Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 TRAPPC6A-201ENST00000006275 805 ntTSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SCPEP1-216ENST00000631024 444 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TMEM91-210ENST00000542945 1610 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 KRT8P45-201ENST00000414328 1447 ntBASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SPATA6L-207ENST00000475086 1444 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 THOC3-212ENST00000628318 1442 ntTSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PFN2-203ENST00000452853 1780 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 KCNQ5-203ENST00000355635 6623 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TNFRSF8-202ENST00000413146 2363 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PRR14-203ENST00000542965 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FER1L4-211ENST00000616283 1818 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 KATNBL1P6-202ENST00000562413 1466 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 CCDC34-201ENST00000317945 2109 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PAIP1-201ENST00000306846 2782 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 GJA4-201ENST00000342280 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ZNF582-207ENST00000619584 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PDLIM3-202ENST00000284770 1766 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 S100A16-203ENST00000368705 956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PHB2-202ENST00000440277 996 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PTP4A3-206ENST00000524028 963 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 C2orf81-201ENST00000290390 2227 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ACD-203ENST00000602320 1408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 USP48-201ENST00000308271 4595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ZHX3-212ENST00000558993 1528 ntTSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 GPAT2P1-201ENST00000444924 1672 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 NAGPA-AS1-202ENST00000632058 2265 ntTSL 2 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 MEN1-209ENST00000394376 3034 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC19.3■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 MYC-205ENST00000524013 2150 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 WAC-205ENST00000375664 5924 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TFDP2-202ENST00000467072 1853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC096719.1-201ENST00000510705 1874 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ANKRD24-201ENST00000262970 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SCGB3A1-201ENST00000292641 521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 CFL1-201ENST00000308162 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FAM212A-201ENST00000333323 1040 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TSPY8-202ENST00000383000 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TSPY2-202ENST00000383042 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TSPY3-201ENST00000424594 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC037459.1-202ENST00000430850 531 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 LINC01381-201ENST00000431650 466 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TSPY10-202ENST00000444056 1125 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SNCB-205ENST00000510387 730 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC079385.1-202ENST00000549203 569 ntTSL 4 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 RBM42-202ENST00000586618 771 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC027682.4-201ENST00000605277 798 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AL138966.2-201ENST00000621997 464 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PITPNB-211ENST00000634017 1017 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC141257.4-201ENST00000634557 245 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC136944.6-201ENST00000634818 245 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PAFAH1B2-202ENST00000419197 2517 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FAR2P2-204ENST00000424873 2070 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SLC35A3-224ENST00000640732 1777 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TM7SF3-201ENST00000343028 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 LAD1-202ENST00000391967 2906 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PEX16-202ENST00000378750 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 MYBL2-202ENST00000396863 2704 ntTSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 GPR142-201ENST00000335666 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 IFNL4-203ENST00000634680 1421 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PCSK7-201ENST00000320934 4649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 DGCR6L-201ENST00000248879 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 BAD-201ENST00000309032 929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 DIO1-206ENST00000525202 558 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 AP006621.4-201ENST00000527021 532 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 NDUFB10-202ENST00000543683 830 ntTSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 GAS2L1-208ENST00000616432 2925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TRAM1L1-201ENST00000310754 2023 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 POU3F2-201ENST00000328345 4879 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TMEM74-201ENST00000297459 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 ZNF213-201ENST00000396878 3313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 KLF13-201ENST00000307145 6825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.28■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 CYSTM1-201ENST00000261811 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 TYMS-201ENST00000323224 1327 ntTSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.27■□□□□ 0.68
VPS28Q9UK41 FAM217A-208ENST00000639338 1929 ntTSL 5 BASIC19.27■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 54.3 ms