Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 IMPDH2-201ENST00000326739 1643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.616e-10■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 IMPDH2-210ENST00000485500 852 ntTSL 39.39□□□□□ -0.916e-10■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 IMPDH2-203ENST00000442157 865 ntTSL 28.74□□□□□ -1.016e-10■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.67e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.327e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 LENG8-208ENST00000610347 5789 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.82■□□□□ 0.287e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 LENG8-201ENST00000326764 3991 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.4□□□□□ -0.17e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 SLC25A1-205ENST00000470922 1598 ntTSL 222.51■■□□□ 1.192e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.092e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.022e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC17.91■□□□□ 0.461e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 TPR-205ENST00000474852 2757 ntTSL 1 (best)17.9■□□□□ 0.461e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 TPR-201ENST00000367478 9708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.251e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 ACAP3-202ENST00000354700 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.931e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 ACAP3-212ENST00000492936 5319 ntTSL 1 (best)19.42■□□□□ 0.71e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 DHRS3-201ENST00000430996 826 ntTSL 317.11■□□□□ 0.332e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 TRMU-216ENST00000491612 2933 ntTSL 216.16■□□□□ 0.181e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 TRMU-214ENST00000485559 2653 ntTSL 215.38■□□□□ 0.051e-6■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC14.78□□□□□ -0.047e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 AC073869.1-202ENST00000438378 3785 ntTSL 1 (best) BASIC11.24□□□□□ -0.617e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 EPS8L2-205ENST00000526198 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.76■□□□□ 0.596e-7■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-209ENST00000430245 723 ntTSL 3 BASIC13.94□□□□□ -0.182e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-222ENST00000451607 1007 ntTSL 5 BASIC10.59□□□□□ -0.712e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-224ENST00000454068 688 ntTSL 5 BASIC9.13□□□□□ -0.952e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-214ENST00000436656 822 ntTSL 38.31□□□□□ -1.082e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-210ENST00000431268 1698 ntTSL 28□□□□□ -1.132e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-219ENST00000449289 542 ntTSL 3 BASIC7.42□□□□□ -1.222e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-220ENST00000449589 712 ntTSL 37.42□□□□□ -1.222e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-228ENST00000456812 723 ntTSL 36.4□□□□□ -1.382e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-206ENST00000422183 745 ntTSL 25.79□□□□□ -1.482e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-218ENST00000448718 565 ntTSL 2 BASIC5.18□□□□□ -1.582e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-201ENST00000412059 979 ntTSL 54.9□□□□□ -1.632e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-223ENST00000452197 483 ntTSL 3 BASIC4□□□□□ -1.772e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-213ENST00000436285 772 ntTSL 23.43□□□□□ -1.862e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 GAS5-221ENST00000450589 632 ntTSL 1 (best) BASIC3.1□□□□□ -1.912e-20■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-203ENST00000502762 2356 ntTSL 1 (best)21.87■■□□□ 1.094e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-209ENST00000630114 1433 ntTSL 518.51■□□□□ 0.554e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.69■□□□□ 0.264e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-202ENST00000349655 1402 ntTSL 1 (best)16.36■□□□□ 0.214e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.084e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-207ENST00000614627 3968 ntTSL 1 (best) BASIC15.11■□□□□ 0.014e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-206ENST00000602300 1291 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.56□□□□□ -0.084e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-201ENST00000295470 3781 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.02□□□□□ -0.484e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 HNRNPDL-204ENST00000507721 2404 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.79□□□□□ -0.844e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 PFAS-202ENST00000546020 2652 ntTSL 218.16■□□□□ 0.51e-14■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 PFAS-204ENST00000580251 559 ntTSL 315.65■□□□□ 0.11e-14■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 PFAS-203ENST00000578979 765 ntTSL 214.78□□□□□ -0.041e-14■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 FGFR1OP-201ENST00000349556 1484 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.05□□□□□ -0.165e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 FGFR1OP-207ENST00000622353 3451 ntTSL 2 BASIC13.85□□□□□ -0.195e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 FGFR1OP-202ENST00000366847 14166 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC8.69□□□□□ -1.025e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 Z94721.2-201ENST00000609590 5310 ntTSL 2 BASIC5.35□□□□□ -1.555e-9■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 E2F4-213ENST00000569573 849 ntTSL 321.4■■□□□ 1.022e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 E2F4-212ENST00000568839 944 ntTSL 39.56□□□□□ -0.882e-8■■■■□ 23.6
