Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SDHAP1-207ENST00000440850 2000 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SPTBN4-204ENST00000392025 8671 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 SCFD2-204ENST00000611795 1320 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AL359747.1-201ENST00000442370 536 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 HCG4P8-203ENST00000443049 980 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 AC021739.3-201ENST00000557908 855 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 LINC00910-203ENST00000587874 544 ntTSL 4 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 B3GALNT2-201ENST00000313984 1874 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ABCC5-204ENST00000392579 1848 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MAP3K11-210ENST00000532507 1812 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PHKG2-202ENST00000424889 1566 ntTSL 2 BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 UBE2E3-209ENST00000602710 1556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.34■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 PARP2-202ENST00000429687 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 Z82202.1-201ENST00000623446 1880 ntBASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 DHRS7-201ENST00000216500 2322 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 FAM3A-215ENST00000447601 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.53
CCDC3Q9BQI4 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 IPPK-202ENST00000375522 882 ntTSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RPL29-202ENST00000466397 742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AL133352.1-203ENST00000557395 1234 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FXYD7-203ENST00000586063 456 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FGF14-AS2-201ENST00000606448 1074 ntBASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 GNAI1-201ENST00000351004 3347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CASKIN2-205ENST00000581870 1612 ntTSL 2 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LRFN4-201ENST00000309602 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 RABEPK-202ENST00000373538 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 NR1H2-202ENST00000411902 1466 ntTSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PDLIM2-204ENST00000397760 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.33■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PTGER3-202ENST00000351052 1404 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SEC11C-202ENST00000509791 2054 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CA7-202ENST00000394069 1713 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TAX1BP3-201ENST00000225525 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FLT1-201ENST00000282397 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC026412.3-201ENST00000605200 1661 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ESR2-212ENST00000556275 2695 ntTSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PPP4C-202ENST00000561610 1333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-11-201ENST00000398530 1021 ntAPPRIS P2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ELOB-202ENST00000409477 997 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PLPP5-202ENST00000422581 853 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 DMKN-208ENST00000424570 1293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 NPM2-204ENST00000518119 1190 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LINC01785-201ENST00000598042 1112 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 Metazoa_SRP.33-201ENST00000613468 285 ntBASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SETD3-209ENST00000630307 1281 ntTSL 5 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LMNB1-202ENST00000395354 1572 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 P2RX2-208ENST00000542301 1881 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 UBE2E1-201ENST00000306627 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 OGFOD2-205ENST00000454694 1488 ntTSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 PPM1H-201ENST00000228705 6353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 USP32-201ENST00000300896 5171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.32■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 METTL5-207ENST00000410097 1370 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 E4F1-204ENST00000564139 2493 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 NUDT16L1-201ENST00000304301 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FZD1-201ENST00000287934 6963 ntAPPRIS P1 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 SWI5-201ENST00000320188 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FAM19A3-201ENST00000361886 1056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 LINC01063-201ENST00000441644 348 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC106771.1-201ENST00000502209 372 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC022424.1-201ENST00000512155 889 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC016582.2-201ENST00000591908 446 ntTSL 3 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 TBC1D9B-220ENST00000630103 303 ntTSL 5 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 HSPD1-202ENST00000388968 2455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 KRT13-208ENST00000587544 1456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MPP5-201ENST00000261681 5552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 FAM87B-201ENST00000326734 1947 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 MBD1-216ENST00000587605 1945 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
CCDC3Q9BQI4 IRF5-202ENST00000357234 1680 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.3 ms