53047	317 aa		4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	HRK1	Q08732	759 aa	Known RBP	4.49	□□□□□ -1.69
CIT1	YNR001C	LAP2	Q10740	671 aa		4.49	□□□□□ -1.69

Retrieved 100 of 5,963 RNA–protein pairs in 15.7 ms