RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556956.1

SLIRP-208, Transcript of SRA stem-loop interacting RNA binding protein, human

TSL 2

Gene SLIRP, Length 450 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SLIRP-208	ENST00000556956	ARMC2	Q8NEN0	867 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	ABHD17A	Q96GS6	310 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	GPAM	Q9HCL2	828 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	KLF15	Q9UIH9	416 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	MEN1	O00255	615 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	ARAF	P10398	606 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	FGFR3	P22607	806 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	GPC1	P35052	558 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	GRIK4	Q16099	956 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	PRRT3	Q5FWE3	981 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	SLC10A4	Q96EP9	437 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	TIMMDC1	Q9NPL8	285 aa		4.93	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	GJA5	P36382	358 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	RAB15	P59190	212 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	PDE4D	Q08499	809 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	FCHSD1	Q86WN1	690 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	SLC24A3	Q9HC58	644 aa		4.92	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	ATXN7L1	Q9ULK2	861 aa	Predicted RBP	4.92	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	SSTR4	P31391	388 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	TP53INP1	Q96A56	240 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	RSPH6A	Q9H0K4	717 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	NDFIP2	Q9NV92	336 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	CDV3	Q9UKY7	258 aa	Known RBP	4.91	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	PCDHB15	Q9Y5E8	787 aa		4.91	□□□□□ -1.62
SLIRP-208	ENST00000556956	ERVH48-1	M5A8F1	160 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	BNIP3L	O60238	219 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	MBTPS1	Q14703	1052 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	SLC27A3	Q5K4L6	730 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	PARP9	Q8IXQ6	854 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	GRIP2	Q9C0E4	1043 aa		4.9	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	SPATA31C2	B4DYI2	1134 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	ADGRE1	Q14246	886 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	NACC1	Q96RE7	527 aa		4.89	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956		A0A1W2PRU2	124 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	SPDYE3	A6NKU9	549 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	HRC	P23327	699 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	TBC1D2	Q9BYX2	928 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	CYLD	Q9NQC7	956 aa		4.88	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	WASL	O00401	505 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	C8A	P07357	584 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	GP2	P55259	537 aa	Known RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	COL9A3	Q14050	684 aa	Predicted RBP	4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	WDR44	Q5JSH3	913 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	ARHGAP9	Q9BRR9	750 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	RUBCNL	Q9H714	662 aa		4.87	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	ADH6	P28332	368 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	CD97	P48960	835 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	FBLN7	Q53RD9	439 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	OGFOD2	Q6N063	350 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	TAS1R3	Q7RTX0	852 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	TXNRD3	Q86VQ6	643 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	CABLES1	Q8TDN4	633 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	DDRGK1	Q96HY6	314 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	SSBP4	Q9BWG4	385 aa	Predicted RBP	4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	HCN2	Q9UL51	889 aa		4.86	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	SELP	P16109	830 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	NRG1	Q02297	640 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	RSBN1L	Q6PCB5	846 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	TSC1	Q92574	1164 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	GPKOW	Q92917	476 aa	Predicted RBP eCLIP	4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	ZBTB3	Q9H5J0	574 aa		4.85	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	MED26	O95402	600 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	PHKA2	P46019	1235 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	TRIM28	Q13263	835 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	NUTM2D	Q5VT03	806 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	OCSTAMP	Q9BR26	566 aa		4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
SLIRP-208	ENST00000556956	C9orf172	C9J069	976 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	ADAMTS4	O75173	837 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	ZBTB33	Q86T24	672 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	KRTAP9-3	Q9BYQ3	159 aa		4.83	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	PCBP4	P57723	403 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	LBR	Q14739	615 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	MYSM1	Q5VVJ2	828 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	PDXDC2P	Q6P474	469 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	SPOCD1	Q6ZMY3	1216 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	NLRP3	Q96P20	1036 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	KDM4C	Q9H3R0	1056 aa		4.82	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	CLK2	P49760	499 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	SKIV2L	Q15477	1246 aa	Known RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	SHISA2	Q6UWI4	295 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	C8orf86	Q6ZUL3	223 aa		4.81	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	HELB	Q8NG08	1087 aa	Predicted RBP	4.81	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956		A0A1B0GTH6	734 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	CSPP1	Q1MSJ5	1256 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	POLR3E	Q9NVU0	708 aa		4.8	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	LILRB3	O75022	631 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	CSB-PGBD3	P0DP91	1061 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	MSX1	P28360	303 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	CLN3	Q13286	438 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	NBPF20	Q3BBV1	942 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	SH3D19	Q5HYK7	790 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	EFHC2	Q5JST6	749 aa		4.79	□□□□□ -1.64
SLIRP-208	ENST00000556956	PGBD3	Q8N328	593 aa		4.79	□□□□□ -1.64

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