SF3A3Q12874 TATDN2-201ENST00000287652 5342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.333e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 TATDN2-203ENST00000448281 4484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.92□□□□□ -0.663e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RNF34-201ENST00000361234 2066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.414e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RNF34-202ENST00000392464 1722 ntTSL 5 BASIC16.18■□□□□ 0.184e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.024e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RNF34-203ENST00000392465 2051 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.7□□□□□ -0.224e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RNF34-211ENST00000613529 1449 ntTSL 2 BASIC12.25□□□□□ -0.454e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 RNF34-205ENST00000554484 1603 ntTSL 211.08□□□□□ -0.644e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 HARS2-206ENST00000508522 1562 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.151e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 HARS2-201ENST00000230771 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.021e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 HARS2-202ENST00000448069 1426 ntTSL 2 BASIC13.73□□□□□ -0.211e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 D2HGDH-216ENST00000496252 496 ntTSL 410.67□□□□□ -0.73e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 D2HGDH-209ENST00000454048 234 ntTSL 53.87□□□□□ -1.793e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 FOXP4-206ENST00000451305 367 ntTSL 1 (best)16.03■□□□□ 0.169e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ASGR1-204ENST00000572879 797 ntTSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.51e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 INTS10-202ENST00000517546 864 ntTSL 213.84□□□□□ -0.195e-11■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 INTS10-216ENST00000523772 777 ntTSL 510.74□□□□□ -0.695e-11■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 INTS10-206ENST00000520670 623 ntTSL 510.74□□□□□ -0.695e-11■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 INTS10-209ENST00000521008 572 ntTSL 39.66□□□□□ -0.865e-11■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 INTS10-207ENST00000520827 631 ntTSL 37.6□□□□□ -1.195e-11■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SMPD4-204ENST00000430682 820 ntTSL 311.01□□□□□ -0.651e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SREBF1-206ENST00000423161 1058 ntTSL 315.76■□□□□ 0.116e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SREBF1-217ENST00000577897 536 ntTSL 413.74□□□□□ -0.216e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SREBF1-222ENST00000583732 580 ntTSL 412.82□□□□□ -0.366e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 AL096870.2-201ENST00000565988 2108 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.583e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ANXA6-201ENST00000354546 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.66■□□□□ 0.583e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-219ENST00000588575 559 ntTSL 418.06■□□□□ 0.481e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 MED16-209ENST00000592943 1628 ntTSL 1 (best)17.54■□□□□ 0.49e-12■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ANXA6-211ENST00000521512 1793 ntTSL 5 BASIC17.53■□□□□ 0.43e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 PKD1-225ENST00000562297 2040 ntTSL 516.72■□□□□ 0.272e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 PKD1-234ENST00000567946 1822 ntTSL 516.66■□□□□ 0.262e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-215ENST00000586521 601 ntTSL 416.56■□□□□ 0.241e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC15.77■□□□□ 0.123e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 PKD1-222ENST00000496574 4419 ntTSL 515.76■□□□□ 0.112e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 TACC3-202ENST00000404054 2771 nt15.61■□□□□ 0.094e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-226ENST00000589920 580 ntTSL 214.44□□□□□ -0.11e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 PKD1-219ENST00000486339 4443 ntTSL 514.41□□□□□ -0.12e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 TMEM43-202ENST00000432444 908 ntTSL 314.23□□□□□ -0.132e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 TACC3-207ENST00000470808 947 ntTSL 214.09□□□□□ -0.154e-7■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-210ENST00000585929 906 ntTSL 413.71□□□□□ -0.211e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 MED16-205ENST00000586017 1403 ntTSL 1 (best)13.41□□□□□ -0.269e-12■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-212ENST00000586128 752 ntTSL 413.17□□□□□ -0.31e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ANXA6-208ENST00000519644 728 ntTSL 513.13□□□□□ -0.313e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 ANXA6-202ENST00000377751 1430 ntTSL 2 BASIC12.82□□□□□ -0.363e-6■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 MED16-211ENST00000606828 599 ntTSL 1 (best)12.13□□□□□ -0.479e-12■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-213ENST00000586433 569 ntTSL 411.81□□□□□ -0.521e-10■■■■□ 23.5
SF3A3Q12874 SEPT9-209ENST00000585638 565 ntTSL 411.29□□□□□ -0.61e-10■■■■□ 23.5
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