Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AL031133.1-201ENST00000406807 723 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 ICA1-208ENST00000407906 1615 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 LIMS2-204ENST00000409286 1678 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 RCC2P3-201ENST00000418112 1537 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 KCNK4-205ENST00000538767 1389 ntTSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 RNF165-205ENST00000588679 2904 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 RPARP-AS1-206ENST00000596366 631 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 ADORA1-208ENST00000618295 862 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 UBE3C-201ENST00000348165 5229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 RCCD1-201ENST00000394258 2689 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 RASGRP2-211ENST00000394432 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 SLC34A3-202ENST00000538474 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 NFIL3-201ENST00000297689 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 KLHL14-201ENST00000358095 1884 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
CHMP3Q9Y3E7 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MRPL3-202ENST00000425847 1457 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB9-206ENST00000522532 1319 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AGTRAP-201ENST00000314340 1107 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-10-201ENST00000398531 1176 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC114763.1-202ENST00000414911 867 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SNX5-210ENST00000481323 562 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GRP-204ENST00000529320 824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MIR3180-5-201ENST00000583743 153 ntBASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 YIPF2-209ENST00000590329 958 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AL772307.1-201ENST00000639363 1066 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CORO1B-202ENST00000393893 1931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MRGPRG-AS1-201ENST00000420873 1818 ntTSL 2 BASIC23.45■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RAP1GDS1-201ENST00000264572 1686 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 KLHL2-201ENST00000226725 3134 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CYB561-213ENST00000581573 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NFE2-204ENST00000553070 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN4-204ENST00000397404 1462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC008878.3-201ENST00000617428 4964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GGT6-202ENST00000381550 2145 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MTFR1L-202ENST00000374301 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PDE4DIP-214ENST00000479408 2746 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TSPAN14-202ENST00000341863 1037 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC4P1-201ENST00000435385 499 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AL671277.2-201ENST00000458060 996 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC019068.1-202ENST00000483218 768 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AP002807.1-202ENST00000526897 791 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CLN6-204ENST00000564752 900 ntTSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 KLK7-206ENST00000597707 1054 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC024243.1-201ENST00000609234 778 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AL358472.4-201ENST00000633140 710 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FBXL22-204ENST00000638704 729 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AL512353.2-201ENST00000448759 1962 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 FP475955.4-201ENST00000623131 1990 ntBASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SRRM3-204ENST00000611745 3612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 SLC34A3-201ENST00000361134 2124 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 EEF1D-202ENST00000395119 1249 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AF250324.1-201ENST00000506276 703 ntTSL 3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RBPMS-AS1-202ENST00000519753 1031 ntTSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PNMA8A-203ENST00000602246 572 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 KRT14-201ENST00000167586 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RBM42-201ENST00000262633 1680 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RELA-202ENST00000406246 2700 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AGAP2-AS1-201ENST00000542466 1500 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 NUDT17-201ENST00000334513 1473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ELP5-204ENST00000396628 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AC087482.1-204ENST00000636067 2431 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TFCP2-205ENST00000549867 1727 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 PPP1R12C-202ENST00000435544 2363 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
CHMP3Q9Y3E7 AKIRIN2-201ENST00000257787 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.1 ms