Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC068587.9-201ENST00000641814 219 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 C19orf25-201ENST00000427685 1410 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 SMPD1-203ENST00000527275 2188 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 GPR83-202ENST00000539203 1909 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ROMO1-204ENST00000374078 498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC018712.1-201ENST00000455767 687 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 H3F3B-206ENST00000587560 551 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC024563.2-201ENST00000603282 481 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 BX640515.1-201ENST00000617215 977 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DISC1-213ENST00000537876 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PRRT1-201ENST00000211413 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 UBQLN4P1-201ENST00000461599 1801 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DENND1A-201ENST00000373618 3003 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 HDAC1-201ENST00000373548 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 RPP38-203ENST00000378202 1030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AL449423.1-201ENST00000578935 435 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC124864.1-201ENST00000623408 392 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ANGPTL4-201ENST00000301455 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PLEKHG2-202ENST00000409797 2205 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DLK2-203ENST00000372488 1590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MEN1-206ENST00000377321 2614 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 IRF3-202ENST00000377135 1442 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 P2RY6-207ENST00000538328 1425 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 KRT8P50-201ENST00000562022 1438 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC243591.1-201ENST00000452967 1364 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CELA2A-201ENST00000359621 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CDC26-201ENST00000374206 872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CMTM1-213ENST00000529506 581 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ADAM10-217ENST00000561288 583 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MIR3180-4-201ENST00000582223 153 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DTX2-212ENST00000446820 1770 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DPH1-201ENST00000263083 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TMEM189-201ENST00000371650 2222 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 WNT6-201ENST00000233948 1703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DNAAF4-201ENST00000321149 1993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MRPS5-201ENST00000272418 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TMC6-201ENST00000306591 1681 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 NYAP1-202ENST00000454988 2777 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 RBX1-201ENST00000216225 1188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TSPY2-201ENST00000320701 1161 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 NPFFR2-202ENST00000344413 1234 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 SERF1B-202ENST00000380751 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TSPY2-203ENST00000429039 779 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 FAM83E-201ENST00000263266 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ISOC2-203ENST00000438389 1566 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ZNF843-203ENST00000618063 1765 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 Z98044.1-201ENST00000632503 1764 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ZNF276-208ENST00000568064 2203 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PCID2-202ENST00000337344 1898 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 IRX1P1-201ENST00000438849 1838 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 HOXD10-201ENST00000249501 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 NECTIN3-211ENST00000493615 1876 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 JAM2-202ENST00000400532 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 ANKRD37-201ENST00000335174 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 AC011530.1-201ENST00000593999 558 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PIF1-202ENST00000333425 2278 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 CORO1B-201ENST00000341356 1881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 C1QC-203ENST00000374640 1163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 HES2-202ENST00000377836 507 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 MIR564-202ENST00000385049 94 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 NICN1-204ENST00000436744 1271 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 EIF5A2-203ENST00000474096 570 ntTSL 4 BASIC24.27■■□□□ 1.48
SHANK3Q9BYB0 PLXND1-205ENST00000504689 546 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms