Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 PDP1-208ENST00000520728 2554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PCCB-216ENST00000483687 1727 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TMEM53-202ENST00000372237 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TBC1D7-202ENST00000356436 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TBC1D7-204ENST00000379300 1276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AL365259.1-203ENST00000451660 707 ntTSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SUSD3-205ENST00000617293 1076 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 C1QTNF8-202ENST00000621771 897 ntTSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AL121956.5-201ENST00000625261 221 ntBASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SSC4D-201ENST00000275560 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.14■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SRSF2-202ENST00000359995 1927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TMEM110-MUSTN1-202ENST00000504329 1405 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 KMT5B-203ENST00000401547 2666 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CWH43-201ENST00000226432 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AHRR-204ENST00000506456 2350 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SELENOF-207ENST00000611507 1785 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SENP6-201ENST00000327284 2700 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CFP-203ENST00000396992 1592 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PXMP4-201ENST00000217398 979 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 BVES-AS1-203ENST00000580511 853 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RAB11B-AS1-201ENST00000593581 1013 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 C15orf56-202ENST00000623360 2129 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TGFBR1-202ENST00000374994 6516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 HOXB8-201ENST00000239144 1823 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RRS1-201ENST00000320270 1706 ntAPPRIS P1 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 LPCAT3-201ENST00000261407 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 MLF2-201ENST00000203630 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PTGES2-AS1-201ENST00000443493 2100 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 UBE2Q2-204ENST00000561851 1582 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 MMP28-204ENST00000615136 2033 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FBXO24-201ENST00000241071 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 QPCTL-202ENST00000366382 1814 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AC141586.3-201ENST00000562166 1838 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PPP2R5A-201ENST00000261461 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 MPG-201ENST00000219431 1193 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 GPR32-201ENST00000270590 1269 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 HLA-DRB1-201ENST00000360004 1229 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 KCTD7-202ENST00000443322 1160 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 MOK-234ENST00000524370 1165 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 REEP1-207ENST00000535845 1196 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CYB561D2-210ENST00000607121 1004 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TSTD3-202ENST00000636394 336 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 FBLN7-202ENST00000331203 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AKAP17A-201ENST00000313871 3204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CALM2-201ENST00000272298 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 H1FNT-201ENST00000335017 1300 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ZNF385C-201ENST00000436535 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 MLX-201ENST00000246912 2586 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CYP2F1-201ENST00000331105 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SLC47A1-202ENST00000395585 1998 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TMEM191A-208ENST00000450925 1961 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PITX2-203ENST00000355080 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PDIA5-201ENST00000316218 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CLEC4GP1-201ENST00000596555 870 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AC243829.1-201ENST00000615128 1059 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 LETM1P2-201ENST00000597330 2178 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ATF5-201ENST00000423777 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 TRMT2A-203ENST00000404751 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 CD55-201ENST00000314754 2220 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 NOP14-AS1-202ENST00000505731 1999 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 OTOP3-201ENST00000328801 2363 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ENTPD6-202ENST00000360031 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 IL6R-208ENST00000622330 1496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ADGRG2-210ENST00000379878 4803 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 SUV39H2-202ENST00000354919 1233 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 ILF2-202ENST00000368681 726 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 EMC9-202ENST00000419198 953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
CHD3Q12873 AC092647.4-201ENST00000457211 535 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.7 ms