RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000497977.1

PTPRN-218, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type N, humanhuman

TSL 3

Gene PTPRN, Length 701 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRN-218ENST00000497977 TGFB2P61812 414 aa13.53□□□□□ -0.24
PTPRN-218ENST00000497977 MIS18AQ9NYP9 233 aa13.53□□□□□ -0.24
PTPRN-218ENST00000497977 ZNF330Q9Y3S2 320 aaPredicted RBP13.53□□□□□ -0.24
PTPRN-218ENST00000497977 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP13.53□□□□□ -0.24
PTPRN-218ENST00000497977 VIRMAQ69YN4 1812 aaKnown RBP13.53□□□□□ -0.24
PTPRN-218ENST00000497977 RGL2O15211 777 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 NPHP1O15259 732 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 EIF4A1P60842 406 aaKnown RBP13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 GNAI1P63096 354 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 USPL1Q5W0Q7 1092 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 CFAP44Q96MT7 982 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 ZBTB1Q9Y2K1 713 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 RRP7AQ9Y3A4 280 aaKnown RBP13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 USP16Q9Y5T5 823 aa13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP13.52□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 MRC1P22897 1456 aa13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 USP42Q9H9J4 1324 aaKnown RBP13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 KCNQ3O43525 872 aa13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 GIGYF1O75420 1035 aaPredicted RBP13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 A1BGP04217 495 aa13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 CLEC4GQ6UXB4 293 aa13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 PDZRN3Q9UPQ7 1066 aa13.51□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 ERBB4Q15303 1308 aa13.5□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 CHL1O00533 1208 aa13.5□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SETDB2Q96T68 719 aa13.5□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 LRP5O75197 1615 aa13.5□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 DLG5Q8TDM6 1919 aa13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 TM4SF1P30408 202 aa13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 CCDC27Q2M243 656 aa13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SMIM5Q71RC9 77 aa13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 DZIP3Q86Y13 1208 aaKnown RBP13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 THUMPD2Q9BTF0 503 aaKnown RBP13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 TRIM35Q9UPQ4 493 aa13.49□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 COL15A1P39059 1388 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 HOXB7P09629 217 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 FKBP8Q14318 412 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 KIF6Q6ZMV9 814 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 AMIGO3Q86WK7 504 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 IFT57Q9NWB7 429 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 TBC1D2BQ9UPU7 963 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 PAPPAQ13219 1627 aa13.48□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 LY75O60449 1722 aa13.47□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 TOGARAM1Q9Y4F4 1720 aa13.47□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 TPTE2Q6XPS3 522 aa13.47□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 FAM9BQ8IZU0 186 aa13.47□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SRP68Q9UHB9 627 aaKnown RBP13.47□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa13.46□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 ERVV-1B6SEH8 477 aa13.46□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 SERPINB2P05120 415 aa13.46□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 EIF2S2P20042 333 aaKnown RBP13.46□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP13.46□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 C4BP0C0L5 1744 aa13.46□□□□□ -0.25
PTPRN-218ENST00000497977 CCER2I3L3R5 266 aa13.45□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 WDR63Q8IWG1 891 aa13.45□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 DBF4Q9UBU7 674 aaPredicted RBP13.45□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 H0YIN7 160 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 MYL6BP14649 208 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 PDE6BP35913 854 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 ST5P78524 1137 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NFIXQ14938 502 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 BICDL1Q6ZP65 573 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 PIM2Q9P1W9 311 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 ZNF831Q5JPB2 1677 aa13.44□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 POLRMTO00411 1230 aaKnown RBP13.43□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 HSP90AB3PQ58FF7 597 aa13.43□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NYXQ9GZU5 481 aa13.43□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 KCPQ6ZWJ8 1503 aa13.43□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 SCN11AQ9UI33 1791 aa13.43□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 IL16Q14005 1332 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 ITGB4P16144 1822 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 PRAMEF22A3QJZ6 481 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 CAMTA2O94983 1202 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 HDGFL1Q5TGJ6 251 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NBPF5PQ86XG9 351 aaPredicted RBP13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 WWC1Q8IX03 1113 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NLGN2Q8NFZ4 835 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 BRIP1Q9BX63 1249 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 DDX21Q9NR30 783 aaKnown RBP eCLIP13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 HYPKQ9NX55 129 aa13.42□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 C5P01031 1676 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NBPF26B4DH59 902 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 ZNF853P0CG23 659 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 YY1P25490 414 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 GOLGA2Q08379 1002 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 DALRD3Q5D0E6 543 aaKnown RBP13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 CCDC30Q5VVM6 783 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 DUSP27Q5VZP5 1158 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 TBC1D9BQ66K14 1250 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NBPF10Q6P3W6 841 aaKnown RBP13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 PPP1R42Q7Z4L9 355 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NBPF15Q8N660 670 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 CNBD1Q8NA66 436 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 MYH16Q9H6N6 1097 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 MBIPQ9NS73 344 aa13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 NIP7Q9Y221 180 aaKnown RBP eCLIP13.41□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 CASZ1Q86V15 1759 aa13.4□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 A0A0G2JLW4 131 aa13.4□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 DDX58O95786 925 aaKnown RBP13.4□□□□□ -0.26
PTPRN-218ENST00000497977 STK31Q9BXU1 1019 aa13.4□□□□□ -0.26
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.1 ms