RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000478423.6

NPHP4-208, Transcript of nephrocystin 4, human

TSL 2

Gene NPHP4, Length 4,467 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
NPHP4-208	ENST00000478423	TM9SF3	Q9HD45	589 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ADAMTS6	Q9UKP5	1117 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HHLA1	C9JL84	531 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GIMD1	P0DJR0	217 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CAPN3	P20807	821 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	RPS3	P23396	243 aa	Known RBP eCLIP	13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	NUP62	P37198	522 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	OMP	P47874	163 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	KCNC4	Q03721	635 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	TIGD6	Q17RP2	521 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CNPY1	Q3B7I2	92 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GHDC	Q8N2G8	530 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CLIP4	Q8N3C7	705 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HTRA1	Q92743	480 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423		Q9N2J8	555 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SDR39U1	Q9NRG7	319 aa	Predicted RBP	13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MAN2B2	Q9Y2E5	1009 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PCDHGA2	Q9Y5H1	932 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ADAMTS7	Q9UKP4	1686 aa		13.69	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ELOA3D	A6NLF2	546 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CLDN25	C9JDP6	229 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	C8B	P07358	591 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MEP1A	Q16819	746 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ELOA3B	Q3SY89	546 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MLIP	Q5VWP3	458 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	NXPE4	Q6UWF7	544 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HDDC2	Q7Z4H3	204 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ELOA3	Q8NG57	546 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CCKBR	P32239	447 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ST3GAL3	Q11203	375 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	KCNAB2	Q13303	367 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ZNF234	Q14588	700 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	KCTD11	Q693B1	232 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CGB2	Q6NT52	195 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PLET1	Q6UQ28	207 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	OR4K14	Q8NGD5	310 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SETD7	Q8WTS6	366 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	C11orf24	Q96F05	449 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GORASP1	Q9BQQ3	440 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	LDHAL6B	Q9BYZ2	381 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	KATNBL1	Q9H079	304 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MARCH7	Q9H992	704 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GIN1	Q9NXP7	522 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PCDHB3	Q9Y5E6	796 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	NUP205	Q92621	2012 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM92A	A1XBS5	289 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	TLR4	O00206	839 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SNPH	O15079	494 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MUSK	O15146	869 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PLOD3	O60568	738 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CBFA2T3	O75081	653 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CH25H	O95992	272 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ATXN1L	P0C7T5	689 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM189B	P81408	668 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HSD11B1L	Q7Z5J1	315 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	CNTN4	Q8IWV2	1026 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ISG20	Q96AZ6	181 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	TBX5	Q99593	518 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	RBCK1	Q9BYM8	510 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PRRG4	Q9BZD6	226 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SOX17	Q9H6I2	414 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MVB12B	Q9H7P6	319 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MCUB	Q9NWR8	336 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	STOX2	Q9P2F5	926 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ATXN10	Q9UBB4	475 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GMEB2	Q9UKD1	530 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM240B	A0A1B0GVZ2	78 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	FAM170B	A6NMN3	283 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HIDE1	A8MVS5	230 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423		H3BSA7	217 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	RPLP0	P05388	317 aa	Known RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ENPP2	Q13822	863 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GKN2	Q86XP6	184 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PDPR	Q8NCN5	879 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	OR5P2	Q8WZ92	322 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	UCK2	Q9BZX2	261 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	HCN4	Q9Y3Q4	1203 aa		13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SPIN1	Q9Y657	262 aa	Predicted RBP	13.68	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	COL22A1	Q8NFW1	1626 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	EFCAB9	A8MZ26	197 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SNAP29	O95721	258 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	GSTM3	P21266	225 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SEMA3B	Q13214	749 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PTGES3	Q15185	160 aa	Known RBP	13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	IER5L	Q5T953	404 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ADGRD2	Q7Z7M1	963 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	DPH2	Q9BQC3	489 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	IL21R	Q9HBE5	538 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	DAPL1	A0PJW8	107 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	FEZF1	A0PJY2	475 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423		E7EQ34	232 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	PENK	P01210	267 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	RAB28	P51157	221 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	VSX2	P58304	361 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MGAT3	Q09327	533 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	SLAMF1	Q13291	335 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	MYBPC3	Q14896	1274 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	TMEM44	Q2T9K0	475 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ZBED5	Q49AG3	693 aa		13.67	□□□□□ -0.22
NPHP4-208	ENST00000478423	ATG14	Q6ZNE5	492 aa		13.67	□□□□□ -0.22

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